これは、オンライン Linux で実行する Calis-p という名前の Linux アプリで、最新リリースは calis-p-0.1.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
Calis-p という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
Ad
Calis-p をオンラインの Linux で実行する
DESCRIPTION
Calis-p (プロテオミクスにおける ISOtopes への CALgary アプローチ) は、微生物群集内の個々の種の安定炭素同位体フィンガープリント (SIF) をメタプロテオミクス データセットから直接抽出するソフトウェア パッケージです。 サンプルおよびキャリブレーション材料のスコア付けされたペプチドスペクトル一致 (PSM) テーブル、および mzML 形式の生の MS データを入力として受け取ります。 最初のステップでは、ソフトウェアは各 PSM の同位体ピークを検出し、指定された保持時間ウィンドウ全体でその強度を合計します。 同位体パターン (m/z 値 + 合計強度のペア) と同定されたペプチドの合計式が報告され、Calis-p の 13 番目のステップの入力として使用され、セットに合格したすべてのペプチドの delta13C 値が計算されます。フィルタの平均値、および種ごとの平均 delta13C 値と標準誤差。 種の deltaXNUMXC 値は、標準物質を使用して決定されたオフセットを適用することにより、機器の同位体分別のために補正する必要があります。オプション
- SIF データは標準メタプロテオーム データセットから直接抽出されます。
- 微生物群集サンプル内の多数の種の SIF 値を高スループットな方法で効率的かつ確実に取得します。
これは、https：//sourceforge.net/projects/calis-p/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
