これは、Linux オンラインで実行する MSL という名前の Linux アプリで、最新リリースは mslib-1.1.0.9.tgz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
MSL という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
Linux でオンラインで実行する MSL
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DESCRIPTION
MSL は、巨大分子の計算による研究を可能にする C++ ライブラリです。MSL ライブラリはプログラムではなく (一部のアプリケーションは配布されていますが)、科学者が独自の分子モデリング手法をコーディングするためのツールです。
Philosophy
主な目標は、単純な操作 (たとえば、PDB をロードして距離を測定したり、二面角を編集したり) から複雑なアプリケーション (タンパク質モデリングやデザイン）。
MSL は、ウィスコンシン大学マディソン校の Senes Lab と他の研究機関の開発者/ユーザーのチームによって開発されています。
参考文献・引用元
クルプ DW、スブラマニアム S、ドナルド JE、ハニガン BT、ミューラー BK、グリゴリアン G、セネス A.
オープンソースの分子ソフトウェア ライブラリ (MSL) を使用した構造情報学、モデリング、設計。
Ｊ Ｃｏｍｐｕｔ Ｃｈｅｍ． 2012年vol. 33 ページ 1645-61
記事をダウンロードするには http://dx.doi.org/10.1002/jcc.22968
オプション
- 立体構造変化や側鎖立体構造の自由度の回転異性体表現のために、複数の原子座標を保存および切り替えられる機能。
- 複数の残基アイデンティティ (つまり、LEU、ILE、ALA) を XNUMX つの位置に構築して保存し、それらの間で切り替える機能。
- # CHARMM 力場とその他のエネルギー関数。
- 移動、回転、位置合わせなどの変換。
- モンテカルロ、デッドエンドエリミネーション、自己無撞着平均場モンテカルロなどの検索アルゴリズム、バックボーンサンプリング
- 結晶格子の生成。
- 回転異性体ライブラリーのサポート
- バックボーンの変更と生成
- サポートされているプラットフォーム: Linux、MacOS
Audience
科学/研究
プログラミング言語
C + +
これは、https://sourceforge.net/projects/mslib/ から取得することもできるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
