ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gmx-spatial ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gmx-spatial - ຄິດໄລ່ຟັງຊັນການແຈກຢາຍທາງກວ້າງຂອງພື້ນ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gmx spatial [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[ບໍ່]ວ] [-[ບໍ່]pbc]
[-[ບໍ່]div] [-ign ] [-ຖັງ ] [- ນາບ ]
ລາຍລະອຽດ
gmx ທາງກວ້າງຂອງພື້ນ ຄິດໄລ່ຟັງຊັນການແຈກຢາຍທາງກວ້າງຂອງພື້ນ ແລະສົ່ງຜົນອອກມາໃນຮູບແບບທີ່ສາມາດເຮັດໄດ້
ຈະຖືກອ່ານໂດຍ VMD ເປັນຮູບແບບ cube Gaussian98. ສໍາລັບລະບົບຂອງ 32,000 ປະລໍາມະນູແລະ 50 ns
trajectory, SDF ສາມາດສ້າງໄດ້ໃນປະມານ 30 ນາທີ, ໂດຍໃຊ້ເວລາສ່ວນໃຫຍ່ອຸທິດຕົນ
ກັບທັງສອງແລ່ນຜ່ານ trjconv ທີ່ຈໍາເປັນເພື່ອວາງທຸກຢ່າງຢ່າງຖືກຕ້ອງ. ນີ້
ຍັງໃຊ້ເວລາເປັນຊໍ່ທັງຫມົດຂອງຊ່ອງ (3 ສໍາເນົາຂອງໄຟລ໌ trajectory). ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ຮູບພາບ
ແມ່ນງາມແລະມີຂໍ້ມູນຫຼາຍໃນເວລາທີ່ການຄັດເລືອກທີ່ເຫມາະສົມໄດ້ຖືກເຮັດຢ່າງຖືກຕ້ອງ. 3-4 ປະລໍາມະນູໃນ
ກຸ່ມມືຖືຢ່າງກວ້າງຂວາງ (ເຊັ່ນອາຊິດ amino ຟຣີໃນການແກ້ໄຂ) ເຮັດວຽກໄດ້ດີ, ຫຼືເລືອກ
ກະດູກສັນຫຼັງຂອງທາດໂປຼຕີນໃນໂຄງສ້າງພັບທີ່ຫມັ້ນຄົງເພື່ອໃຫ້ໄດ້ຮັບ SDF ຂອງສານລະລາຍແລະເບິ່ງ
ແກະການແກ້ໄຂໂດຍສະເລ່ຍຕາມເວລາ. ມັນເປັນໄປໄດ້ທີ່ຈະໃຊ້ໂຄງການນີ້ເພື່ອສ້າງ SDF
ອີງໃສ່ການປະສານງານ Cartesian ທີ່ບໍ່ມັກ. ເພື່ອເຮັດສິ່ງນີ້, ພຽງແຕ່ຍົກເວັ້ນເບື້ອງຕົ້ນ gmx
trjconv ຂັ້ນຕອນ.
ການນໍາໃຊ້:
1 ການນໍາໃຊ້ gmx make_ndx ເພື່ອສ້າງກຸ່ມທີ່ມີປະລໍາມະນູປະມານທີ່ທ່ານຕ້ອງການ SDF
2. gmx trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -boxcenter ລົດສາມລໍ້ - ອ ຫນາແຫນ້ນ -pbc none
3. gmx trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -ເຫມາະ rot+trans
4. ແລ່ນ gmx ທາງກວ້າງຂອງພື້ນ ກ່ຽວກັບ c.tng ຜົນຜະລິດຂອງຂັ້ນຕອນ #3.
5. ໂຫຼດ grid.cube ເຂົ້າໄປໃນ VMD ແລະເບິ່ງເປັນ isosurface.
ຫມາຍເຫດ ລະບົບເຊັ່ນ micelles ຈະຕ້ອງການ gmx trjconv -pbc ກຸ່ມ ລະຫວ່າງຂັ້ນຕອນ 1
ແລະ 2.
ຄໍາເຕືອນ
SDF ຈະຖືກສ້າງຂື້ນສໍາລັບ cube ທີ່ບັນຈຸຖັງຂີ້ເຫຍື້ອທີ່ມີບາງບ່ອນທີ່ບໍ່ແມ່ນສູນ
ຄອບຄອງ. ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ການກະກຽມ -ເຫມາະ rot+trans ທາງເລືອກທີ່ຈະ gmx trjconv ໝາຍ ຄວາມວ່າ
ລະບົບຂອງທ່ານຈະໄດ້ຮັບການ rotating ແລະແປພາສາໃນຊ່ອງ (ໃນຄໍາສັ່ງທີ່ກຸ່ມທີ່ເລືອກ
ບໍ່). ດັ່ງນັ້ນຄ່າທີ່ສົ່ງຄືນຈະໃຊ້ໄດ້ກັບບາງພາກພື້ນເທົ່ານັ້ນ
ປະມານກຸ່ມສູນກາງ / ການປະສານງານຂອງທ່ານທີ່ມີການທັບຊ້ອນຢ່າງເຕັມທີ່ກັບປະລິມານລະບົບຕະຫຼອດ
ລະບົບການແປ/ໝູນວຽນທັງໝົດໃນໄລຍະເສັ້ນທາງ. ມັນຂຶ້ນກັບ
ຜູ້ໃຊ້ເພື່ອຮັບປະກັນວ່ານີ້ແມ່ນກໍລະນີ.
