이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 vcf-annotate 명령입니다.
프로그램:
이름
vcf-annotate - VCF 파일에 주석을 달고, 필터 또는 사용자 정의 주석을 추가합니다.
개요
방법 in.vcf | vcf-주석 [옵션] > out.vcf
기술
정보: 필터 또는 사용자 정의 주석을 추가하여 VCF 파일에 주석을 답니다. tabix 색인이 필요합니다.
주석이 있는 파일입니다.
현재는 INFO 열에만 주석을 달지만 요청 시 확장될 예정입니다.
옵션
-a, --주석
주석이 포함된 tabix 색인 파일: CHR\tFROM[\tTO][\tVALUE]+.
-c, --열
주석 파일의 열 목록입니다(예: CHROM,FROM,TO,-,INFO/STR,INFO/GN).
이 예의 대시는 세 번째 열을 무시해야 함을 나타냅니다. 만약에
존재하지 않는 경우 TO는 FROM과 동일한 것으로 간주됩니다.
-d, --설명
헤더 주석(예: key=INFO,ID=HM2,Number=0,Type=Flag,Description='HapMap2)
회원'. 설명은 한 줄에 하나의 주석으로 파일에서 읽을 수 있습니다.
-f, --필터
필터를 적용합니다. 목록은 flt1=value/flt2/flt3=value/etc 형식입니다.
-h, -?, --도움
이 도움말 메시지입니다.
필터 :
+ 기본값을 사용하여 모든 필터를 적용합니다(재정의 가능, 아래 예 참조).
-X 필터 X 제외
1, 스트랜드바이어스
FLOAT 가닥 바이어스에 대한 최소 P 값(PV4 제공) [0.0001]
2, 베이스퀄바이어스
FLOAT baseQ 편향에 대한 최소 P 값 [1e-100]
3, 맵퀄바이어스
FLOAT mapQ 편향에 대한 최소 P 값 [0]
4, EndDistBias
FLOAT 끝 거리 바이어스에 대한 최소 P 값 [0.0001]
에이, 민AB
INT 대체 염기의 최소 개수 [2]
c, Snp클러스터
INT1,INT2 실행 내에서 'INT1' 이상의 SNP 클러스터를 필터링합니다.
'INT2' 베이스 []
D, 최대 DP
INT 최대 읽기 깊이 [10000000]
d, 민DP
INT 최소 읽기 깊이 [2]
q, 최소MQ
INT SNP에 대한 최소 RMS 매핑 품질 [10]
Q, 퀄
INT QUAL 필드의 최소값 [10]
r, 참조N
기준 베이스는 N []입니다.
W, 갭윈
INT 인접한 간격을 필터링하기 위한 창 크기 [10]
w, SnpGap
필터링할 간격 주변의 INT bp 내의 INT SNP [10]
예:
zcat in.vcf.gz | vcf-주석 -a 주석.gz -d 설명.txt | bgzip -c
>out.vcf.gz zcat in.vcf.gz | vcf-주석 -f +/-a/c=3,10/q=3/d=5/-D -a
주석.gz -d 설명.txt | bgzip -c >out.vcf.gz
어디에 설명.txt 포함한다 :
키=INFO,ID=GN,번호=1,유형=문자열,설명='유전자 이름'
키=INFO,ID=STR,번호=1,유형=정수,설명='스트랜드'
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 vcf-annotate 사용