ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ alistat ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
alistat - ສະແດງສະຖິຕິສໍາລັບໄຟລ໌ການຈັດຕໍາແຫນ່ງຫຼາຍອັນ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
alistat [ທາງເລືອກ] ຈັດຮຽງໄຟລ໌
ລາຍລະອຽດ
alistat ອ່ານການຈັດລໍາດັບຫຼາຍອັນຈາກໄຟລ໌ ຈັດຮຽງໄຟລ໌ ໃນສະຫນັບສະຫນູນໃດໆ
ຮູບແບບ (ລວມທັງ SELEX, GCG MSF, ແລະ CLUSTAL), ແລະສະແດງສະຖິຕິງ່າຍໆຈໍານວນຫນຶ່ງ.
ກ່ຽວກັບມັນ. ສະຖິຕິເຫຼົ່ານີ້ປະກອບມີຊື່ຂອງຮູບແບບ, ຈໍານວນຂອງລໍາດັບ, ໄດ້
ຈໍານວນທັງຫມົດຂອງສານຕົກຄ້າງ, ສະເລ່ຍແລະລະດັບຂອງຄວາມຍາວລໍາດັບ, ການຈັດຕໍາແຫນ່ງ
ຄວາມຍາວ (ເຊັ່ນ: ລວມທັງຕົວອັກສອນຊ່ອງຫວ່າງ).
ສະແດງໃຫ້ເຫັນເຊັ່ນດຽວກັນແມ່ນບາງສ່ວນຮ້ອຍ. ເປີເຊັນການຈັດຮຽງເປັນຄູ່ແມ່ນຖືກກໍານົດ
as (ຕົວຕົນ / MIN(ເລນ1, ເລນ2)) ບ່ອນທີ່ ຕົວຕົນ ແມ່ນຈໍານວນຂອງຕົວຕົນທີ່ແນ່ນອນແລະ ເລນ1,
len2 ແມ່ນຄວາມຍາວທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງກັນຂອງສອງລໍາດັບ. "ຕົວຕົນສ່ວນຮ້ອຍສະເລ່ຍ", "ຫຼາຍທີ່ສຸດ
ຄູ່ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ", ແລະ "ຄູ່ທີ່ບໍ່ກ່ຽວຂ້ອງຫຼາຍທີ່ສຸດ" ຂອງການຈັດຕໍາແຫນ່ງແມ່ນສະເລ່ຍ, ສູງສຸດ, ແລະ
ຂັ້ນຕ່ຳຂອງທັງໝົດ (N)(N-1)/2 ຄູ່, ຕາມລຳດັບ. "seq ຫ່າງໄກທີ່ສຸດ" ແມ່ນຄິດໄລ່ໂດຍ
ຊອກຫາຕົວຕົນຄູ່ສູງສຸດ (ພີ່ນ້ອງທີ່ດີທີ່ສຸດ) ສໍາລັບລໍາດັບ N ທັງຫມົດ, ຫຼັງຈາກນັ້ນຊອກຫາ
ຕໍາ່ສຸດທີ່ຂອງຕົວເລກ N ເຫຼົ່ານີ້ (ເພາະສະນັ້ນ, ລໍາດັບທີ່ຫ່າງໄກທີ່ສຸດ).
OPTIONS
-a ສະແດງຂໍ້ມູນ verbose ເພີ່ມເຕີມ: ຕາຕະລາງທີ່ມີຫນຶ່ງແຖວຕໍ່ລໍາດັບສະແດງໃຫ້ເຫັນ
ຊື່, ຄວາມຍາວ, ແລະຕົວຕົນຂອງຄູ່ທີ່ສູງທີ່ສຸດ ແລະຕໍ່າສຸດຂອງມັນ. ສາຍເຫຼົ່ານີ້ແມ່ນ
ນຳໜ້າດ້ວຍຕົວອັກສອນ * ເພື່ອເປີດໃຊ້ງານໄດ້ງ່າຍ grep'ing ໃຫ້ເຂົາເຈົ້າອອກແລະຈັດລຽງໃຫ້ເຂົາເຈົ້າ.
