phytime - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

phytime - 大きな配列アラインメントからの発散時間のベイジアン推定

DESCRIPTION

分子配列からの発散時間のベイジアン推定は、高度な技術に依存しています
マルコフ連鎖モンテカルロ手法、およびメトロポリス-ヘイスティングス (MH) サンプラーが使用されています。
その文脈でうまく使用されています。 このアプローチには、大きな計算負荷が伴います。
大規模な系統ゲノムデータセットの分析を妨げる可能性があります。 発散の信頼できる推定
また、配列アラインメントには、不可能ではないにしても、非常に時間がかかる可能性があります。
より多くの必要性を強調して、弱いまたは矛盾する系統発生シグナルを伝える
効率的なサンプリング方法。 この記事では、
置換率とノード時間の事後密度。 レートの事前分布
系統に沿った潜在的な自己相関を説明しますが、ノード年齢の事前分布は
均一な密度でモデル化されています。 また、尤度関数は次の式で近似されます。
多変量正規密度。 これらのコンポーネントの組み合わせにより、便利な
レートと時間の事後分布を
ギブス サンプリング アルゴリズムを使用して推定されます。 XNUMX つの実世界のデータセットの分析
このサンプラーが標準の MH アプローチよりも優れていることを示し、
大規模および/または困難なデータセットを分析するためのこの新しい方法の適合性。

SYNOPSIS

フィタイム [コマンド引数]

OPTIONS

以下のすべてのオプションは、「-i」、「-u」、および「--calibration」を除いてオプションです。

コマンドオプション:

-i (または - 入力) シーケンスファイル名

seq_file_name は、PHYLIP のヌクレオチドまたはアミノ酸配列ファイルの名前です。
形式でダウンロードすることができます。

-d （または - データ・タイプ） データ・タイプ

data_type は、ヌクレオチドの場合は 'nt' (デフォルト)、アミノ酸配列の場合は 'aa'、または
'generic' (ここでは NEXUS ファイル形式と 'symbols' パラメータを使用します)。

-q （または - 一連)

インターリーブ形式 (デフォルト) をシーケンシャル形式に変更します。

-m （または - モデル） モデル

model : 代替モデル名です。 - ヌクレオチドベースのモデル: HKY85 (デフォルト) |
JC69 | K80 | F81 | F84 | TN93 | GTR | custom (*) (*) : カスタム オプションの場合、
000000 桁の文字列でモデルを識別します。 たとえば、XNUMX

F81 (またはヌクレオチド頻度の分布が次の場合は JC69) に対応します。
ユニフォーム）。 012345 は GTR に対応します。 このオプションは、あらゆるエンコードに使用できます。
GTR 内にネストされたモデル。

- アミノ酸ベースのモデル: LG (デフォルト) | ワグ | ＪＴＴ｜ MtREV | デイホフ | DCMut|
RtREV | CpREV | VT

ブロサム62 | マウントマム | Mtアート | HIVw |
HIVb | 習慣

--aa_rate_file ファイル名

filename は、アミノ酸置換率を提供するファイルの名前です
PAML形式の行列。 アミノ分析時にはこのオプションを使用することが必須です
「カスタム」モデルを使用した酸配列。

- 較正 ファイル名

filename はアプリオリに定義されたキャリブレーション ファイルの名前です。
ノード年齢の境界。 の詳細については、マニュアルをお読みください。
このファイルのフォーマット。

-t （または - NS/tv) ts/tv_ratio

ts/tv_ratio : トランジション/トランスバージョン比。 DNA配列のみ。 固定することができます
正の値 (例: 4.0) または e を使用して、最尤推定値を取得します。

-v （または --pinv) prop_invar

prop_invar : 不変サイトの割合。 [0,1] の固定値にすることができます
range または e を使用して最尤推定値を取得します。

-c （または --nclasses) nb_subst_cat

nb_subst_cat : 相対置換率カテゴリの数。 デフォルト ：
nb_subst_cat=4。 正の整数でなければなりません。

-a （または - アルファ) ガンマ

gamma : ガンマ分布形状パラメーターの分布。 固定することができます
正の値または e を使用して、最尤推定値を取得します。

-u （または --inputtree) ユーザーツリーファイル

user_tree_file : 開始ツリーのファイル名。 ツリーは Newick 形式でなければなりません。

--r_seed NUM

num は、乱数ジェネレーターを開始するために使用されるシードです。 整数でなければなりません。

--run_id ID_文字列

各 PhyML 出力ファイルの末尾に文字列 ID_string を追加します。 このオプションは
PhyML を含むシミュレーションを実行するときに役立ちます。

- 静かな

インタラクティブな質問はなく (バッチ モードで実行する場合)、出力は静かです。

--no_memory_check

メモリ使用量 (バッチ モードで実行する場合) に関する対話型の質問はありません。 通常出力
さもないと。

--chain_len NUM

num は、マルコフ連鎖モンテカルロの世代数または実行数です。 に設定
デフォルトでは 1E+6 です。 整数でなければなりません。

--sample_freq NUM

チェインは num 世代ごとにサンプリングされます。 デフォルトでは 1E+3 に設定されています。 でなければなりません
整数。

- データなし

このオプションを使用して、(後部関節からではなく) 事前分布のみからサンプリングします。
モデル パラメータの密度)。

--fastlk

尤度に多変量正規近似を使用して高速化する
計算

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