ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmod_load_cvterms.plp ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
load_cvterms.pl - ປຽບທຽບຄໍາທີ່ໃຊ້ໃຫມ່ໃນໄຟລ໌ທຽບກັບຖານຂໍ້ມູນແລະ
ໃສ່ພວກມັນ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
ການນໍາໃຊ້: perl load_cvterms.pl -H dbhost -D dbname [-vdntuFo]
ພາລາມິເຕີ
-g ຊື່ໂປຣໄຟລ໌ຖານຂໍ້ມູນ GMOD (ສາມາດໃຫ້ເຈົ້າພາບ, ຊື່ DB, ລະຫັດຜ່ານ, ຊື່ຜູ້ໃຊ້, ແລະ
ໄດເວີ) ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 'ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ'
-s ຊື່ຖານຂໍ້ມູນສໍາລັບການເຊື່ອມຕໍ່ (ຕ້ອງຢູ່ໃນຕາຕະລາງ db, ເຊັ່ນ: GO)
-n ຊື່ຄຳສັບທີ່ຄວບຄຸມ (ເຊັ່ນ: 'ຂະບວນການທາງຊີວະວິທະຍາ'). ທາງເລືອກ. ຖ້າບໍ່ໃຫ້,
ຂໍ້ກໍານົດຂອງ namespaces ທັງຫມົດທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບຊື່ຖານຂໍ້ມູນຈະຖືກຈັດການ.
-F ຮູບແບບໄຟລ໌. ສາມາດເປັນ obo ຫຼື go_flat ແລະອື່ນໆທີ່ສະຫນັບສະຫນູນໂດຍ Bio::OntologyIO.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: obo
-u ປັບປຸງຂໍ້ກໍານົດທັງຫມົດ. ຖ້າບໍ່ມີ -u, ເງື່ອນໄຂໃນຖານຂໍ້ມູນຈະບໍ່ຖືກປັບປຸງ
ເນື້ອໃນຂອງໄຟລ໌, ໃນຂໍ້ກໍານົດຂອງຄໍານິຍາມ, ແລະອື່ນໆ. ຂໍ້ກໍານົດໃຫມ່ຈະຍັງຄົງຢູ່
ເພີ່ມ
-v ຜົນຜະລິດ verbose
-o outfile ສໍາລັບການຂຽນຄວາມຜິດພາດແລະຂໍ້ຄວາມ verbose (ທາງເລືອກ)
-t ຮູບແບບການທົດລອງ. ຢ່າເຮັດການດຳເນີນງານຂອງຮ້ານເລີຍ. (ຮູບແບບການທົດລອງບໍ່ສາມາດທົດສອບໄດ້
ການໃສ່ຂໍ້ມູນທີ່ກ່ຽວຂ້ອງສໍາລັບຂໍ້ກໍານົດໃຫມ່)
ທາງເລືອກຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນຕ້ອງການຖ້າບໍ່ໃຊ້ໂປຣໄຟລ໌ GMOD
-H hostname ສໍາລັບຖານຂໍ້ມູນ [ຕ້ອງການຖ້າ -p ບໍ່ໄດ້ໃຊ້]
-D ຊື່ຖານຂໍ້ມູນ [ຕ້ອງການຖ້າ -p ບໍ່ໄດ້ໃຊ້]
-p ລະຫັດຜ່ານ (ຖ້າຫາກວ່າທ່ານຕ້ອງການໃຫ້ລະຫັດຜ່ານເພື່ອເຊື່ອມຕໍ່ກັບ db ຂອງທ່ານ)
-r ຊື່ຜູ້ໃຊ້ (ຖ້າຫາກວ່າທ່ານຕ້ອງການໃຫ້ຊື່ຜູ້ໃຊ້ເພື່ອເຊື່ອມຕໍ່ກັບຖານຂໍ້ມູນຂອງທ່ານ)
-d ຊື່ຄົນຂັບ (ເຊັ່ນ: 'Pg' ສໍາລັບ postgres). ສາມາດລະບຸຊື່ຄົນຂັບໄດ້ໃນ gmod_config
script parses ontology ໃນໄຟລ໌ແລະ ontology ທີ່ສອດຄ້ອງກັນໃນຖານຂໍ້ມູນ,
ຖ້າມີ. ມັນປຽບທຽບຄໍາສັບໃດໃຫມ່ໃນໄຟລ໌ທຽບກັບຖານຂໍ້ມູນແລະ
ໃສ່ພວກມັນ, ແລະປຽບທຽບການພົວພັນທັງຫມົດທີ່ໃຫມ່ແລະໃສ່ພວກມັນ. ມັນເອົາອອກ
ຄວາມສໍາພັນທີ່ບໍ່ໄດ້ລະບຸໄວ້ໃນໄຟລ໌ຈາກຖານຂໍ້ມູນ. ມັນບໍ່ເຄີຍເອົາອອກ
ໄລຍະການປ້ອນຂໍ້ມູນຈາກຖານຂໍ້ມູນ.
script ນີ້ເຮັດວຽກກັບ Chado schema (ເບິ່ງ gmod.org) ແລະເຂົ້າເຖິງຕາຕະລາງຕໍ່ໄປນີ້:
db
dbxref
cv
cvterm
cvterm_relationship
ຄຳສັບຄ້າຍຄືກັນ
cvterm_dbxref
cvtermprop
ຂໍ້ກໍານົດທີ່ຢູ່ໃນຖານຂໍ້ມູນແຕ່ບໍ່ມີຢູ່ໃນໄຟລ໌ແມ່ນຖືກກໍານົດເປັນ is_obsolete=1. ທັງໝົດ
ຂໍ້ກໍານົດທີ່ມີຢູ່ໃນຖານຂໍ້ມູນໄດ້ຖືກປັບປຸງ (ຖ້າໃຊ້ -u ທາງເລືອກ) ເພື່ອສະທ້ອນເຖິງ
ຄໍານິຍາມຄໍາສັບທີ່ມີຢູ່ໃນໄຟລ໌. ຂໍ້ກໍານົດໃຫມ່ທີ່ມີຢູ່ໃນໄຟລ໌ແຕ່ບໍ່ແມ່ນຢູ່ໃນ
ຖານຂໍ້ມູນຖືກເກັບໄວ້. ຂໍ້ມູນຕໍ່ໄປນີ້ແມ່ນກ່ຽວຂ້ອງກັບແຕ່ລະຄໍາທີ່ໃສ່ / ການປັບປຸງ:
ຊື່ໄລຍະ
ຄໍານິຍາມ
ຄວາມສໍາພັນກັບຂໍ້ກໍານົດອື່ນໆ
Synonyms
ID ສຳຮອງ
ຄໍານິຍາມ dbxrefs
ຄວາມຄິດເຫັນ
ໃຊ້ gmod_load_cvterms.plp ອອນລາຍໂດຍໃຊ້ການບໍລິການ onworks.net