ຄວາມສ່ຽງ ທາງເລືອກໃນການ
ເພື່ອຫຼຸດຜ່ອນຈໍານວນພື້ນທີ່ແລະເວລາທີ່ຕ້ອງການ, ທ່ານສາມາດອອກພຽງແຕ່ coords ທີ່ມີ
ຈະຖືກນໍາໃຊ້ໃນການແລ່ນຄັ້ງທໍາອິດແລະຕໍ່ມາໂດຍຜ່ານການ gmx trjconv. ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ໃຫ້ແນ່ໃຈວ່າ
ຕັ້ງ - ນາບ ທາງເລືອກທີ່ມີມູນຄ່າສູງພຽງພໍນັບຕັ້ງແຕ່ການຈັດສັນຫນ່ວຍຄວາມຈໍາສໍາລັບ cube bins
ອີງຕາມການປະສານງານເບື້ອງຕົ້ນແລະ - ນາບ ຄ່າທາງເລືອກ.
OPTIONS
ທາງເລືອກໃນການລະບຸໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນ:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ໂຄງສ້າງ+ມະຫາຊົນ(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
ເສັ້ນທາງ: xtc tr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx) (ຖ້າຕ້ອງການ)
ໄຟລ໌ດັດສະນີ
ທາງເລືອກອື່ນ:
-b (0)
ກອບທໍາອິດ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-e (0)
ກອບສຸດທ້າຍ (ps) ອ່ານຈາກ trajectory
-dt (0)
ໃຊ້ກອບພຽງແຕ່ເມື່ອ t MOD dt = ຄັ້ງທໍາອິດ (ps)
-[ບໍ່]ວ (ບໍ່ມີ)
ເບິ່ງຜົນຜະລິດ .xvg, .xpm, .eps ແລະ .pdb ໄຟ
-[ບໍ່]pbc (ບໍ່ມີ)
ໃຊ້ເງື່ອນໄຂເຂດແດນເປັນໄລຍະສໍາລັບໄລຍະຫ່າງຂອງຄອມພິວເຕີ້
-[ບໍ່]div (ແມ່ນແລ້ວ)
ຄິດໄລ່ແລະນໍາໃຊ້ຕົວຫານສໍາລັບການຄອບຄອງຖັງອີງໃສ່ປະລໍາມະນູ / cube ຫນ້ອຍ
ຂະໜາດ. ຕັ້ງເປັນ TRUE ສໍາລັບການສະແດງພາບ ແລະເປັນ FALSE (- nodiv) ເພື່ອໃຫ້ໄດ້ຮັບການນັບທີ່ຖືກຕ້ອງ
ຕໍ່ກອບ
-ign (-1)
ຢ່າສະແດງຕົວເລກຂອງ cubes ພາຍນອກນີ້ (ຄ່າບວກອາດຈະຫຼຸດຜ່ອນຂອບເຂດ
ຈຸດດ່າງດຳ; -1 ຮັບປະກັນດ້ານນອກແມ່ນສັງເກດເຫັນ)
-ຖັງ (0.05)
ຄວາມກວ້າງຂອງຖັງຂີ້ເຫຍື້ອ (nm)
- ນາບ (4)
ຈໍານວນຖັງຂີ້ເຫຍື້ອເພີ່ມເຕີມເພື່ອຮັບປະກັນການຈັດສັນຫນ່ວຍຄວາມຈໍາທີ່ເຫມາະສົມ
ຮູ້ ບັນຫາ
· ເມື່ອໜ່ວຍຄວາມຈຳທີ່ຈັດສັນບໍ່ໃຫຍ່ພໍ, ຄວາມຜິດຂອງການແບ່ງສ່ວນອາດຈະເກີດຂຶ້ນ. ນີ້ແມ່ນ
ປົກກະຕິແລ້ວກວດພົບແລະໂຄງການຖືກຢຸດກ່ອນທີ່ຈະມີຄວາມຜິດໃນຂະນະທີ່ສະແດງຄໍາເຕືອນ
ຂໍ້ຄວາມແນະນໍາການນໍາໃຊ້ຂອງ - ນາບ (ຈໍານວນຂອງຖັງເພີ່ມເຕີມ) ທາງເລືອກ. ຢ່າງໃດກໍຕາມ, ໄດ້
ໂຄງການບໍ່ໄດ້ກວດພົບເຫດການດັ່ງກ່າວທັງຫມົດ. ຖ້າຫາກທ່ານພົບກັບຄວາມຜິດພາດການແບ່ງແຍກ, ໃຫ້ດໍາເນີນການມັນ
ເພີ່ມຂຶ້ນອີກ - ນາບ ມູນຄ່າ.
ໃຊ້ gmx-spatial ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net