이것은 최신 릴리스가 EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz로 다운로드될 수 있는 Linux 온라인에서 실행되는 EXCAVATOR-tool이라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
무료로 OnWorks와 함께 Linux에서 실행하려면 EXCAVATOR-tool이라는 이 앱을 온라인으로 다운로드하고 실행하십시오.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린샷:
온라인에서 Linux에서 실행하는 EXCAVATOR 도구
설명 :
주의!!!!!주의!!!!!주의!!!!!주의!!!!!우리는 최근 BMC Genomics에 짧고 긴 전체 게놈 시퀀싱 실험에서 CNV/CNA를 식별하기 위한 XCAVATOR라는 새로운 소프트웨어 패키지를 게시했습니다.https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR는 다음에서 무료로 사용할 수 있습니다. http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR는 전체 엑솜 시퀀싱 데이터에서 복제 수 변이체(CNV)를 탐지하기 위한 새로운 소프트웨어 패키지입니다.
EXCAVATOR가 Genome Biology(http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
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주목!!!!! EXCAVATOR 도구를 올바르게 사용하려면 다음 링크에서 고유한 매핑 가능성 파일을 다운로드해야 합니다.
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (hg19용)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
기능
- 차세대 시퀀싱
- 숫자 변형 복사
- 전체 엑솜 시퀀싱
프로그래밍 언어
펄
https://sourceforge.net/projects/excavatortool/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 우리의 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.