これは、オンライン Linux で実行する ISVASE という名前の Linux アプリで、最新リリースは ISVASE1.1.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
ISVASE という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linux でオンラインで実行する ISVASE
DESCRIPTION
正確な成熟 mRNA を生成するには、エキソンを特定し、RNA スプライシング機構によって正確かつ効率的に結合する必要があります。 病気を引き起こすすべての突然変異の約 XNUMX 分の XNUMX または半分が RNA スプライシングに影響を与えることに注意してください。 しかし、RNA-seq データに基づいてスプライシング イベント (SVASE) に関連する配列変異を直接特定するためのバイオインフォマティクス ツールはほとんどありません。 私たちは、RNA-seq データを使用して SVASE を直接同定するためのシンプルで便利なツールである ISVASE を開発しました。 既存のソフトウェアPVAASと比較して、私たちの方法には、各ステップでの厳格なルール依存フィルターと統計フィルター、既知のスプライシングイベントの検出シーケンスバリアント、スプライシングのXNUMXつの部分（接合部）の個別の識別シーケンスバリアント、検出ジャンクションシフトなどのいくつかの利点があります。既知のスプライシング アノテーションの提供、スプライシング シグナルの評価、既知の DNA 変異および/または RNA 編集データとの比較、および短い実行時間のイベント。オプション
- これは、新しいスプライシング バリアントと既知のスプライシング バリアントの両方について、スプライシング イベントに関連する配列バリアントを識別する最初のツールです。
- ISVASE は、まず各スプライシング バリアントの配列バリアントを特定し、次に、比較分析および統計的検定のために、関連するすべてのスプライシング バリアント (同じ接合開始または終了) の配列バリアントを特定します。
- ISVASE は、接合部の両方の部分の配列変異を個別に識別して判断します。これにより、接合の異なる部分の配列変異の影響をさらに区別できます。
- ISVASE は、いくつかの厳格なルール依存フィルターと統計フィルターをさまざまな手順で適用します。
- ISVASE は、ジャンクション シフト イベントとジャンクション シグナル (5' ss および 3' ss) を考慮して、誤ったスプライシング バリアントを除去します。
- ISVASE は、ユーザーが提供した DNA 変異および RNA 編集データを使用して、配列バリアントのソース タイプを指定できます。
- ISVASE は、エキソン スプライシング エンハンサー モチーフ検索のために配列変異体の隣接配列を取得します。
- ISVASE は、デフォルトの配列バリアント ファイルをバリアント アノテーション用の ANNOVAR 入力形式ファイルに変換できます。
- ISVASE は 8 つの図を使用して、スプライシング イベントに関連する配列変異の特徴を示します。
Audience
科学/研究
プログラミング言語
パール
これは、https://sourceforge.net/projects/isvase/ から取得することもできるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
