ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ dotter ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
dotter - ລໍາດັບ dotplots ກັບເຄື່ອງມືການປັບປຸງຮູບພາບ.
ສະຫຼຸບສັງລວມ
dotter [ຕົວເລືອກ] [X ທາງເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
ອ້າງອີງ: Sonnhammer ELL & Durbin R (1995). ໂປຣແກຣມ dot-matrix ທີ່ມີໄດນາມິກ
ການຄວບຄຸມເກນທີ່ເຫມາະສົມສໍາລັບ DNA ພັນທຸ ກຳ ແລະການວິເຄາະລໍາດັບທາດໂປຼຕີນ. ພັນທຸ ກຳ
167(2): GC1-10.
ປະເພດທີ່ອະນຸຍາດ:
ທາດໂປຼຕີນ - DNA ທາດໂປຼຕີນ - DNA DNA -
ທາດໂປຼຕີນ
ຕົວເລືອກ:
-b
ຮູບແບບ batch, ຂຽນ dotplot ໄປ
-l
ໂຫລດ dotplot ຈາກ
-m
ຈຳກັດການນຳໃຊ້ໜ່ວຍຄວາມຈຳເປັນ Mb (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ 0.5)
-z
ຕັ້ງປັດໄຈການຊູມ (ບີບອັດ).
-p
ຕັ້ງຄ່າປັດໄຈ pixel ດ້ວຍຕົນເອງ (ອັດຕາສ່ວນ pixelvalue/ຄະແນນ)
-W
ກໍານົດຂະຫນາດຂອງປ່ອງຢ້ຽມເລື່ອນ. (K => Karlin/Altschul ຄາດຄະເນ)
-M
ອ່ານໃນຕາຕະລາງຄະແນນຈາກ (ຮູບແບບລະເບີດ; ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: Blosum62).
-F
ອ່ານຕາມລໍາດັບແລະຂໍ້ມູນຈາກ (ແທນທີ່ໄຟລ໌ລໍາດັບ).
-f
ອ່ານພາກສ່ວນຄຸນສົມບັດຈາກ
-H ຢ່າຄິດໄລ່ dotplot ໃນຕອນເລີ່ມຕົ້ນ.
-R ເຄື່ອງມື Reversed Greyamp ໃນຕອນເລີ່ມຕົ້ນ.
-r ປີ້ນກັບກັນ ແລະເສີມການຈັດລໍາດັບແນວນອນ (DNA ທຽບກັບທາດໂປຼຕີນ)
-D ຢ່າສະແດງພາບສະທ້ອນໃນຕົວປຽບທຽບ
-w ສຳລັບ DNA: ລຳດັບແນວນອນເທິງສຸດເທົ່ານັ້ນ (Watson)
-c ສຳລັບ DNA: ເສັ້ນລຸ່ມລຳດັບແນວນອນເທົ່ານັ້ນ (Crick)
-q
Horizontal_sequence ຊົດເຊີຍ
-s
Vertical_sequence offset
ບາງທາງເລືອກ X: -acefont ຟອນຫຼັກ. -ຟອນ ຟອນເມນູ.
ໃຊ້ dotter ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net