xcrysden - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

xcrysden - 結晶および分子構造ビジュアライザー

SYNOPSIS

クリスデン [特別オプション]
クリスデン [特別オプション] フォーマットオプション file|ディレクトリにジョブを開始します。

DESCRIPTION

XCrySDen は、結晶および分子構造の可視化プログラムです。
結晶構造に重ねて表示できる等値面と等高線の表示
インタラクティブに回転および操作できます。

特殊 OPTIONS

-h
- 助けて
ヘルプメッセージを表示します。

-v
- バージョン
プログラムのバージョン情報を表示します。

-u id
- 使用 id
window-ID= を使用してコンテナ ウィンドウに埋め込まれた XCrySDen をロードしますid.

-r 薄暗い
--redim 薄暗い
XSF ファイルの周期的次元を次のように削減します。 薄暗い。 前に指定する必要があります --xsf オプション、
例えば、 クリスデン -r 2 --xsf file.

-c file
- 習慣 file
指定されたファイルからカスタム定義をロードします (構文は次のとおりです)
~/.xcrysden/カスタム定義).

-a file
-属性 file
ファイルから属性をロードします。 属性ファイルの形式は次のとおりです。

エレメントカラー
原子番号1 red1 blue1 green1
原子番号2 red2 blue2 green2
...
エレメント半径
原子番号1 半径1
原子番号2 半径2
...

-l file
- ライト file
XCrySDen のライト形式のファイルからライト パラメータをロードします。

FORMAT OPTIONS

--xsf file
XCrySDen の構造ファイル (XSF) 形式のファイルから構造を読み込みます。

--animxsf file
--axsf file
Animated-XCrySDen の構造ファイル (AXSF) 形式のファイルから構造体を読み込みます。

--bxsf file
BXSF (Band-XSF) ファイルからバンドを読み込み、フェルミ面を視覚化します。

--xmol file
--xyz file
XYZ形式のファイルから構造を読み込みます。

--pdb file
PDB形式のファイルから構造体を読み込みます。

--gzmat file
ガウス Z 行列から構造を読み込みます (Open-Babel プログラムが必要)。

--gaussian_out file
--gxx_out file
--g98_out file
ガウス出力ファイルから構造を読み込みます。 単一点の計算のみと
最適化の実行はこれまでのところサポートされています。 最適化の実行では、次のことが可能です。
実行中に生成されたすべての構造をレンダリングします。

--キューブ file
--gXX_cube file
--g98_cube file
ガウス キューブ ファイルから構造を読み込みます。 キューブ ファイルは次のように作成する必要があります。
Cube=カードオプション。 スカラー キューブ ファイル、つまり Cube=(Cards,Density) のみがサポートされます。
または Cube=(カード,オービタル) または Cube=(カード,ポテンシャル)。 詳細については、GAUSSIAN マニュアルを参照してください。
このキーワードの意味。

--crystal_inp file
CRYSTAL から構造体をロード (http://http://www.crystal.unito.it/） 入力ファイル。

--crystal_f9 file
CRYSTAL から構造体をロード (http://http://www.crystal.unito.it/) fortran ユニット 9。

--wien_struct ファイルヘッド|file|ディレクトリにジョブを開始します。
WIEN2k から構造体をロード (http://www.wien2k.at/) 構造ファイル、ここで:

ファイルヘッド = 構造体ファイルの名前 (省略時) .struct 拡張、
file = ファイル名、
ディレクトリにジョブを開始します。 = ケースディレクトリの名前。

--wien_kpath ディレクトリにジョブを開始します。|構造ファイル
読む 構造 ファイルを作成し、特別な k ポイントを使用して最初のブリルアン ゾーンをレンダリングします。 K パスは次のとおりです。
特別な k ポイントをマウスでクリックすることで対話的に選択できます。 ユーザーが指定する必要があります エミン
　 EMAX エネルギーとパスに沿った k ポイントの総数。 この数字はあくまで、
XCrySDen は非常に均一になろうとするため、k ポイントの合計数の推定
パスに沿った k 点のサンプリング (WIEN2k の k 点の最大許容数を指定しないでください)
XCrySDen はさらにいくつかのポイントを生成する可能性があるため)。

--wien_renderdensity ディレクトリにジョブを開始します。
読む 構造, 出力, ロー ファイルとレンダリングの結晶構造と事前計算
電荷密度。

--wien_density ディレクトリ
電荷密度計算のための 2D 領域または 3D 領域のいずれかが対話的に選択されます。
マウスクリック。 XCrySDen が生成する in5 ファイル、電荷密度の計算とレンダリング
等値線/カラープレーン (2D) または等値面 (3D) として。

--wien_fermisurface ディレクトリにジョブを開始します。
フェルミ面作成のためのタスク ウィンドウをポップアップします。 いくつかのステップを経て、フェルミは
表面は (できれば) 3D 等値面として描画されます。

--fhi_inpini file
FHI98MDからのロード構造 inp.ini フォーマットされたファイル。

--fhi_coord file
FHI98MDからのロード構造 コーディネートアウト フォーマットされたファイル。

--pwi
--pw_inp file
構造体をロードします PW.X ファイルにソフトウェアを指定する必要があります。 PW.X の擬ポテンシャル平面波プログラムです。
Quantum-ESPRESSO ディストリビューション (http://www.quantum-espresso.org/).

--pwo
--pw_out file
構造体をロードします PW.X 出力 ファイルにソフトウェアを指定する必要があります。 PW.X の擬ポテンシャル平面波プログラムです。
Quantum-ESPRESSO ディストリビューション (http://www.quantum-espresso.org/).

-s スクリプト
- 脚本 スクリプト
Tcl スクリプトを含むファイルからスクリプトをロードします。

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