これは、Linux オンラインで実行する trj_cavity という名前の Linux アプリで、最新リリースは trj_cavity_v2.1.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
trj_cavity という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行すると、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行できます。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linux でオンラインで実行する trj_cavity
DESCRIPTION
trj_cavity は、分子動力学 (MD) シミュレーション軌跡全体でタンパク質の空洞を見つけます。 このプログラムは PDB 形式のファイルを処理しますが、XTC などの GROMACS 互換形式の読み取り/生成も可能です。同じプロジェクトを GROMACS ツールまたはスタンドアロン バージョンとしてコンパイルできます。 インストール手順は、プロジェクトの INSTALL ファイルと https://sourceforge.net/p/trjcavity/wiki/Home/#ffad
このツールの使用に関するサポートが必要な場合 (またはバグの報告) は、ディスカッション フォーラムに投稿してください。
備考: v2 は並行して実行され、GROMACS v5.1+ シリーズをサポートします。 GROMACS v4.x を引き続き使用したい場合は、trj_cavity_v1.1 を使用してください。
オプション
- MD シミュレーション軌道でタンパク質の空洞を見つけます。
- 時間に対するタンパク質キャビティの MD 軌跡を作成します。
- タンパク質キャビティの分布の統計を提供します。
- キャビティ容積記述子を計算します。
- 法線軸細孔トンネル半径プロファイル。
プログラミング言語
C + +
これは、https://sourceforge.net/projects/trjcavity/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
