これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド fdk です。
プログラム：
NAME
fdk - FDK アルゴリズムを使用した投影からのコーンビーム再構成
FDK という用語は、独創的な論文を書いた著者フェルドカンプ、デイビス、クレスを指します。
1984 年の「実用的なコーンビーム アルゴリズム」。彼らの論文では、フィルター処理された逆投影について説明しています。
コーンビーム形状の再構成アルゴリズム。 Plastimatch の fdk プログラムは、
FDK アルゴリズムの実装。
FDK USAGE
fdk プログラムは、2D 投影画像のディレクトリを入力として受け取り、単一の
出力としての 3D ボリューム。
コマンドラインの使用法は次のとおりです。
使用法: fdk [オプション]
オプション：
-A ハードウェア 「cpu」または「cuda」のいずれか (デフォルト=cpu)
-a "num ((num) num)" この範囲の画像を使用します
-r "r1 r2 r3" 出力解像度を設定します (ボクセル単位)。
-f フィルター "none" または "ramp" (デフォルト =ramp)
-sscale 出力ファイルの強度をスケールします。
-z "s1 s2 s3" 再構成の物理サイズ (mm 単位)
-I indir 入力ディレクトリ
-O outfile 出力ファイル
fdk プログラムの使用法は、次のチュートリアルに従うと最もよく理解できます。
fdk_tutorial_i および fdk_tutorial_ii.
入力 ファイル
XNUMX つの異なる形式の入力ファイルがサポートされています。 これらは：
· Pfm 形式の画像ファイルとジオメトリ txt ファイル
· ジオメトリ txt ファイルを含む RAW 形式の画像ファイル
· Varian hnd ファイル
pfm ファイルと raw ファイルは、イメージを 4 バイトの配列として保存するという点で似ています。
リトルエンディアン浮動小数点数。 唯一の違いは、pfm ファイルにはヘッダーがあり、
画像サイズは異なりますが、生ファイルにはありません。
各 pfm または raw イメージ ファイルには、.txt と同じディレクトリにジオメトリ ファイルが必要です。
拡大。 たとえば、再構築で image_0000.pfm を使用したい場合は、次のようにする必要があります。
ジオメトリを含む別のファイル image_0000.txt を指定します。 簡単な説明
ジオメトリ ファイル形式は次のとおりです。 proj_mat_file_format.
ファイルのシーケンスは次のパターンで保存する必要があります。
XXXXYYYY.ZZZ
ここで、XXXX はプレフィックス、YYYY は数値、.ZZZ は既知の型の拡張子です。
(.hnd、.pfm、または .raw のいずれか)。
たとえば、pfm ファイルの適切なディレクトリ レイアウトは次のとおりです。
ファイル/image_00.pfm
ファイル/image_00.txt
ファイル/image_01.pfm
ファイル/image_01.txt
など...
Varian hnd ファイルは元のレイアウトで保存する必要があります。 例えば：
ファイル/ProjectionInfo.xml
ファイル/Scan0/Proj_0000.hnd
ファイル/Scan0/Proj_0001.hnd
など...
Varian hnd 形式から再構築するためにジオメトリ txt ファイルは必要ありません。
IMAGE ジオメトリ
デフォルトでは、DRR を生成すると、画像は仮想 X 線源であるかのように方向付けされます。
カメラだった。 つまり、右側フィルムの場合、画像の列は次のようになります。
inf から sup まで、行は ant から post まで移動します。 Varian OBI システムは HND ファイルを生成します。
方向性が異なります。 右側面フィルムの場合、HND 画像の列は次のようになります。
ant から post まで、行は sup から inf まで進みます。 このアイデアの図を示します
下の図で。
[画像] Varian HND ファイルのジオメトリ.UNINDENT
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