locuspocus - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

locuspocus - 주어진 유전자 주석에 대한 유전자좌 좌표 계산

개요

메뚜기 [옵션] gff3파일1 [gff3파일2 gff3파일3 ...]

기술

기본 옵션 :

-d|--디버그
자세한 디버깅 메시지를 터미널에 출력(표준 오류)

-h|--도움
이 도움말 메시지를 인쇄하고 종료

-v|--버전
버전 번호를 인쇄하고 종료

iLocus 구문 분석:

-l|--델타: INT
간격 유전자좌를 파싱할 때 다음 델타를 사용하여 유전자 유전자좌를 확장하고 다음을 포함합니다.
잠재적인 규제 지역; 기본값은 500입니다.

-s|--건너뛰기
간격 위치를 열거할 때 주석이 없는(및 아마도 불완전한) 제외
시퀀스의 양쪽 끝에서 iLoci

-e|--종료만
주석이 없는 시퀀스 끝에 있는 불완전한 iLocus 조각만 보고합니다.
(보완 --건너뛰기)

-y|--스키필로시
유전자간 iLoci를 보고하지 않음

미세 조정 옵션:

-r|--정제
기본적으로 유전자는 중복되는 경우 동일한 iLocus에 그룹화됩니다. '정제'
모드는 겹치는 유전자의 미묘한 처리를 허용합니다.

-c|--CD
유전자 중복을 결정하기 위해 UTR보다 CDS를 사용하십시오. '정제' 모드를 의미

-m|--마이너오버랩: INT
두 유전자가 같은 그룹으로 묶이기 위해 겹쳐야 하는 최소한의 뉴클레오타이드 수
아이로커스; 기본값은 1

출력 옵션:

-n|--namefmt: STR
새로 기본 ID 형식을 재정의하는 printf 스타일 형식 문자열을 제공합니다.
생성된 좌위; loci 및 'iLocus%lu'의 경우 기본값은 'locus%lu'(locus1, locus2 등)입니다.
(iLocus1, iLocus2 등) 간격 유전자좌의 경우; 형식 문자열에는 다음이 포함되어야 합니다.
긴 부호 없는 정수 값으로 채울 단일 %lu 지정자

-i|--파일: FILE
각 유전자 간 iLocus의 길이로 파일 생성

-g|--유전자맵: 파일
각 유전자 주석에서 해당 위치에 대한 매핑을 주어진
파일

-o|--아웃파일: 파일
결과가 기록될 파일 이름; 기본값은 터미널입니다(표준
산출)

-T|--유지
입력 파일에서 원래 기능 ID를 유지합니다. 입력하면 충돌이 발생합니다.
중복된 ID 값을 포함합니다.

-t|--트랜스매핑: FILE
각 성적표 주석에서 해당 위치에 대한 매핑을
주어진 파일

-V|--상세
GFF3 출력에 모든 유전자좌 하위 특징(유전자, RNA 등)을 포함합니다. 기본
궤적 특징만 포함

입력 옵션:

-f|--필터: 유형
loci/iLoci 구성에 사용할 기능 유형의 쉼표로 구분된 목록입니다. 기본값은
'유전자'

-p|--상위: CT:PT
$CT 유형의 기능이 부모 없이 존재하는 경우 이 기능에 대한 부모를 만듭니다.
$PT 유형으로; 예를 들어, mRNA:gene은 부모로서 유전자 특징을 생성합니다.
모든 최상위 mRNA 기능; 이 옵션은 여러 번 지정할 수 있습니다.

-u|--의사
잘못 분류된 pseudogenes 수정

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