ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ abacas ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
abacas - ສູດການຄິດໄລ່ຕາມອັດຕະໂນມັດຂອງລໍາດັບປະກອບ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
abacas -r ການອ້າງອີງຫຼັກ -q qs -p ໂປຣແກມ [ຕົວເລືອກ]
OR
abacas -r ການອ້າງອີງຫຼັກ -q psf -e
ການອ້າງອີງຫຼັກ ລໍາດັບອ້າງອີງໃນໄຟລ໌ fasta ດຽວ
qs contigs ໃນຮູບແບບ multi-fasta
rog ໂປຣແກຣມ MUMmer ໃຊ້: 'ຕົວເລກ' ຫຼື 'promer'
psf pseudomolecule / ໄຟລ໌ລໍາດັບຄໍາສັ່ງໃນຮູບແບບ fasta
OPTIONS
-h ການນໍາໃຊ້ການພິມ
-d ໃຊ້ຕົວກໍານົດການ nucmer/promer ເລີ່ມຕົ້ນ
-s int ຄວາມຍາວຕໍາ່ສຸດທີ່ຂອງຄໍາທີ່ກົງກັນທີ່ແນ່ນອນ (ຕົວເລກຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ = 12, ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ promer
= 4)
-m ພິມຄໍາສັ່ງ contigs ເພື່ອຍື່ນໃນຮູບແບບ multifasta
-b ພິມ contigs ໃນຖັງເພື່ອຍື່ນ
-N ພິມ pseudomolecule ໂດຍບໍ່ມີການ "N"s
-i int ຕົວຕົນສ່ວນຮ້ອຍຂັ້ນຕ່ໍາ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 40]
-v int ການຄຸ້ມຄອງ contig ຕ່ໍາສຸດ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 40]
-V int ຕໍາ່ສຸດທີ່ຄວາມແຕກຕ່າງກັນການຄຸ້ມຄອງ contig [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1]
-l int ຄວາມຍາວ contig ຕໍາ່ສຸດ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1]
-t ແລ່ນ tblastx ໃນ contigs ທີ່ບໍ່ໄດ້ວາງແຜນໄວ້
-g string (ຊື່ໄຟລ໌) ພິມພາກພື້ນ uncovered (ຊ່ອງຫວ່າງ) ກ່ຽວກັບການອ້າງອີງເຖິງຊື່ໄຟລ໌
-a ເພີ່ມ contigs ໃນ bin ກັບ pseudomolecule ໄດ້
-o prefix output ໄຟລ໌ຈະມີຄໍານໍາຫນ້ານີ້
-P ເລືອກຊຸດ primer ເພື່ອປິດຊ່ອງຫວ່າງ
-f int ຈໍານວນຂອງຖານ flanking ສອງດ້ານຂອງຊ່ອງຫວ່າງສໍາລັບການອອກແບບ primer (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
350)
-R int Run mummer [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 1, ໃຊ້ -R 0 ເພື່ອຫຼີກເວັ້ນການແລ່ນ mummer]
-e Escape contig ສັ່ງເຊັ່ນ: ໄປອອກແບບ primer
-c ລຳດັບການອ້າງອີງເປັນວົງມົນ
ລາຍລະອຽດ
ABACAS ມີຈຸດປະສົງເພື່ອຕິດຕໍ່ພົວພັນຢ່າງວ່ອງໄວ (ຈັດຕັ້ງ, ຄໍາສັ່ງ, ທິດທາງ), ເຫັນພາບແລະການອອກແບບ
primers ເພື່ອປິດຊ່ອງຫວ່າງຂອງ contigs ປະກອບປືນໂດຍອີງຕາມລໍາດັບອ້າງອີງ.
ABACAS ໃຊ້ MUMmer ເພື່ອຊອກຫາຕໍາແຫນ່ງການຈັດຕໍາແຫນ່ງແລະກໍານົດ syntenies ຂອງ contigs ປະກອບ
ຕໍ່ຕ້ານການອ້າງອິງ. ຫຼັງຈາກນັ້ນ, ຜົນຜະລິດໄດ້ຖືກປຸງແຕ່ງເພື່ອສ້າງການກິນ pseudomolecule
contigs ທັບຊ້ອນແລະຊ່ອງຫວ່າງໃນບັນຊີ. ABACAS ສ້າງໄຟລ໌ປຽບທຽບທີ່ສາມາດ
ຖືກນໍາໃຊ້ເພື່ອສະແດງໃຫ້ເຫັນ contigs ລໍາດັບແລະຮັດກຸມໃນ ACT. Synteny ແມ່ນສະແດງໂດຍສີແດງ
ແຖບທີ່ຄວາມເຂັ້ມສີຫຼຸດລົງໂດຍມີຄ່າຕໍ່າກວ່າຂອງຕົວຕົນສ່ວນຮ້ອຍລະຫວ່າງ
ທ່ອນໄມ້ປຽບທຽບ. ຂໍ້ມູນກ່ຽວກັບ contigs ເຊັ່ນ: ທິດທາງ, ຕົວຕົນສ່ວນຮ້ອຍ,
ການຄຸ້ມຄອງແລະການຊ້ອນກັນກັບ contigs ອື່ນໆຍັງສາມາດເບິ່ງເຫັນໄດ້ໂດຍການໂຫຼດ outputted
ໄຟລ໌ຄຸນສົມບັດໃນ ACT.
ໃຊ້ abacas ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net