זוהי אפליקציית לינוקס בשם Visualization of Protein-Ligand Graphs, אשר את הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד כ- vplg_2016_07_18.zip. ניתן להריץ אותה באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks לתחנות עבודה.
הורד והפעל באופן מקוון את האפליקציה הזו בשם ויזואליזציה של גרפי חלבון-ליגנד עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל את האמולטור המקוון של OnWorks Linux או Windows מקוון או אמולטור מקוון של MACOS מאתר זה.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Linux שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה, התקן אותה והפעל אותה.
צילומי מסך:
ויזואליזציה של גרפים של חלבון-ליגנד
תיאור:
חבילת התוכנה Visualization of Protein-Ligand Graphs (VPLG) מחשבת ומציגה גרפים של חלבונים. היא פועלת ברמת המבנה העל-שניוני ומשתמשת בקואורדינטות האטום מקבצי PDB ובהקצאות SSE של אלגוריתם DSSP.
VPLG היא תוכנת שורת פקודה. אם אינך אוהב להקליד פקודות, נסה את שרת האינטרנט PTGL שלנו: http://ptgl.uni-frankfurt.de/
תכונות
- קורא נתוני אטום תלת-ממדיים מקבצי PDB והקצאות מבנה משני מקבצי DSSP
- מחשב גרף חלבון-ליגנד מהנתונים ומציג את הגרף בצורה ויזואלית
- תומך בפלט של תמונות גרף בפורמטים של bitmap (.png) ו-vector (.svg)
- מייצא גרפים של חלבונים-ליגנדים בקובץ טקסט רגיל בפורמט משלו (.plg) שקל לערוך, לנתח וליצור באמצעות תוכנת מחשב, וכן במספר פורמטים סטנדרטיים של קבצי גרפים.
- יכול לקרוא ולהציג ישירות גרפים של חלבונים מקבצי .plg
- תוכנה חופשית בקוד פתוח (FOSS)
- תמיכה במסד נתונים (אופציונלי לחלוטין, אין צורך בשרת מסד נתונים כברירת מחדל)
- ממשק שורת הפקודה מאפשר עיבוד אצווה קל באמצעות סקריפטי מעטפת
- מאפשר סינון ליגנדים לפי מספר אטום
- ממשק משתמש גרפי חדש שנכתב בג'אווה, אין צורך יותר להקליד פקודות קונסולה!
- התוכנה שמפעילה את שרת האינטרנט של PTGL: http://ptgl.uni-frankfurt.de/
קהל
מדע/מחקר, חינוך, משתמשי קצה מתקדמים
ממשק משתמש
Java Swing, קונסולה/טרמינל, שורת פקודה
שפת תכנות
Java
סביבת מסד נתונים
JDBC
כל הקטגוריות
זוהי אפליקציה שניתן להוריד גם מ-https://sourceforge.net/projects/vplg/. היא אוחסנה ב-OnWorks על מנת שניתן יהיה להפעיל אותה באופן מקוון בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.