ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ cmemit ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
cmemit - ລຳດັບຕົວຢ່າງຈາກຕົວແບບຄູ່
ສະຫຼຸບສັງລວມ
cmemit [ທາງເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
ໄດ້ cmemit ຕົວຢ່າງຂອງໂຄງການ (ປ່ອຍອອກມາ) ລໍາດັບຈາກຕົວແບບການປ່ຽນແປງ (s) ໃນ , ແລະ
ຂຽນໃຫ້ເຂົາເຈົ້າອອກ. ລໍາດັບຕົວຢ່າງອາດຈະເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບຈຸດປະສົງທີ່ຫຼາກຫຼາຍ,
ລວມທັງການສ້າງຜົນບວກທີ່ແທ້ຈິງສັງເຄາະສໍາລັບ benchmarks ຫຼືການທົດສອບ.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນການຍົກຕົວຢ່າງສິບ ລຳ ດັບທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງຈາກແຕ່ລະ CM. ອີກທາງເລືອກ, ກັບ -c
ທາງເລືອກ, ທ່ານສາມາດປ່ອຍເປັນລໍາດັບຄວາມເຫັນດີຂອງກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່ດຽວ; ຫຼືກັບ -a ທາງເລືອກ, ເຈົ້າ
ສາມາດປ່ອຍອອກມາຕາມການສອດຄ່ອງ.
ໄດ້ ອາດມີຫ້ອງສະໝຸດຂອງ CMs, ເຊິ່ງໃນກໍລະນີ CM ແຕ່ລະຄົນຈະຖືກໃຊ້ໃນທາງກັບກັນ.
ອາດຈະເປັນ '-' (dash), ຊຶ່ງຫມາຍຄວາມວ່າການອ່ານຂໍ້ມູນນີ້ຈາກ stdin ແທນທີ່ຈະເປັນໄຟລ໌.
ສໍາລັບຕົວແບບທີ່ມີສູນຖານຄູ່, ລໍາດັບແມ່ນຕົວຢ່າງຈາກຕົວກອງ HMM ໂປຣໄຟລ໌ແທນ
ຂອງ CM. ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ເນື່ອງຈາກວ່າຮູບແບບເຫຼົ່ານີ້ຈະເກືອບຄືກັນ (ເວັ້ນເສຍແຕ່ທາງເລືອກພິເສດ
ໄດ້ຖືກນໍາໃຊ້ໃນ cmbuild ເພື່ອປ້ອງກັນສິ່ງນີ້), ການໃຊ້ HMM ແທນ CM ຈະບໍ່ປ່ຽນແປງ
ຜົນຜະລິດໃນທາງທີ່ສໍາຄັນ, ເວັ້ນເສຍແຕ່ວ່າ -l ທາງເລືອກແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້. ກັບ -l, HMM ຈະເປັນ
configured for equiprobable model starts and end positions, ໃນຂະນະທີ່ CM ຈະບໍ່. ເຈົ້າສາມາດ
ຜົນບັງຄັບໃຊ້ cmemit ສະເຫມີຕົວຢ່າງຈາກ CM ກັບ -- nohmmonly ທາງເລືອກ.
OPTIONS
-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່.
-o ບັນທຶກລໍາດັບສັງເຄາະເພື່ອຍື່ນ ແທນທີ່ຈະຂຽນໃຫ້ເຂົາເຈົ້າ stdout.
-N ສ້າງ ລໍາດັບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນສໍາລັບ ແມ່ນ 10.
-u ຂຽນລໍາດັບທີ່ສ້າງຂຶ້ນໃນຮູບແບບທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງ (FASTA). ນີ້ແມ່ນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ພຶດຕິ ກຳ.
-a ຂຽນລໍາດັບທີ່ສ້າງຂຶ້ນໃນຮູບແບບທີ່ສອດຄ່ອງ (STOCKHOLM) ດ້ວຍຄວາມເຫັນດີນໍາ
ຄໍາອະທິບາຍໂຄງສ້າງແທນທີ່ຈະເປັນ FASTA. ຮູບແບບຜົນຜະລິດອື່ນໆແມ່ນເປັນໄປໄດ້ທີ່ມີ
-- ຮູບແບບ ທາງເລືອກ.
-c ຄາດຄະເນລໍາດັບຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຂອງກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່ດຽວແທນທີ່ຈະເປັນລໍາດັບຕົວຢ່າງ
ຈາກການແຈກຢາຍຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງ CM. ສານຕົກຄ້າງທີ່ມີການອະນຸລັກສູງ (ຖານຄູ່
residues ທີ່ມີຄະແນນສູງກວ່າ 3.0 bits, ຫຼື residue stranded ດຽວທີ່ໄດ້ຄະແນນ
ສູງກວ່າ 1.0 bits) ແມ່ນສະແດງຢູ່ໃນຕົວພິມໃຫຍ່; ອື່ນໆແມ່ນສະແດງຢູ່ໃນຕົວພິມນ້ອຍ.
-e ຝັງ CM ລໍາດັບການປ່ອຍອາຍພິດໃນລໍາດັບທີ່ສ້າງຂຶ້ນແບບສຸ່ມຂະຫນາດໃຫຍ່ກວ່າຂອງຄວາມຍາວ
ສ້າງຂຶ້ນຈາກ HMM ທີ່ໄດ້ຮັບການຝຶກອົບຮົມກ່ຽວກັບລໍາດັບ genomic ທີ່ແທ້ຈິງທີ່ມີຕ່າງໆ
ເນື້ອໃນ GC (HMM ດຽວກັນທີ່ໃຊ້ໂດຍ cmcalibrate). ທ່ານສາມາດນໍາໃຊ້ໄດ້ --iid ທາງເລືອກທີ່ຈະ
ສ້າງ 25% A, C, G, ແລະລໍາດັບ U ແທນ. ລຳດັບການປ່ອຍ CM ຈະເລີ່ມຕົ້ນ
ຢູ່ໃນຕໍາແຫນ່ງ Random ພາຍໃນລໍາດັບທີ່ໃຫຍ່ກວ່າແລະຈະຖືກລວມຢູ່ໃນຂອງມັນ
ທັງຫມົດເວັ້ນເສຍແຕ່ວ່າ --u5p or --u3p ທາງເລືອກແມ່ນຖືກນໍາໃຊ້. ເມື່ອໃດ -e ຖືກນໍາໃຊ້ໃນ
ປະສົມປະສານກັບ --u5p, ລຳດັບ CM ທີ່ປ່ອຍອອກມາຈະເລີ່ມຕົ້ນຢູ່ຕຳແໜ່ງ 1 ສະເໝີ
ລຳດັບທີ່ໃຫຍ່ກວ່າ ແລະຈະຖືກຕັດອອກເປັນ 5'. ເມື່ອໃຊ້ປະສົມປະສານ --u3p CM
ລຳດັບທີ່ປ່ອຍອອກມາຈະສິ້ນສຸດຢູ່ສະເໝີ ຂອງລໍາດັບຂະຫນາດໃຫຍ່ແລະຈະເປັນ
ຕັດ 3'.
-l ຕັ້ງຄ່າ CMs ເຂົ້າໄປໃນໂຫມດທ້ອງຖິ່ນກ່ອນທີ່ຈະປ່ອຍລໍາດັບ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງຕົວແບບ
ຈະຢູ່ໃນຮູບແບບທົ່ວໂລກ. ໃນຮູບແບບທ້ອງຖິ່ນ, ການແຊກແລະການລຶບຂະຫນາດໃຫຍ່ແມ່ນມີຫຼາຍຂຶ້ນ
ທົ່ວໄປກ່ວາໃນຮູບແບບທົ່ວໂລກ.
OPTIONS FOR ການຕັດອອກ ປ່ອຍອອກມາ ລໍາດັບ
--u5p ຕັດລຳດັບທີ່ປ່ອຍອອກມາທັງໝົດຢູ່ໃນຕຳແໜ່ງເລີ່ມຕົ້ນທີ່ເລືອກແບບສຸ່ມ , ໂດຍເທົ່ານັ້ນ
outputting residue ເລີ່ມຕົ້ນທີ່ . ຈຸດເລີ່ມຕົ້ນທີ່ແຕກຕ່າງກັນແມ່ນຖືກເລືອກແບບສຸ່ມ
ສໍາລັບແຕ່ລະລໍາດັບ.
