これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド dwgsim です。
プログラム：
NAME
dwgsim: - 短い読み取りシミュレータ
SYNOPSIS
dwgsim [オプション]
DESCRIPTION
DWGSIM は、最新のシーケンス プラットフォームからの読み取りをシミュレートするショート リード シミュレーターです。
OPTIONS
-e FLOAT
最初の読み取りの塩基/色/フローごとのエラー率 [0.020 ～ 0.020 x 0.000]
-E FLOAT
0.020 回目の読み取りの塩基/色/フローあたりのエラー率 [0.020 ～ 0.000 x XNUMX]
-i ペアの外側の距離ではなく内側の距離を使用する [False]
-d INT ペアの両端間の外側距離 [500]
-s ペアの距離の INT 標準偏差 [50.000]
-N INT 読み取りペアの数 (-1 無効にする) [-1]
-C FLOAT
利用可能なポジション全体の平均範囲 (-1 無効にする) [100.00]
-1 最初の読み取りの INT 長 [70]
-2 70 番目の読み取りの INT 長 [XNUMX]
-r FLOAT
突然変異率 [0.0010]
-F FLOAT
低頻度の体細胞突然変異をシミュレートするための特定の突然変異の頻度 [0.5000] 注意:
頻度 F は突然変異の最初の鎖を指します。したがって、
1番目のストランドはXNUMX-Fの頻度で発生します
-R FLOAT
インデルである突然変異の割合 [0.10]
-X FLOAT
インデルが拡張される確率 [0.30]
-I INT 最小長の indel [1]
-y FLOAT
ランダムな DNA 読み取りの確率 [0.05]
-n 特定の読み取りで許可される N の INT 最大数 [0]
-c INT は [0] の読み取りを生成します: 0: Illumina 1: SOLiD 2: Ion Torrent
-S INT 生成リード [0]: 0: デフォルト (Illumina の場合は反対側のストランド、Illumina の場合は同じストランド)
SOLiD/Ion Torrent) 1: 同じ鎖 (メイトペア) 2: 反対側の鎖 (ペアエンド)
-f STRING
Ion Torrent データのフロー順序 [(null)]
-B Ion Torrent データのベースごとのエラー率を使用する [False]
-H 一倍体モード [False]
-z INTランダムシード(-1 現在の時刻を使用します) [-1]
-M 変異ファイルのみを生成する [False]
-m FILE
再作成するミューテーション txt ファイル [使用しない]
-b FILE
候補変異のベッド状ファイルセット [(null)]
-v FILE
候補変異の vcf ファイル セット (鎖には pl タグを使用) [(null)]
-x FILE
カバーする領域のベッド[使用しない]
-P STRING
各読み取り名の先頭に付加する読み取りプレフィックス [未使用]
-q STRING
適用する固定の基本品質 (単一文字) [使用しない]
-Q FLOAT
基本品質スコアの標準偏差 [2.00]
-s ペアの距離の INT 標準偏差 [50.000]
-h このメッセージを印刷する
注: SOLiD メイト ペアの読み取りと BFAST の場合、最初の読み取りは F3 で、3 番目の読み取りは RXNUMX です。 ために
SOLiD メイト ペアの読み取りと BWA、最初のファイルの読み取りは R3 であり、読み取りには注釈が付けられます
最初の読み物など
注: サポートされている最長の挿入は 4294967295 です。
onworks.net サービスを使用してオンラインで dwgsim を使用する