kalign - 클라우드 온라인

프로그램:

이름

kalign - 생물학적 서열의 다중 정렬을 수행합니다.

개요

칼라인 [infile.fasta] [outfile.fasta] [옵션]

칼라인 [-NS infile.fasta] [-오 outfile.fasta] [옵션]

칼라인 [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [옵션]

기술

칼라인 생물학적 서열의 다중 정렬을 수행하는 명령줄 도구입니다. 그것
Muth?Manber 문자열 일치 알고리즘을 사용하여 정확성과 속도를 모두 향상시킵니다.
정렬의. 글로벌하고 점진적인 정렬 방식을 사용하며
시퀀스 거리를 계산하고 통합하여 대략적인 문자열 일치 알고리즘
그렇지 않으면 전역 정렬에 대한 로컬 일치.

옵션

-s -gpo - 가오픈 -gap_open x
갭 오픈 페널티 .

-e -gpe -gap_ext -갭 익스텐션 x
간격 확장 페널티.

-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
터미널 갭 페널티.

-m -보너스 -matrix_bonus x
대체 행렬에 추가된 상수입니다.

-c -종류 <입력, 나무, 틈.>
시퀀스가 출력 정렬에 나타나는 순서입니다.

-g -특색
기능 모드를 선택하고 사용할 기능을 지정합니다: 예: all, maxplp,
구조, PFAM-A?

-same_feature_score
동일한 기능을 정렬하기 위한 점수입니다.

-diff_feature_score
다른 기능을 정렬하기 위한 페널티.

-d -거리 <우, 페어>
거리 방법

-b -나무 -가이드 트리 <nj, 업그레이드>
가이드 트리 방법.

-z -zcutoff
wu-manber 기반 거리 계산에 사용되는 매개변수입니다.

-i ~에서 -입력
입력 파일의 이름입니다.

-o -아웃 -산출
출력 파일의 이름입니다.

-a -gap_inc
기존 간격의 수에 따라 간격 페널티를 높입니다.

-f -체재 <파스타, msf, 알른, 클루, 맥심>
출력 형식입니다.

-q -조용한
STDERR에 아무 것도 인쇄하지 않습니다. STDIN에서 아무것도 읽지 않습니다.

참조

· Timo Lassmann 및 Erik LL Sonnhammer(2005) Kalign - 정확하고 빠른 배수
서열 정렬 알고리즘. BMC 생물 정보학 6:298

· Timo Lassmann, Oliver Frings 및 Erik LL Sonnhammer(2009) Kalign2:
단백질 및 뉴클레오티드 서열의 고성능 다중 정렬을 가능하게 합니다.
외부 기능. 핵산 연구 3:858?865.

작가

백리향 라스만 <timolassmann@gmail.com>
Kalign의 업스트림 저자.

찰스 플레시 <plesy@debian.org>
맨페이지를 작성했습니다.

저작권

저작권 © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 티모 라스만

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이 매뉴얼 페이지는 Charles Plessy가 작성했습니다.plesy@debian.org> 데비안(TM)용
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