이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 indigo-depict 명령입니다.
프로그램:
이름
indigo-depict - 분자 및 반응 렌더링 유틸리티
개요
남색을 묘사한 infile.{mol,rxn,cml,smi} 출력파일.{png,svg,pdf} [매개 변수]
남색을 묘사한 infile.{cml,rdf,rdf.gz,sdf,sdf.gz,smi} outfile_%s.{png,svg,pdf} [매개 변수]
남색을 묘사한 infile.smi 출력파일.{cml,mol,rdf,rxn,sdf} [매개 변수]
남색을 묘사한 - 미소 outfile.{cml,mol,pdf,png,rxn,svg} [매개 변수]
남색을 묘사한 -도움
기술
남색을 묘사한 분자를 묘사하는 데 사용됩니다.
옵션
남색을 묘사한 표준 입력에서 입력 파일이나 SMILES 코드를 읽을 수 있습니다. 이것들은 다음과 같습니다.
그 뒤에는 다음 매개변수 중 하나 이상이 옵니다.
-w
그림 너비(픽셀)
-h
그림 높이(픽셀)
-노예
평균 결합 길이(픽셀)
-여백
가로 및 세로 여백(픽셀)입니다. 기본적으로 여백 없음
-두께
상대 두께 계수를 설정합니다. 기본값은 1.0
-선의 폭
본드 라인 폭 계수를 설정합니다. 기본값은 1.0
-상표
원자 라벨 표시 모드를 설정합니다. 기본값은 터미널-헤테로
-수력
암시적 수소를 표시합니다. 기본값은 on
-[de]아롬
강제 [탈]방향족화
-스테레오
스테레오그룹 표시 모드. 기본값은 낡은
-cdbwsa
인접한 스테레오 결합이 있는 중앙 이중 결합(기본적으로 비활성화됨)
-질문 입력을 쿼리 분자 또는 반응으로 처리합니다(기본적으로 비활성화됨).
-똑똑하다
입력을 SMARTS 쿼리 분자 또는 반응으로 처리합니다(기본적으로 비활성화됨).
-idfield
저장된 파일 이름에서 '%s' 위치에 들어갈 SDF/RDF 필드(기본값은
분자/반응수)
-촉매
반응 촉매 배치는 화살표와 같습니다. 기본값은 위아래
-논평
분자 또는 반응 위에 텍스트 설명을 추가합니다. 기본값 없음
-댓글 오프셋
주석과 구조 사이의 수직 공간(픽셀 단위)
-코멘트 필드
지정된 SDF/RDF 필드를 주석으로 사용
-댓글 이름
분자/반응 이름을 주석으로 사용
-댓글 크기
본드 두께에 따른 텍스트 설명 글꼴 크기 계수입니다. 기본값은 6
-댓글포스
텍스트 주석 위치(기본적으로 하단)
-commentalign <0..1>
텍스트 주석 정렬, 부동 소수점 값: 0 = 왼쪽, 0.5 = 중심, 1 = 맞다
-착색
색칠을 활성화/비활성화합니다. 기본값은 on
-hl두꺼운
굵은 선과 굵은 문자로 강조 표시 활성화
-hlcolor
색상으로 강조 표시를 활성화합니다. 구성요소 값은 [0 255 ..]
-bgcolor
배경색을 설정합니다. 구성요소 값은 [0 255 ..]
-기본 색상
기본 전경색을 설정합니다. 구성요소 값은 [0 255 ..]
-aamcolor
AAM 인덱스의 색상을 설정합니다. 구성요소 값은 [0 255 ..]
-dsgcolor
데이터 SGroup의 색상을 설정합니다. 구성요소 값은 [0 255 ..]
-댓글색상
댓글의 색상을 설정합니다. 구성요소 값은 [0 255 ..]
-원자번호
원자 번호 표시(디버깅 목적으로만)
-채권번호
본드 번호 표시(디버깅 목적으로만)
-원베이스
원자 및 결합 지수를 하나부터 시작합니다. 기본값은 XNUMX부터입니다.
-도움 이 도움말 메시지 인쇄
사용 예
남색을 묘사한 infile.mol outfile.png -착색 오프 -아롬
남색을 묘사한 데이터베이스.sdf 분자_%s.png -idfield cdbregno -두께 1.1
남색을 묘사한 데이터베이스.smi 데이터베이스.sdf
남색을 묘사한 - CC.[O-][*-]([O-])=O 쿼리.png -질문
남색을 묘사한 - OCO>>CC(C)N 반응.rxn
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 indigo-depict 사용