amap - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

amap - 配列アニーリングによるタンパク質多重アラインメント

SYNOPSIS

地図 [オプション] [MFファイル] [MFファイル]

DESCRIPTION

AMAP は、ペプチド配列のマルチプル アラインメントを実行するツールです。 後部を利用します
従来のプログレッシブの代わりに、デコードとシーケンス アニーリング アラインメントを採用
アライメント方法。 これは、調整を制御できる唯一のアライメント プログラムです。
感度と特異度のトレードオフ。 ProbCons ソース コードに基づいていますが、次を使用します。
アライメントメトリックの精度を向上させ、一貫性の変換を排除します。

デフォルト構成では、AMAP は予想されるアライメント メトリックを最大化するように調整されています。
精度 (AMA) スコア - のメトリクスに基づく、新しいアライメント精度の測定値
感度と特異性を XNUMX つに統合するマルチアライメント スペース
バランスの取れた尺度。 AMA は、正しく整列した残基 (または
すべての配列の残基の総数のうち、別の残基またはギャップ）。

地図 MFA 形式で提供されるシーケンスを整列します。 このフォーマットは複数のシーケンスで構成されます。
MFA 形式の各シーケンスは XNUMX 行の説明で始まり、その後に次の行が続きます。
シーケンスデータ。 記述行は配列データと区別されます。
最初の列に大なり記号 (「>」) を入れます。

OPTIONS

-クラスタルw
MFAの代わりにCLUSTALW出力形式を使用する

-c - 一貫性 担当者
0 <= を使用します 担当者 一貫性変換のパス数 <= 5 (デフォルト: 0)

-ir --反復的改良 担当者
0 <= を使用します 担当者 <=1000 (デフォルト: 0) の反復改良パス

-プレ -- 事前トレーニング 担当者
0 <= を使用します 担当者 <= 20 (デフォルト: 0) ラウンドの事前トレーニング

-ペア
全ペアのペアワイズアラインメントを生成する

-ビタビ
ビタビ アルゴリズムを使用してすべてのペアを生成します (自動的に有効になります) -ペア)

-v -詳細
調整中の進行状況をレポートします (デフォルト: オフ)

-アノ ファイル名
複数のアライメントのアノテーションを書き込む ファイル名

-t - 訓練 ファイル名
EM遷移確率を計算し、保存します ファイル名 (デフォルト: トレーニングなし)

-e --排出量
排出確率も再推定します (デフォルト: オフ)

-p --paramfile ファイル名
からパラメータを読み取ります ファイル名 （デフォルト： ）

-a -配置-順序
入力順ではなく整列順でシーケンスを印刷します（デフォルト：オフ）

-g --ギャップファクター GF
つかいます GF ギャップ係数パラメータとして、最高の感度を得るには 0 に設定し、より高い値を設定すると、
より優れた特異性 (デフォルト: 0.5)

-w --edge-weight-threshold W
最良のエッジの重みが以下の場合にシーケンス アニーリング プロセスを停止します。 W、0に設定
最高の感度を得るには値を大きくすると特異性が高くなります (デフォルト: 0)

-プログラム - プログレッシブ
シーケンスアニーリングアライメントの代わりにプログレッシブアライメントを使用します (デフォルト: オフ)

-noreorder --no-edge-reordering
シーケンスアニーリングアライメント中のエッジの並べ替えを無効にします (デフォルト: オフ)

-maxstep --use-max-stepsize
tGf エッジ ランキングの代わりに最大改善ステップ サイズを使用します (デフォルト: オフ)

-印刷 --print-posters
事後確率行列のみを出力します (デフォルト: オフ)

-gui 開始 STEP
AMAP Display Java ベースの GUI の印刷出力 (デフォルト: ) 重量から開始 開始
(デフォルト: 無限大) ステップ サイズあり STEP （デフォルト： ）

例

デフォルトのオプションで AMAP を実行するには、次のように変更します。 整列する ディレクトリを指定して次のように入力します。

% 地図

ファイル名が指定されていない場合は、オプションのリストが出力されます。

AMAP 表示を使用するには、-gui オプションを指定して AMAP を実行し、出力をファイルに保存します。
ファイルを作成し、そのファイルを AmapDisplay への入力として使用します。 たとえば、次のように入力します。

% 整列/マッピング -gui 例/BB12020.tfa > 例/BB12020.tfa.out

% ジャワ -瓶 ディスプレイ/AmapDisplay.jar 例/BB12020.tfa.out

(Debian システムでは、 例 ディレクトリは次のとおりです /usr/share/doc/amap-align/examples

注意

Debian(TM) システム用のパッケージの古いバージョン (< 2.0-1) では、 地図 コマンドは
名前を変更 amap-align なぜなら、すでに別のツールがあったからです。 地図 (一部の機能を実行します)
コンピューターネットワーク診断)。 シンボリックリンク amap-align アップグレード用に引き続き提供されています
目的ですが、Etch (Debian 4.0) より後の Debian リリースでは削除される予定です。

onworks.net サービスを使用してオンラインで amap を使用する