これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-potential です。
プログラム：
NAME
gmx-potential - ボックス全体の静電位を計算します。
SYNOPSIS
gmx の可能性 [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-o [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-の [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-[今] [-xvg ]
[-d ] [-sl ] [-cb ] [-この ]
[-tz ] [-[いいえ]球形] [-ng ] [-[いいえ]正解]
DESCRIPTION
GMX 潜在的な ボックス全体の静電ポテンシャルを計算します。 ポテンシャルは
最初にスライスごとの料金を合計し、次にこれを XNUMX 回積分することによって計算されます。
充電分布。 周期的な境界は考慮されません。 の参照
ポテンシャルはボックスの左側とみなされます。 を計算することも可能です
電荷分布を計算することによる r の関数としての球座標におけるポテンシャル
球状にスライスし、それらを 1 回統合します。 epsilon_r は 2 とみなされますが、XNUMX はそれ以上です
多くの場合に適切です。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] （index.ndx）
インデックスファイル
-s [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.xvg>] (可能性.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-oc [<.xvg>] (charge.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-の [<.xvg>] （field.xvg）
xvgr / xmgrファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps .pdb ファイル
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
-d （Z）
膜の法線をX、Y、またはZ方向に取ります。
-sl (10)
ボックスをこの数で割って、ボックスの長さの関数としてポテンシャルを計算します。
スライス。
-cb (0)
統合のためにこの数のボックスの最初のスライスを破棄します
-この (0)
この数のボックスの最後のスライスを統合のために破棄します
-tz (0)
すべての座標をボックスの方向にこの距離だけ移動します
-[いいえ]球形 （いいえ）
球面のものを計算する
-ng (1)
検討するグループの数
-[いいえ]正解 （いいえ）
精度を向上させるためにグループの正味ゼロ電荷を仮定します
KNOWN 問題
· 統合のためにスライスを破棄する必要はありません。
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-potential を使用する