이는 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공자에서 실행할 수 있는 gmod_load_cvterms.plp 명령입니다.
프로그램:
이름
load_cvterms.pl - 데이터베이스와 비교하여 파일에서 어떤 용어가 새로 추가되었는지 비교합니다.
그것들을 삽입한다
개요
사용법: perl load_cvterms.pl -H dbhost -D dbname [-vdntuFo] 파일
매개 변수
-g GMOD 데이터베이스 프로필 이름(호스트, DB 이름, 비밀번호, 사용자 이름 등을 제공할 수 있음)
드라이버) 기본값: 'default'
-s 연결을 위한 데이터베이스 이름(db 테이블에 있어야 함, 예: GO)
-n 제어 어휘 이름(예: 'biological_process'). 선택 사항입니다. 지정하지 않으면
데이터베이스 이름과 관련된 모든 네임스페이스의 조건이 처리됩니다.
-F 파일 형식입니다. obo 또는 go_flat 등 Bio::OntologyIO에서 지원하는 다른 파일 형식을 사용할 수 있습니다.
기본값: obo
-u 옵션은 모든 용어를 업데이트합니다. -u 옵션을 사용하지 않으면 데이터베이스의 용어가 업데이트되지 않습니다.
파일의 내용, 정의 등 새로운 용어는 계속 사용됩니다.
추가.
-v 자세한 출력
-o 오류 및 자세한 메시지를 쓰기 위한 outfile(선택 사항)
-t 평가판 모드. 저장 작업을 전혀 수행하지 않습니다. (평가판 모드에서는 테스트할 수 없습니다.)
새로운 용어에 대한 관련 데이터 삽입)
GMOD 프로필을 사용하지 않는 경우 다음 옵션이 필요합니다.
-H 데이터베이스의 호스트 이름 [-p가 사용되지 않는 경우 필수]
-D 데이터베이스 이름 [-p가 사용되지 않는 경우 필수]
-p 비밀번호(DB에 연결하기 위해 비밀번호를 제공해야 하는 경우)
-r 사용자 이름(데이터베이스에 연결하기 위해 사용자 이름을 제공해야 하는 경우)
-d 드라이버 이름(예: postgres의 경우 'Pg'). 드라이버 이름은 gmod_config에 지정할 수 있습니다.
스크립트는 파일의 온톨로지와 데이터베이스의 해당 온톨로지를 구문 분석합니다.
존재하는 경우. 데이터베이스와 비교하여 파일에서 어떤 용어가 새로 추가되었는지 비교합니다.
삽입하고, 모든 새로운 관계를 비교하여 삽입합니다. 제거합니다.
데이터베이스의 파일에 지정되지 않은 관계. 제거되지 않습니다.
데이터베이스에서 가져온 용어 항목입니다.
이 스크립트는 Chado 스키마(gmod.org 참조)를 사용하여 다음 테이블에 액세스합니다.
db
dbxref
cv
cvterm
cvterm_relationship
cvterms동의어
cvterm_dbxref
cvtermprop
데이터베이스에는 있지만 파일에는 없는 용어는 is_obsolete=1로 설정됩니다.
데이터베이스에 있는 용어는 (-u 옵션을 사용하는 경우) 업데이트되어 반영됩니다.
파일에 있는 용어 정의. 파일에는 있지만 파일에 없는 새 용어
데이터베이스에 저장됩니다. 각 용어 삽입/업데이트와 관련된 데이터는 다음과 같습니다.
용어 이름
용어 정의
다른 용어와의 관계
동의어
보조 ID
정의 dbxrefs
코멘트
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