--u3p ຕັດລຳດັບທີ່ປ່ອຍອອກມາທັງໝົດໃນຕຳແໜ່ງສິ້ນສຸດທີ່ເລືອກແບບສຸ່ມ , ໂດຍເທົ່ານັ້ນ
ຜົນຜະລິດທີ່ຕົກຄ້າງເຖິງຕໍາແຫນ່ງ . ຈຸດສິ້ນສຸດທີ່ແຕກຕ່າງກັນແມ່ນຖືກເລືອກແບບສຸ່ມ
ສໍາລັບແຕ່ລະລໍາດັບ.
--a5p
ໃນການປະສົມປະສານກັບ -a ທາງເລືອກ, ຕັດການຈັດວາງການປ່ອຍອອກມາໃນແບບສຸ່ມ
ເລືອກຕຳແໜ່ງການແຂ່ງຂັນເລີ່ມຕົ້ນ , ໂດຍພຽງແຕ່ອອກຖັນການຈັດຕໍາແຫນ່ງສໍາລັບຕໍາແຫນ່ງ
ຫຼັງຈາກການແຂ່ງຂັນ -1 ຕ້ອງເປັນຈຳນວນເຕັມລະຫວ່າງ 0 ແລະຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມ
ຄວາມຍາວຂອງຕົວແບບ (ເຊິ່ງສາມາດກໍານົດໄດ້ໂດຍໃຊ້ cmstat ໂຄງການ. ເປັນພິເສດ
ກໍລະນີ, ການນໍາໃຊ້ 0 ເປັນ ຈະສົ່ງຜົນໃຫ້ຕໍາແຫນ່ງເລີ່ມຕົ້ນທີ່ເລືອກແບບສຸ່ມ.
--a3p
ໃນການປະສົມປະສານກັບ -a ທາງເລືອກ, ຕັດການຈັດວາງການປ່ອຍອອກມາໃນແບບສຸ່ມ
ຕຳແໜ່ງການແຂ່ງຂັນສຸດທ້າຍທີ່ເລືອກ , ໂດຍພຽງແຕ່ອອກຖັນການຈັດຕໍາແຫນ່ງສໍາລັບຕໍາແຫນ່ງ
ກ່ອນການແຂ່ງຂັນ +1. ຕ້ອງເປັນຈຳນວນເຕັມລະຫວ່າງ 1 ແລະຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມ
ຄວາມຍາວຂອງຕົວແບບ (ເຊິ່ງສາມາດກໍານົດໄດ້ໂດຍໃຊ້ cmstat ໂຄງການ). ເປັນ
ກໍລະນີພິເສດ, ການນໍາໃຊ້ 0 ເປັນ ຈະສົ່ງຜົນໃຫ້ຕໍາແຫນ່ງສິ້ນສຸດທີ່ເລືອກແບບສຸ່ມ.
ອື່ນໆ OPTIONS
-- ແກ່ນ
ແກ່ນເຄື່ອງກໍາເນີດຈໍານວນ Random ກັບ , ຈຳນວນເຕັມ >= 0. ຖ້າ ບໍ່ແມ່ນສູນ,
ການເກັບຕົວຢ່າງ stochastic ຂອງລໍາດັບຈະແຜ່ພັນໄດ້; ຄໍາສັ່ງດຽວກັນຈະໃຫ້
ຜົນໄດ້ຮັບດຽວກັນ. ຖ້າ ແມ່ນ 0, ເຄື່ອງກໍາເນີດຕົວເລກແບບສຸ່ມແມ່ນ seeded arbitrarily,
ແລະຕົວຢ່າງ stochastic ຈະແຕກຕ່າງກັນຈາກການແລ່ນໄປຫາຄໍາສັ່ງດຽວກັນ. ໄດ້
ເມັດພືດເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 0.
--iid ກັບ -e, ສ້າງລໍາດັບທີ່ໃຫຍ່ກວ່າເປັນ 25% ແຕ່ລະ A, C, G ແລະ U.
