ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ ABYSS ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
ABYSS - ປະກອບການອ່ານສັ້ນໆເຂົ້າໄປໃນ contigs
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ABYSS [ທາງເລືອກ] ... ເອກະສານ...
ລາຍລະອຽດ
ປະກອບໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນທັງໝົດ, FILE, ເຊິ່ງອາດຈະຢູ່ໃນ FASTA, FASTQ, qseq, ສົ່ງອອກ, SRA, SAM ຫຼື
ຮູບແບບ BAM ແລະອາດຈະຖືກບີບອັດດ້ວຍ gz, bz2 ຫຼື xz ແລະອາດຈະຖືກ tarred.
ຜູ້ໃຊ້ທີ່ຕ້ອງການທີ່ຈະດໍາເນີນການການປະກອບຢ່າງເຕັມທີ່ກັບ ABySS ແມ່ນແນະນໍາໃຫ້ນໍາໃຊ້ abyss-pe ເປັນຂອງເຂົາເຈົ້າ
ຈຸດເຂົ້າແທນທີ່ຈະເປັນໂຄງການ ABYSS. abyss-pe ແມ່ນ Makefile ທີ່ປະສານງານຫຼາຍຢ່າງ
ຂອງເຄື່ອງມື ABySS (ລວມທັງ ABYSS) ເພື່ອດໍາເນີນການທໍ່ປະກອບ ABySS ເຕັມ.
abyss-pe ແມ່ນສາມາດເຮັດຫຼາຍຢ່າງທີ່ ABYSS ບໍ່ແມ່ນ, ເຊັ່ນ: ການໃຊ້ປະໂຫຍດ
ຂໍ້ມູນໄລຍະທີ່ສະຫນອງໃຫ້ໂດຍການອ່ານທ້າຍຄູ່ແລະຄູ່ຄູ່ການອ່ານ.
--ພົມມະຈັນ
ຍົກເລີກການອ່ານທີ່ບໍ່ສະອາດ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ]
--ບໍ່ມີພົມມະຈັນ
ຢ່າປະຖິ້ມການອ່ານທີ່ບໍ່ມີປະໂຫຍດ
--trim-mask
ຕັດຖານທີ່ເຮັດດ້ວຍຜ້າອັດດັງອອກຈາກຈຸດສິ້ນສຸດຂອງການອ່ານ [ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ]
--no-trim-mask
ຢ່າຕັດຖານທີ່ເຮັດດ້ວຍຫນ້າກາກອອກຈາກປາຍຂອງອ່ານ
-q, -- ຕັດຄຸນນະພາບ=ເກນ
ຕັດຖານຈາກທ້າຍຂອງເຄື່ອງອ່ານທີ່ມີຄຸນນະພາບຕໍ່າກວ່າເກນ
-Q, -- ຫນ້າກາກຄຸນນະພາບ=ເກນ
ເຮັດໜ້າກາກພື້ນຖານທັງໝົດໃນການອ່ານທີ່ມີຄຸນນະພາບໜ້ອຍກວ່າເກນ
-- ຄຸນນະພາບມາດຕະຖານ
ຄຸນນະພາບສູນແມ່ນ `!' (33)
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງໄຟລ໌ FASTQ ແລະ SAM
-- ຄຸນນະພາບ illumina
ຄຸນນະພາບສູນແມ່ນ `@' (64)
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບ qseq ແລະໄຟລ໌ສົ່ງອອກ
-o, --ອອກ=ເອກະສານ
ຂຽນ contigs ໃສ່ FILE
-k, --kmer=KMER_SIZE
k-mer ຂະຫນາດ
-t, --trim-ຍາວ=TRIM_LENGTH
ຄວາມຍາວສູງສຸດຂອງຂອບ dangling ກັບ trim
-c, -- ການຄຸ້ມຄອງ=COVERAGE
ເອົາ contigs ທີ່ມີການຄຸ້ມຄອງສະເລ່ຍ k-mer ຫນ້ອຍກວ່າເກນນີ້
-b, -- ຟອງ=N
ຟອງປັອບສັ້ນກວ່າ N bp (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 3*k).
-b0, -- ບໍ່ມີຟອງ
ບໍ່ມີຟອງ
-e, -- ເຊາະເຈື່ອນ=COVERAGE
ການເຊາະເຈື່ອນຂອງຖານຢູ່ປາຍຂອງ contigs blunt ທີ່ມີການຄຸ້ມຄອງຫນ້ອຍກວ່າຂອບເຂດນີ້
-E, --erode-strand=COVERAGE
ການເຊາະເຈື່ອນຂອງຖານຢູ່ປາຍຂອງ contigs blunt ທີ່ມີການຄຸ້ມຄອງຫນ້ອຍກວ່າຂອບເຂດນີ້
ບໍ່ວ່າສາຍ
--coverage-hist=ເອກະສານ
ບັນທຶກ k-mer coverage histogram ໃນ FILE
-g, --ກຣາຟ=ເອກະສານ
ສ້າງກຣາຟໃນຮູບແບບຈຸດ
-s, --snp=ເອກະສານ
ບັນທຶກຟອງທີ່ປາກົດຢູ່ໃນ FILE
-v, -- verbose
ສະແດງຜົນຜະລິດ verbose
- ຊ່ວຍ ສະແດງການຊ່ວຍເຫຼືອນີ້ແລະອອກ
- ການປ່ຽນແປງ
ຜົນຜະລິດສະບັບຂໍ້ມູນແລະອອກ
ໃຊ້ ABYSS ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net