これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドfasta_formatterです。
プログラム：
NAME
fasta_formatter-FASTAファイルのシーケンス行の幅を変更します
DESCRIPTION
使用法：fasta_formatter [-h] [-i INFILE] [-o OUTFILE] [-w N] [-t] [-e] FASTXの一部
ツールキット 0.0.14 by assafgordon@gmail.com
[-h] =この役立つヘルプ画面。
[-i インファイル]
= FASTA / Q入力ファイル。 デフォルトはSTDINです。
[-o OUTFILE] = FASTA / Q出力ファイル。 デフォルトはSTDOUTです。 [-w N] =最大。
出力FASTAファイルのシーケンス行幅。
ゼロ（デフォルト）の場合、シーケンスラインはラップされません-のすべてのヌクレオチド
各シーケンスはXNUMX行に表示されます（スクリプト作成に適しています）。
[-t] =（FASTA形式の代わりに）表形式を出力します。
シーケンス-識別子は最初の列に表示され、ヌクレオチドはXNUMX番目の列に表示されます
列（単一行として）。
[-e] =空のシーケンスを出力します（デフォルトではそれらを破棄します）。
空のシーケンスとは、シーケンス識別子のみを持ち、実際にはないシーケンスです。
ヌクレオチド。
入力 例：
> MY-ID AAAAAGGGGG CCCCCTTTTT AGCTN
出力 例 無限の ライン 幅 [-w 0]：
> MY-ID AAAAAGGGGGCCCCCTTTTTAGCTN
出力 例 最大 ライン 幅= 7 [-w 7]：
> MY-ID AAAAAGG GGGTTTT TCCCCCA GCTN
出力 例 表形式 出力 [-t]：
マイID AAAAAGGGGGCCCCCTTTTAGCTN
空のシーケンスの例：（[-e]が使用されない限り破棄されます）
> REGULAR-SEQUENCE-1 AAAGGGTTTCCC> EMPTY-SEQUENCE> REGULAR-SEQUENCE-2
アグタグタグタグタグタッタッタタタ
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