これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド kalign です。
プログラム：
NAME
kalign - 生物学的配列の多重アライメントを実行します。
SYNOPSIS
カライン [infile.fasta] [outfile.fasta】【オプション】
カライン [-私 infile.fasta] [-O outfile.fasta】【オプション】
カライン [< infile.fasta] [> outfile.fasta】【オプション】
DESCRIPTION
カライン は、生物学的配列のマルチプルアラインメントを実行するためのコマンドラインツールです。 それ
Muth?Manber 文字列マッチング アルゴリズムを採用し、精度と速度の両方を向上させます。
アライメントの。 これは、グローバルで漸進的な調整アプローチを使用しており、
シーケンス距離を計算するための近似文字列マッチング アルゴリズムと、
ローカルな一致をグローバルなアラインメントに変換します。
OPTIONS
-s -gpo -ギャップペン -ギャップ_オープン x
ギャップオープンペナルティ。
-e -gpe -ギャップ_ext -ギャップ拡張 x
ギャップ延長ペナルティ。
-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
ターミナルギャップペナルティ。
-m -ボーナス -マトリックス_ボーナス x
置換行列に追加される定数。
-c -選別 <入力、 木、 ギャップ。>
出力アライメントにシーケンスが表示される順序。
-g -特徴
機能モードを選択し、使用する機能を指定します。例: all、maxplp、
構造体、PFAM-A?
-same_feature_score
同じフィーチャを整列させるためのスコア。
-diff_feature_score
異なるフィーチャを整列させるとペナルティが発生します。
-d -距離 <ウー、 ペア>
距離法
-b -木 -ガイドツリー <ニュージャージー州、 アップグマ>
ガイドツリー方式。
-z -zカットオフ
wu-manber ベースの距離計算で使用されるパラメーター。
-i -に -入力
入力ファイルの名前。
-o -でる -出力
出力ファイルの名前。
-a -gap_inc
既存のギャップの数に応じてギャップ ペナルティを増加します。
-f -フォーマット <ファスタ、 msf、 アルン、 クルー、 マクシム>
出力形式。
-q -静かな
STDERR には何も出力しません。 STDIN からは何も読み出しません。
参考文献
· Timo Lassmann と Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - 正確で高速な倍数
配列アライメントアルゴリズム。 BMC バイオインフォマティクス 6:298
· ティモ・ラスマン、オリバー・フリングス、エリック・LL・ソンハマー (2009) Kalign2:
タンパク質とヌクレオチド配列の高性能マルチアラインメントにより、
外部の機能。 核酸研究 3:858?865。
作者
タイム ラスマン <ティモラスマン@gmail.com>
Kalign の上流著者。
チャールズ プレッシー <plessy@debian.org>
マンページを書きました。
COPYRIGHT
著作権 © 2004、2005、2006、2007、2008 ティモ・ラスマン
Kalign はフリー ソフトウェアです。 の条件に従って再配布したり、変更したりすることができます。
Free Software Foundation によって発行された GNU 一般公衆利用許諾書。
このマニュアル ページは Charles Plessy によって作成されました。plessy@debian.org> Debian(TM) 用
システム（ただし、他の人が使用する場合があります）。 コピー、配布、および/または許可が与えられます
kalign 自体と同じ条件の下でこの文書を変更してください。
Debian システムでは、GNU General Public License バージョン 2 の全文を次のとおり実行できます。
見つかった / usr / share / common-licenses / GPL-2.
onworks.net サービスを使用してオンラインで kalign を使用する