이것은 최신 릴리스를 MethyMer.plus.DB.v.1.1.tar.gz로 다운로드할 수 있는 MethyMer라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
OnWorks가 포함된 MethyMer라는 앱을 무료로 온라인으로 다운로드하여 실행하세요.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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메티머
기술
MethyMer는 완전한 CpG 섬의 증폭을 위한 특정 프라이머를 선택하는 것을 목표로 하는 Python 기반 도구입니다. 이들 영역은 복잡성이 낮고, 폴리N-, CG-풍부성 등으로 인해 적절한 프라이머 선택 측면에서 어렵습니다.
MethyMer는 문제가 있는 영역(예: SpG 섬)에서 프라이머를 선택할 수 있는 유연한 채점 시스템을 갖추고 있으며 특이성 테스트(중아황산염 처리된 게놈에 대한 나비넥타이 정렬 기반)를 포함합니다.
또한 TCGA CpG 메틸화(마이크로어레이) 및 유전자 발현(RNA-Seq) 데이터는 물론 20가지 인간 암 유형에 대한 메틸화-발현 상관 분석 결과도 통합되어 있습니다.
ENCODE 게놈 영역 주석 데이터도 MethyMer에 통합되어 있습니다.
기능
- 완전한 CpG 섬 또는 다른 표적 게놈 영역을 증폭시킬 수 있는 프라이머 쌍의 조합을 선택하는 단계;
- 유연하고 조정 가능한 채점 시스템
- 특이성 테스트
- TCGA에서 파생된 450가지 종양 유형에 대한 통합 CpG 메틸화 데이터(Illumina Infinium Human Methylation 20K 마이크로어레이)
- 통합 TCGA RNA-Seq – CpG 메틸화 연관성 연구 데이터
- 시각화: CG 콘텐츠 플롯, 점수 플롯, 프라이머 특이성 플롯, ENCODE 게놈 주석, TCGA 데이터
사용자 인터페이스
콘솔/터미널
프로그래밍 언어
Python
카테고리
이는 https://sourceforge.net/projects/methymer/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 시스템 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
