これはCRISPR-offinder-v1-2というWindowsアプリで、最新リリースはCRISPR-offinder-1.2.zipとしてダウンロードできます。ワークステーション向けの無料ホスティングプロバイダーであるOnWorksでオンラインで実行できます。
CRISPR-offinder-v1-2 というアプリを OnWorks で無料でダウンロードしてオンラインで実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOSOnWorksオンラインエミュレーターを起動しますが、Windowsオンラインエミュレーターの方が優れています。
-5。起動したばかりのOnWorksWindows OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードしてインストールします。
-7.LinuxディストリビューションソフトウェアリポジトリからWineをダウンロードします。 インストールしたら、アプリをダブルクリックして、Wineで実行できます。 また、人気のあるWindowsプログラムやゲームのインストールに役立つWine上の豪華なインターフェイスであるPlayOnLinuxを試すこともできます。
WineはLinux上でWindowsソフトウェアを実行する方法ですが、Windowsは必要ありません。 Wineは、任意のLinuxデスクトップでWindowsプログラムを直接実行できるオープンソースのWindows互換性レイヤーです。 基本的に、Wineは、実際にWindowsを必要とせずに、これらすべてのWindowsアプリケーションを実行できるように、十分な数のWindowsを最初から再実装しようとしています。
スクリーンショット：
CRISPR-オフィダーv1-2
説明：
CRISPR/Casシステムは、ゲノム編集において大きな可能性を秘めていることは疑いようがありません。CRISPR技術による標的部位の切断には、sgRNAが結合するプロトスペーサーエレメントの直下流または上流に位置するプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）が必要です。しかし、異なる種類の細菌や変異体に由来するCas9は、それぞれ異なるPAM配列を認識します。様々なCRISPRシステムのニーズに、特異的かつ効率的なsgRNA設計で応えるために、CRISPR-offinderが開発されました。
このスタンドアロンツールは、標的部位のFASTAファイルと参照ゲノムへのクエリ、そして定義されたスペーサー長とPAM配列を持つCRISPRシステムを入力することで、sgRNA Scorer 2.0によるサポートベクターマシンモデルに基づいて、推定標的部位を特定し、予測活性を割り当てます。さらに、Cas-OFFinderによってオフターゲット活性が最小限であるsgRNAを予測し、オフターゲット切断頻度決定（CFD）を用いてスコア付けしました。
オプション
- CRISPR-offinderは、高品質の標的部位を迅速かつ効率的に特定するためのツールをベンチ生物学者に提供できる。
- このソフトウェアは、あらゆる種のsgRNAライブラリの設計に使用できます。
- Zhao et al.,（2017）CRISPR-offinder：CRISPRガイドRNA設計およびユーザー定義のプロトスペーサー隣接モチーフのオフターゲット検索ツール。国際生物科学ジャーナル
プログラミング言語
パール
カテゴリー
このアプリケーションは、https://sourceforge.net/projects/crispr-offinder-v1-2/ からも入手できます。OnWorks でホストされているため、無料のオペレーティングシステムから最も簡単にオンラインで実行できます。