ຍົກຕົວຢ່າງ, alistat -a foo.slx | grep * | ການຈັດລຽງ -n +3 ໃຫ້ບັນຊີລາຍຊື່ອັນດັບຂອງ
ລໍາດັບທີ່ຢູ່ໄກທີ່ສຸດໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ. ບໍ່ເຂົ້າກັນໄດ້ກັບ -f ທາງເລືອກ.
-f ໄວ; ໃຊ້ວິທີການເກັບຕົວຢ່າງເພື່ອປະເມີນຄ່າສະເລ່ຍ %id. ໃນເວລາທີ່ທາງເລືອກນີ້ແມ່ນ
ໄດ້ຮັບຄັດເລືອກ, alistat ບໍ່ສະແດງຕົວເລກຕົວຕົນອີກສາມຕົວແບບຄູ່. ນີ້
ທາງເລືອກແມ່ນເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບການຈັດລຽງລໍາດັບຂະຫນາດໃຫຍ່ຫຼາຍ, ສໍາລັບການຄໍານວນເຕັມ (N)(N-1)
ຂອງຄູ່ທັງໝົດຈະຖືກຫ້າມ (ເຊັ່ນ: ການຈັດຮຽງ GP120 ຂອງ Pfam, ມີຫຼາຍກວ່າ 10,000.
ລໍາດັບ). ບໍ່ເຂົ້າກັນໄດ້ກັບ -a ທາງເລືອກ.
-h ພິມການຊ່ວຍເຫຼືອໂດຍຫຍໍ້; ປະກອບມີຈໍານວນສະບັບແລະສະຫຼຸບຂອງທາງເລືອກທັງຫມົດ, ລວມທັງ
ທາງເລືອກຜູ້ຊ່ຽວຊານ.
-q be quiet - ສະກັດກັ້ນຫົວຂໍ້ verbose (ຊື່ໂຄງການ, ຈໍານວນການປ່ອຍແລະວັນທີ, the
ຕົວກໍານົດການແລະທາງເລືອກໃນຜົນກະທົບ).
-B (Babelfish). ກວດຫາອັດຕະໂນມັດ ແລະອ່ານຮູບແບບໄຟລ໌ລໍາດັບອື່ນທີ່ບໍ່ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
(FASTA). ເກືອບທຸກຮູບແບບໄຟລ໌ລໍາດັບທົ່ວໄປແມ່ນໄດ້ຮັບການຍອມຮັບ (ລວມທັງ Genbank,
EMBL, SWISS-PROT, PIR, ແລະ GCG ຮູບແບບລໍາດັບທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງກັນ, ແລະ Stockholm, GCG MSF,
ແລະຮູບແບບການຈັດກຸ່ມ). ເບິ່ງເອກະສານທີ່ພິມອອກສໍາລັບບັນຊີລາຍຊື່ຄົບຖ້ວນ
ຂອງຮູບແບບສະຫນັບສະຫນູນ.
EXPERT OPTIONS
-- ຂໍ້ມູນ
ລະບຸວ່າໄຟລ໌ລໍາດັບແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບ , ແທນທີ່ຈະເປັນ FASTA ເລີ່ມຕົ້ນ
ຮູບແບບ. ຕົວຢ່າງທົ່ວໄປລວມມີ Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
ຫຼື PHYlip; ເບິ່ງເອກະສານທີ່ພິມອອກສໍາລັບບັນຊີລາຍຊື່ຄົບຖ້ວນຂອງຮູບແບບທີ່ຍອມຮັບ
ຊື່. ທາງເລືອກນີ້ overrides ຮູບແບບເລີ່ມຕົ້ນ (FASTA) ແລະ -B Babelfish
ທາງເລືອກການກວດສອບອັດຕະໂນມັດ.
ໃຊ້ alistat ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net