--rna ລະບຸວ່າລໍາດັບທີ່ປ່ອຍອອກມາແມ່ນຜົນອອກເປັນລໍາດັບ RNA. ນີ້ແມ່ນຄວາມຈິງໂດຍ
Default
--dna ລະບຸວ່າລໍາດັບທີ່ປ່ອຍອອກມາແມ່ນຜົນຜະລິດເປັນລໍາດັບ DNA. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ໄດ້
ຕົວອັກສອນທີ່ອອກມາແມ່ນ RNA.
--idx
ລະບຸວ່າລໍາດັບທີ່ປ່ອຍອອກມາມີຊື່ເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ . . By
Default ແມ່ນ 1.
-- ຮູບແບບ
ກັບ -ກ, ລະບຸຮູບແບບການຈັດລຽງຜົນຜະລິດເປັນ . ຮູບແບບທີ່ຍອມຮັບແມ່ນ: Pfam,
AFA, A2M, Clustal, ແລະ Phylip. AFA ແມ່ນສອດຄ່ອງ fasta. ພຽງແຕ່ Pfam ແລະ Stockholm
ຮູບແບບການຈັດຕັ້ງຈະປະກອບມີຄໍາອະທິບາຍໂຄງປະກອບການເປັນເອກະພາບ.
--tfile
ຖິ້ມ parsetree ລໍາດັບຕາຕະລາງ (tracebacks) ສໍາລັບແຕ່ລະລໍາດັບທີ່ປ່ອຍອອກມາເພື່ອຍື່ນ
. ເປັນປະໂຫຍດຕົ້ນຕໍສໍາລັບການດີບັກ.
--exp
Exponentiate ຄວາມເປັນໄປໄດ້ການປ່ອຍອາຍພິດແລະການປ່ຽນແປງຂອງ CM ໂດຍ ແລະຫຼັງຈາກນັ້ນ
renormalize ການແຜ່ກະຈາຍເຫຼົ່ານັ້ນກ່ອນທີ່ຈະ emitting ລໍາດັບ. ທາງເລືອກນີ້ມີການປ່ຽນແປງ
ການແຈກຢາຍຄວາມເປັນໄປໄດ້ CM ຂອງ parsetree ທຽບກັບຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ກັບ ຫນ້ອຍກ່ວາ
1.0 ລໍາດັບທີ່ປ່ອຍອອກມາຈະມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະມີຄະແນນບິດຕ່ໍາຕາມການສອດຄ່ອງ
ຊັງຕີແມັດ. ກັບ ຫຼາຍກວ່າ 1.0, ລໍາດັບທີ່ປ່ອຍອອກມາຈະມີແນວໂນ້ມທີ່ຈະມີບິດສູງກວ່າ
ຄະແນນຕາມການຈັດລໍາດັບ CM. ຄວາມແຕກຕ່າງຄະແນນນີ້ຈະເພີ່ມຂຶ້ນເປັນ
ຍ້າຍອອກໄປຈາກ 1.0 ໃນທິດທາງໃດນຶ່ງ. ຖ້າ ເທົ່າກັບ 1.0, ທາງເລືອກນີ້
ບໍ່ມີຜົນຕໍ່ກັບຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ທາງເລືອກນີ້ແມ່ນເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບການສ້າງລໍາດັບ
ນັ້ນແມ່ນຍາກກວ່າ ( < 1.0) ຫຼືງ່າຍກວ່າ ( > 1.0) ສໍາລັບ CM ກັບ
ຈໍາແນກເປັນ homologous ຈາກພື້ນຖານ, ລໍາດັບ Random.
--hmmonly
ປ່ອຍອອກມາຈາກໂປຣໄຟລ໌ການກັ່ນຕອງ HMM ແທນ CM.
-- nohmmonly
ບໍ່ເຄີຍປ່ອຍອອກມາຈາກໂປຣໄຟລ໌ການກັ່ນຕອງ HMM, ໃຊ້ CM ສະເໝີ, ເຖິງແມ່ນວ່າສໍາລັບຕົວແບບທີ່ມີ
ສູນຖານຄູ່.
ໃຊ້ cmemit ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net