이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 hmm2emit 명령입니다.
프로그램:
이름
hmm2emit - 프로필 HMM에서 시퀀스 생성
개요
흠2방출 [옵션] 흠 파일
기술
흠2방출 에서 HMM 파일을 읽습니다. 흠 파일 하나 이상의 HMM을 포함하고
각 HMM의 시퀀스 수; 또는 만약 -c 옵션이 선택되면 단일 생성
다수결 합의. 이는 필요한 다양한 응용 프로그램에 유용할 수 있습니다.
서열군 합의와 일치하는 서열의 시뮬레이션.
기본적으로, 흠2방출 10개의 시퀀스를 생성하여 FASTA(정렬되지 않은) 형식으로 출력합니다.
옵션
-a 생성된 시퀀스를 FASTA가 아닌 정렬 형식(SELEX)으로 작성합니다.
-c 샘플링 시퀀스 대신 단일 다수결 합의 시퀀스 예측
HMM의 확률 분포에서. 고도로 보존된 잔기(p >= 0.9
DNA, 단백질의 경우 p >= 0.5)는 대문자로 표시됩니다. 다른 것들은 소문자로 표시됩니다.
일부 삽입 상태는 다수결 규칙 합의의 일부가 될 수 있습니다.
생성된 시퀀스의 50% 이상에서 사용됩니다. 이런 일이 발생하면 삽입물 생성 잔류물이
단순히 "x"로 표시됩니다.
-h 간단한 도움말 인쇄 다음을 포함한 모든 옵션의 버전 번호 및 요약이 포함됩니다.
전문가 옵션.
-n 생성 시퀀스. 기본값은 10입니다.
-o 합성 시퀀스를 파일에 저장 stdout에 쓰는 대신.
-q 조용한; 시퀀스 자체를 제외한 모든 출력을 억제합니다. 배관에 유용
또는 출력을 지시합니다.
전문가 옵션
--씨앗
랜덤 시드를 다음으로 설정 , 어디에 양의 정수입니다. 기본값은 다음을 사용하는 것입니다.
시각() 각 실행마다 다른 시드를 생성합니다. 즉, 두 개의 서로 다른 시드를 생성합니다.
실행 흠2방출 동일한 HMM에서는 약간 다른 결과가 나타납니다. 당신이 사용할 수있는
재현 가능한 결과를 생성하려면 이 옵션을 사용하세요.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 hmm2emit 사용