これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmod_make_gff_from_dbxref.plp です。
プログラム：
NAME
gmod_make_gff_from_dbxref.pl - 指定された dbxref のリストと gff3 ファイルを作成するためのツール
fasta ファイル。
シノプシス
% gmod_make_gff_from_dbxref.pl --fasta_dir --tmp_dir
<dbxref_list
コマンドライン OPTIONS
--fasta_dir fasta ファイルを含むディレクトリ (必須)
--tmp_dir 一時ディレクトリ (デフォルト: / tmpに)
-- 作成された機能に使用する SO 用語を入力します (デフォルト: 地域)
--source GFF ファイルの列 2 (デフォルト: .)
DESCRIPTION
このツールは、コマンドラインでタブ区切りのデータベース識別子とアクセスのリストを取得します
(gmod_extract_dbxref_from_gff.pl が生成するように) を含むディレクトリとともに
fasta ファイルを作成し、GFF ファイルを作成します。 スクリプトは、
fasta 記述行の登録。 これらは現在のタイプのものです
試みる：
>mi|5419616|mn|TC130707|
TC130707 を取得するには
>gi|34072055|gb|CG180994.1|CG180994
CG180994.1 を取得するには
>mi|12821100|mn|2_11498（1330441）|
2_11498 を取得します。
> 123456
123456 (つまり、最後の手段である行全体) を取得します。
これとは異なる説明行があり、変更のサポートが必要な場合
このスクリプトを使用してデータを処理するには、スキーマ メーリング リストに電子メールを送信してください。
gmod-schema@lists.sourceforge.net. スクリプトを自分で変更して、
また、スキーマ メーリング リストにメールして変更を報告してください。
含まれています。
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmod_make_gff_from_dbxref.plp を使用する