이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공자에서 실행할 수 있는 pbdagcon 명령입니다.
프로그램:
이름
pbdagcon - 방향성 비순환 그래프를 사용한 시퀀스 합의
기술
피비다그콘 DAGCon(Directed Acyclic Graph Consensus)을 구현하는 도구입니다.
다중 인코딩을 위해 방향성 비순환 그래프를 사용하는 시퀀스 합의 알고리즘
서열 정렬.
이는 다음으로부터의 정렬 정보를 사용합니다. 블래스터(1) 시퀀스 읽기를 "백본"에 맞추기 위해
시퀀스. 기본 정렬 방향성 비순환 그래프(DAG)를 기반으로 할 수 있습니다.
읽기에서 새로운 정보를 사용하여 읽기 간의 불일치를 찾습니다.
"백본" 시퀀스. 그런 다음 DAG에 동적 프로그래밍 프로세스를 적용하여
합의로서 최적의 염기 서열을 찾습니다. 새로운 합의는 다음과 같이 사용될 수 있습니다.
합의 품질을 반복적으로 개선하기 위한 새로운 백본 시퀀스입니다.
이 코드는 PacBio(TM) 원시 시퀀스 데이터를 처리하기 위해 개발되었지만 알고리즘은 다음과 같습니다.
일반적인 합의 목적으로 사용됩니다. 현재는 FASTA 입력만 받습니다. 더 짧은
시퀀스를 읽으려면 조정이 필요할 수 있습니다. 블래스터(1) 정렬 매개변수를 얻기 위해
정렬 문자열을 올바르게 지정하세요.
일부 알고리즘에는 코드와 기본 그래픽 데이터 구조가 사용되었습니다.
단계적 읽기, 사전 조립 및 해결 방법을 포함한 개발 프로토타입
중간 Celera Assembler 출력으로부터 합의를 도출합니다.
옵션
옵션 요약은 프로그램의 도움말 메뉴에서 확인할 수 있습니다.
--도움 옵션 요약을 표시합니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 pbdagcon을 온라인으로 사용하세요