ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-densorder ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-densorder - ຄິດໄລ່ການເໜັງຕີງຂອງພື້ນຜິວ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx ຄວາມຫນາແຫນ້ນ [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [-ຫຼື [<.ອອກ> [... ]] [-og [<.xpm> [... ]]
[-Sspect [<.ອອກ> [... ]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ບໍ່]ວ] [-[ບໍ່]1d] [-bw ]
[-bwn ] [- ຄໍາສັ່ງ ] [-ທາງໄກ ]
[- ວິທີການ ] [-d1 ] [-d2 ]
[- ຕັນ ] [- ລະດັບ ]
ລາຍລະອຽດ
gmx ຄວາມຫນາແຫນ້ນ ຫຼຸດຜ່ອນການແຈກຢາຍຄວາມໜາແໜ້ນສອງເຟດຕາມແກນ, ຄິດໄລ່ຜ່ານ MD
trajectory, ກັບ 2D ດ້ານການເຫນັງຕີງໃນທີ່ໃຊ້ເວລາ, ໂດຍເຫມາະກັບ profile ທີ່ເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບການ
ຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງ interfacial. ການເປັນຕົວແທນທາງກວ້າງຂອງພື້ນທີ່ທີ່ໃຊ້ເວລາສະເລ່ຍຂອງການໂຕ້ຕອບສາມາດເປັນ
ຜົນຜະລິດທີ່ມີທາງເລືອກ -tavg.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ xdr ແບບພົກພາ
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ:
-o [<.dat>] (ຄວາມໜາແໜ້ນ4D.dat) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ຂໍ້ມູນທົ່ວໄປ
-ຫຼື [<.ອອກ> [... ] (ສະບາຍດີ.ອອກ) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທົ່ວໄປ
-og [<.xpm> [... ] (interface.xpm) (ຖ້າຕ້ອງການ)
X PixMap ໄຟລ໌ matrix ເຂົ້າກັນໄດ້
-Sspect [<.ອອກ> [... ] (intfspect.out) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທົ່ວໄປ
ທາງເລືອກອື່ນ:
-b (0)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-e (0)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-dt (0)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)
-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ
-[ບໍ່]1d (ບໍ່ມີ)
ເລຂາຄະນິດການໂຕ້ຕອບ Pseudo-1d
-bw (0.2)
Binwidth ຂອງການແຈກຢາຍຄວາມຫນາແຫນ້ນ tangential ກັບການໂຕ້ຕອບ
-bwn (0.05)
Binwidth ຂອງການແຈກຢາຍຄວາມຫນາແຫນ້ນປົກກະຕິກັບການໂຕ້ຕອບ
- ຄໍາສັ່ງ (0)
ຄໍາສັ່ງຂອງການກັ່ນຕອງ Gaussian, ຄໍາສັ່ງ 0 ເທົ່າກັບ NO ການກັ່ນຕອງ
-ທາງໄກ (Z)
ທິດທາງແກນ - X, Y ຫຼື Z
- ວິທີການ ( bisect )
ວິທີການສະຖານທີ່ການໂຕ້ຕອບ: bisect, ທີ່ເປັນປະໂຫຍດ
-d1 (0)
ຄວາມໜາແໜ້ນເປັນຊຸດໄລຍະ 1 (ຢູ່ທີ່ຂະໜາດນ້ອຍ z)
-d2 (1000)
ຄວາມໜາແໜ້ນເປັນຊຸດໄລຍະ 2 (ໃນຂະໜາດໃຫຍ່ z)
- ຕັນ (100)
ຈໍານວນເຟຣມໃນຫນຶ່ງ time-block ໂດຍສະເລ່ຍ
- ລະດັບ (100)
ຈຳນວນລະດັບຄວາມສູງໃນ 2D - XPixMaps
ໃຊ້ gmx-densorder ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net