이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 srf2fastq 명령입니다.
프로그램:
이름
srf2fastq - SRF 파일을 Sanger fastq 형식으로 변환합니다.
개요
srf2fastq [옵션] srf_archive ...
기술
srf2fastq 하나 이상의 SRF 아카이브에서 시퀀스와 품질을 추출하여 기록합니다.
Sanger fastq 형식으로 stdout으로 변환합니다.
Illumina에는 GERALD 디렉터리에 사용되는 fastq 형식도 있습니다.
품질 값에 대해 로그 확률 점수를 사용하는 경우 약간의 차이가 있습니다. 여기에 설명된 형식
전통적인 방법을 사용하고 있습니다 프레드 품질 인코딩 스타일.
옵션
-c ZTR을 사용하여 보정된 신뢰도 값을 출력합니다. CNF1 단일의 청크 유형
베이스 당 품질. 이것이 없으면 원래 Illumina를 사용하십시오. _prb.txt 구성된 파일
염기당 XNUMX개의 품질 값이 ZTR에 저장됨 CNF4 덩어리.
-C 품질이 좋지 않은 것으로 태그된 시퀀스를 마스크합니다.
-s 뿌리
파일 이름이 시작되는 디스크에 파일을 생성합니다. 뿌리, 비명시적당 하나의 파일
SRF/ZTR 영역(REGN) 청크의 요소입니다. 일반적으로 이렇게 하면 두 개의 파일이 생성됩니다.
쌍을 이루는 끝이 실행됩니다. 파일 이름 접미사는 SRF 영역에 나열된 이름에서 나옵니다.
덩어리. 이 옵션은 다음과 충돌합니다. -S 매개 변수입니다.
-S 시퀀스를 영역으로 분할하지만 각 시퀀스 영역을 순차적으로 나열합니다.
디스크의 별도 파일로 분할하는 대신 stdout을 사용합니다. 이 옵션은 다음과 충돌합니다.
전에, -s 매개 변수입니다.
-n -s를 사용하면 파일 이름 접미사는 단순히 번호가 매겨집니다(1부터 시작).
SRF 영역 청크에 나열된 이름을 사용합니다.
-a 시퀀스 이름에 영역 인덱스를 추가합니다. 즉, "name/1" 및 "name/2"를 생성합니다.
페어링 읽기.
-e 시퀀스에 명시적인 시퀀스('E' 유형의 ZTR 영역 청크)를 포함합니다.
산출. 명시적인 순서도 품질 라인에 포함됩니다. 현재
이는 ABI SOLiD에서 프라이머의 마지막 염기를 저장하는 데 사용됩니다.
-r 지방 명부
역순은 시퀀스를 보완하고 모든 영역의 품질 값을 반전시킵니다.
전에, 지방 명부. 이는 쉼표로 구분된 정수 값 목록입니다.
지역은 1부터 시작합니다. 이 옵션은 다음 중 하나의 경우에만 작동합니다. -s or -S are
지정되었습니다.
사용 예
현재 디렉터리의 모든 srf 파일에서 품질이 좋은 시퀀스만 추출하려면
보정된 신뢰도 값 사용(사용 가능한 경우)
srf2fastq -c -C *.srf > runX.fastq
쌍을 이룬 끝 부분을 시퀀스 이름이 있는 두 개의 개별 파일로 추출하려면 name/ 1 및
name/ 2.
srf2fastq -s runX -a -n runX.srf
정방향 및 역방향 순서를 번갈아 가며 한 쌍의 엔드 런을 단일 파일로 추출하려면,
두 번째 읽기는 역보완됩니다.
srf2fastq -S -r 2 runX.srf > runX.fastq
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 srf2fastq를 사용하세요.