이것은 rRNAFinder-v1.1.1.zip으로 최신 릴리스를 다운로드할 수 있는 rRNAFinder라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
OnWorks가 포함된 rRNAFinder라는 이 앱을 무료로 온라인으로 다운로드하여 실행하세요.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
rRNAFinder
설명 :
rRNAFinder는 조립된 게놈/메타게놈 컨티그를 입력으로 사용하여 리보솜 RNA 유전자를 자동으로 예측하고 분류하는 데 사용할 수 있는 작은 펄 소프트웨어 패키지입니다. 이 소프트웨어는 Linux 운영 체제에서만 테스트되었습니다.
패키지에 포함된 "rRNAFinder.pl" 프로그램은 arc.hmm, bac.hmm 및 euk.hmm 데이터베이스를 검색하는 nhmmer 프로그램을 사용하여 입력 콘티그에서 rRNA 유전자를 식별합니다. 예측된 rRNA 유전자는 16S, 18S, 23S, 28S, 5S 및 5.8S rRNA 유전자를 포함합니다.
"rna2taxon.pl" 프로그램은 위에서 생성된 fasta 형식 rRNA 유전자 서열을 입력 유전자에 대한 분류학적 할당을 생성하기 위한 입력으로 받아들입니다. 입력 rRNA 유전자 서열은 blastn을 사용하여 다운로드 및 재포맷된 SILVA SSU 및 LSU 데이터베이스에 대해 검색됩니다.
rRNAFinder GitHub 리포지토리의 README.md 파일을 참조하십시오. https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder rRNAFinder 구성 및 실행 지침
특징
- rRNA 유전자 예측(5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s rRNA 유전자)
- SILVA SSU 및 LSU 데이터베이스에 대한 blastn 검색을 사용하여 예측된 rRNA 유전자의 분류학적 할당
- 빠르고 여러 CPU 스레드를 사용할 수 있습니다.
오디언스 (Audience)
과학/연구
사용자 인터페이스
명령줄
카테고리
이것은 https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.