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온웍스 파비콘

reprof - 클라우드에서 온라인

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터를 통해 OnWorks 무료 호스팅 제공자에서 reprof를 실행하세요.

이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 명령 재현입니다.

프로그램:

이름


reprof - 단백질 XNUMX차 구조 및 용매 접근성 예측

개요


reprof -i [query.blastPsiMat] [옵션]

reprof -i [query.fasta] [옵션]

reprof -i [query.blastPsiMat|query.fasta] --mutations [mutations.txt] [옵션]

기술


단백질 XNUMX차 구조와 용매 접근성을 예측합니다.

산출 형성
출력 형식은 설명이 필요하지 않습니다. 즉, 출력 열은 다음 항목에 설명되어 있습니다.
출력 파일 자체.

옵션


-NS, --입력=FILE
BLAST PSSM 매트릭스 파일(Blast -Q 옵션에서)을 입력하거나 FASTA 파일을 입력합니다.

-영형, --밖=FILE
출력 파일 또는 디렉터리입니다. 디렉토리가 제공되지 않은 경우 접미사
입력 파일 이름(예: .fasta 또는 .blastPsiMat)이 대체되어 출력을 생성합니다.
파일 이름.

--돌연변이=[전체|파일]
가능한 모든 돌연변이를 예측하는 키워드 "all" 또는 다음을 포함하는 파일
C의 "C12M"과 같이 한 줄에 하나씩 돌연변이가 발생하면 위치 12에서 M으로 돌연변이가 발생합니다.

C30Y
R31W
G48D

이 돌연변이 코드는 "_"를 사용하여 출력 파일 이름에도 첨부됩니다. 추가
파일 끝 "_ORI"에는 진화 정보를 사용하지 않은 예측이 포함되어 있습니다.
BLAST PSSM 매트릭스가 제공되었습니다.

--modeldir=DIR
모델 및 기능 파일이 저장되는 디렉터리입니다. 기본: /usr/share/reprof.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 Reprof를 사용하십시오.


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