ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-covar ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-covar - ຄິດໄລ່ ແລະ diagonalize matrix covariance
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-ຂອງ [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [- ເຈົ້າ ] [-xvg ] [-[ບໍ່]ເຫມາະ]
[-[ບໍ່]ອ້າງອີງ] [-[ບໍ່]mwa] [- ສຸດທ້າຍ ] [-[ບໍ່]pbc]
ລາຍລະອຽດ
gmx ໂຄວາ ຄິດໄລ່ ແລະ diagonalizes (mass-weighted) matrix covariance. ທັງໝົດ
ໂຄງສ້າງແມ່ນເຫມາະສົມກັບໂຄງສ້າງໃນໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ. ໃນເວລາທີ່ນີ້ບໍ່ແມ່ນການແລ່ນ
ການປ້ອນຂໍ້ມູນແຕ່ລະໄລຍະຈະບໍ່ຖືກພິຈາລະນາ. ໃນເວລາທີ່ເຫມາະແລະກຸ່ມການວິເຄາະ
ແມ່ນຄືກັນແລະການວິເຄາະແມ່ນບໍ່ມີມະຫາຊົນ, ນ້ໍາ, ເຫມາະຍັງຈະບໍ່
ມະຫາຊົນ.
eigenvectors ຖືກຂຽນໃສ່ໄຟລ໌ trajectory (-v). ໃນເວລາທີ່ປະລໍາມະນູດຽວກັນຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບ
ການປັບແຕ່ງແລະການວິເຄາະຄວາມແຕກຕ່າງກັນ, ໂຄງປະກອບການກະສານອ້າງອີງສໍາລັບການເຫມາະແມ່ນຂຽນທໍາອິດ
ດ້ວຍ t=-1. ສະເລ່ຍ (ຫຼືອ້າງອີງເມື່ອ -ref ຖືກນໍາໃຊ້) ໂຄງສ້າງແມ່ນຂຽນດ້ວຍ t = 0,
eigenvectors ຖືກຂຽນເປັນກອບທີ່ມີຕົວເລກ eigenvector ເປັນເວລາ.
eigenvectors ສາມາດຖືກວິເຄາະດ້ວຍ gmx ອະເນກ.
ທາງເລືອກ -ascii ຂຽນ matrix sibariance ທັງໝົດໃສ່ໄຟລ໌ ASCII. ຄໍາສັ່ງຂອງ
ອົງປະກອບແມ່ນ: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...
ທາງເລືອກ -xpm ຂຽນ matrix covariance ທັງຫມົດເປັນ .xpm ຍື່ນ.
ທາງເລືອກ -xpma ຂຽນມາຕຣິກເບື້ອງຂອງຄວາມແປປວນປະລໍາມະນູເປັນ .xpm ໄຟລ໌, ie ສໍາລັບແຕ່ລະຄູ່ອະຕອມ
ຜົນລວມຂອງຄວາມແປປວນ xx, yy ແລະ zz ແມ່ນຂຽນ.
ໃຫ້ສັງເກດວ່າເສັ້ນຂວາງຂອງ matrix ຕ້ອງການຄວາມຊົງຈໍາແລະເວລາທີ່ຈະເພີ່ມຂຶ້ນຢູ່ທີ່
ຢ່າງນ້ອຍໄວເທົ່າທີ່ຈະສີ່ຫຼ່ຽມຂອງຈໍານວນປະລໍາມະນູທີ່ກ່ຽວຂ້ອງ. ມັນງ່າຍທີ່ຈະແລ່ນອອກຈາກ
ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາ, ໃນກໍລະນີດັ່ງກ່າວນີ້, ເຄື່ອງມືນີ້ອາດຈະອອກຈາກ 'Segmentation fault'. ເຈົ້າຄວນ
ພິຈາລະນາຢ່າງລະອຽດວ່າຊຸດປະລໍາມະນູທີ່ຫຼຸດລົງຈະຕອບສະຫນອງຄວາມຕ້ອງການຂອງເຈົ້າສໍາລັບຄ່າໃຊ້ຈ່າຍຕ່ໍາ.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ໂຄງສ້າງ+ມະຫາຊົນ(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
ໄຟລ໌ xvgr/xmgr
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
ເສັ້ນທາງຄວາມແມ່ນຍໍາເຕັມ: tr cpt tng
-ຂອງ [<.gro/.g96/...>] (ສະເລ່ຍ.pdb)
ໄຟລ໌ໂຄງສ້າງ: gro g96 pdb brk ent esp
-l [<.log>] (covar.log)
ເຊັນເຂົ້າແຟ້ມ
-ascii [<.dat>] (covar.dat) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນທົ່ວໄປ
-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (ຖ້າຕ້ອງການ)
X PixMap ໄຟລ໌ matrix ເຂົ້າກັນໄດ້
-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (ຖ້າຕ້ອງການ)
X PixMap ໄຟລ໌ matrix ເຂົ້າກັນໄດ້
ທາງເລືອກອື່ນ:
-b (0)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-e (0)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-dt (0)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)
- ເຈົ້າ (ps)
ຫົວໜ່ວຍສໍາລັບຄ່າເວລາ: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg
xvg ການຈັດຮູບແບບ: xmgrace, xmgr, ບໍ່ມີ
-[ບໍ່]ເຫມາະ (ແມ່ນແລ້ວ)
ພໍດີກັບໂຄງສ້າງອ້າງອີງ
-[ບໍ່]ອ້າງອີງ (ບໍ່ມີ)
ໃຊ້ deviation ຈາກ conformation ໃນໄຟລ໌ໂຄງສ້າງແທນທີ່ຈະຈາກ
ໂດຍສະເລ່ຍ
-[ບໍ່]mwa (ບໍ່ມີ)
ການວິເຄາະຄວາມຜັນຜວນຂອງມະຫາຊົນ
- ສຸດທ້າຍ (-1)
eigenvector ສຸດທ້າຍທີ່ຈະຂຽນທັນທີ (-1 ແມ່ນຈົນກ່ວາສຸດທ້າຍ)
-[ບໍ່]pbc (ແມ່ນແລ້ວ)
ນຳໃຊ້ການແກ້ໄຂສຳລັບເງື່ອນໄຂເຂດແດນແຕ່ລະໄລຍະ
ໃຊ້ gmx-covar ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net