이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 명령 재현입니다.
프로그램:
이름
reprof - 단백질 XNUMX차 구조 및 용매 접근성 예측
개요
reprof -i [query.blastPsiMat] [옵션]
reprof -i [query.fasta] [옵션]
reprof -i [query.blastPsiMat|query.fasta] --mutations [mutations.txt] [옵션]
기술
단백질 XNUMX차 구조와 용매 접근성을 예측합니다.
산출 형성
출력 형식은 설명이 필요하지 않습니다. 즉, 출력 열은 다음 항목에 설명되어 있습니다.
출력 파일 자체.
옵션
-NS, --입력=FILE
BLAST PSSM 매트릭스 파일(Blast -Q 옵션에서)을 입력하거나 FASTA 파일을 입력합니다.
-영형, --밖=FILE
출력 파일 또는 디렉터리입니다. 디렉토리가 제공되지 않은 경우 접미사
입력 파일 이름(예: .fasta 또는 .blastPsiMat)이 대체되어 출력을 생성합니다.
파일 이름.
--돌연변이=[전체|파일]
가능한 모든 돌연변이를 예측하는 키워드 "all" 또는 다음을 포함하는 파일
C의 "C12M"과 같이 한 줄에 하나씩 돌연변이가 발생하면 위치 12에서 M으로 돌연변이가 발생합니다.
C30Y
R31W
G48D
이 돌연변이 코드는 "_"를 사용하여 출력 파일 이름에도 첨부됩니다. 추가
파일 끝 "_ORI"에는 진화 정보를 사용하지 않은 예측이 포함되어 있습니다.
BLAST PSSM 매트릭스가 제공되었습니다.
--modeldir=DIR
모델 및 기능 파일이 저장되는 디렉터리입니다. 기본: /usr/share/reprof.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 Reprof를 사용하십시오.
