これは CStone という名前の Linux アプリで、最新リリースは cstone.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
CStoneという名前のこのアプリをOnWorksで無料でダウンロードしてオンラインで実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショット：
Cストーン
説明：
CStone は、de Bruijn のようなグラフを使用し、作成された各コンティグに、非キメラであることが保証できるかどうかを示す XNUMX つのグラフ分類レベルのいずれかで注釈を付ける、RNA-Seq データ用の de novo アセンブラーです。 分類レベルは、リードが由来する遺伝子ファミリーの複雑さに依存します。 副産物として、これにより、配列決定された基礎となる遺伝子ファミリーの構造構成についての洞察も得られます。 詳細については、間もなくこの文書内で公開される予定です。 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34813594/.
特徴
- RNA-Seqデータのdenovoアセンブリ。
- 非キメラコンティグの同定。
- クロスプラットフォームの互換性。
- 実行可能なjarが利用可能です。
- 外部パッケージは必要ありません。
- 従うのが簡単で、他のツールに組み込まれるコード。
- 根底にある遺伝子ファミリーの複雑さに関する情報。
- de Bruijnのような（より寛大な）アプローチ。
これは、https：//sourceforge.net/projects/cstone/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。