זוהי אפליקציית Windows בשם codonPhyML, שאת הגרסה האחרונה שלה ניתן להוריד כקובץ codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. ניתן להריץ אותה באופן מקוון בספק האירוח החינמי OnWorks לתחנות עבודה.
הורד והפעל באופן מקוון את האפליקציה הזו בשם codonPhyML עם OnWorks בחינם.
בצע את ההוראות הבאות כדי להפעיל את האפליקציה הזו:
- 1. הורד את היישום הזה למחשב שלך.
- 2. הזן במנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש שאתה רוצה.
- 3. העלה את היישום הזה במנהל קבצים כזה.
- 4. הפעל כל אמולטור מקוון של OS OnWorks מאתר זה, אך עדיף אמולטור מקוון של Windows.
- 5. ממערכת ההפעלה OnWorks Windows שזה עתה התחלת, עבור אל מנהל הקבצים שלנו https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX עם שם המשתמש הרצוי.
- 6. הורד את האפליקציה והתקן אותה.
- 7. הורד את Wine ממאגרי התוכנה שלך להפצות לינוקס. לאחר ההתקנה, תוכל ללחוץ פעמיים על האפליקציה כדי להפעיל אותם עם Wine. אתה יכול גם לנסות את PlayOnLinux, ממשק מפואר מעל Wine שיעזור לך להתקין תוכניות ומשחקים פופולריים של Windows.
Wine היא דרך להפעיל תוכנת Windows על לינוקס, אך ללא צורך ב-Windows. Wine היא שכבת תאימות של Windows בקוד פתוח שיכולה להריץ תוכניות Windows ישירות על כל שולחן עבודה של לינוקס. בעיקרו של דבר, Wine מנסה להטמיע מחדש מספיק של Windows מאפס כדי שהוא יוכל להריץ את כל יישומי Windows מבלי להזדקק ל-Windows.
צילומי מסך:
קודוןPhyML
תיאור:
codonPhyML משתמש במודלים של קודונים מרקוביים של אבולוציה בשחזור פילוגניות. בהינתן קבוצת מינים המאופיינים על ידי רצפי ה-DNA שלהם כקלט, codonPhyML יחזיר את העץ הפילוגנטי המתאר בצורה הטובה ביותר את הקשר האבולוציוני ביניהם. המאמר שלנו המתאר את codonPhyML פורסם בכתב העת "Molecular Biology and Evolution" (MBE). לפרטים נוספים, עקבו אחר הקישור: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270codonPhyML על שער מגזין MBE! תראו את זה (אוגוסט 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.עבור גרסת CodonPhyML מרובת המודלים, אנא השתמש בקובץ tarball 'codonphyml_multi.tgz'.
תכונות
- מודלים של קודון מרקובי לאבולוציה: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- היוריסטיקה של חיפוש טופולוגיית עץ NNI ו-SPR
- פרמטרים של קצב החלפה מוערכים על ידי הסבירות המקסימלית
- תמיכה מרובת ליבות דרך OpenMP
- סבירות דומה בין מודלים שונים (למשל AA, NT ו-CODON)
קהל
מדע/מחקר, חינוך
ממשק משתמש
קונסולה/מסוף, שורת פקודה
שפת תכנות
C
זוהי אפליקציה שניתן להוריד גם מ-https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. היא אוחסנה ב-OnWorks על מנת שניתן יהיה להפעיל אותה באופן מקוון בצורה הקלה ביותר מאחת ממערכות ההפעלה החינמיות שלנו.