これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 2 つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド bamXNUMXfastx です。
プログラム：
NAME
bam2fastx - bamを直接fastxに変換するtophatコンポーネント
SYNOPSIS
バム2ファストx [--fasta|-a|--fastq|-q] [- 色] [-Q] [--sam|-s|-t]
DESCRIPTION
[-M|--mapped-only|-A|--all] [-o ] [-P|--ペア] [-N]
注: デフォルトでは、品質管理に合格しないとフラグが立てられた読み取りは、
捨てられた。 の -Q オプションを使用すると、QC フラグを無視できます。
-N オプションの場合、 /1 /2 接尾辞を追加する必要があります
SAM フラグに従って名前を読み取る
-O 品質値を書き込むときに OQ タグが存在する場合、それを無視するオプション
onworks.net サービスを使用してオンラインで bam2fastx を使用する