ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ gt-cds ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
gt-cds - ເພີ່ມຄຸນສົມບັດ CDS (ລຳດັບການເຂົ້າລະຫັດ) ໃຫ້ກັບຄຸນສົມບັດ exon ທີ່ໃຫ້ໄວ້ໃນໄຟລ໌ GFF3.
ສະຫຼຸບສັງລວມ
gt cds [ທາງເລືອກ ...] [GFF3_file]
ລາຍລະອຽດ
- minorflen [ມູນຄ່າ]
ກໍານົດຄວາມຍາວຕໍາ່ສຸດທີ່ກອບການອ່ານເປີດ (ORF) ຕ້ອງໄດ້ຮັບການເພີ່ມເປັນ CDS
ຄຸນສົມບັດ (ວັດແທກໃນອາຊິດ amino) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 64)
-startcodon [ແມ່ນ|ບໍ່]
ຕ້ອງການຫຼາຍກ່ວາ ORF ຈະຕ້ອງເລີ່ມຕົ້ນດ້ວຍ codon ເລີ່ມຕົ້ນ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
-finalstopcodon [ແມ່ນ|ບໍ່]
ຮຽກຮ້ອງໃຫ້ ORF ສຸດທ້າຍຕ້ອງສິ້ນສຸດດ້ວຍ stop codon (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
-seqfile [ຊື່ເອກະສານ]
ກໍານົດໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ຈະເອົາລໍາດັບ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ໄດ້ກໍານົດ)
- encseq [ຊື່ເອກະສານ]
ຕັ້ງຊື່ດັດສະນີລໍາດັບທີ່ເຂົ້າລະຫັດໄວ້ເພື່ອເອົາລໍາດັບ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
ບໍ່ໄດ້ກໍານົດ)
-seqfiles
ກໍານົດໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ຈະສະກັດຄຸນສົມບັດການນໍາໃຊ້ -- ເພື່ອຢຸດບັນຊີລາຍຊື່
ຂອງໄຟລ໌ລໍາດັບ
-matchdesc [ແມ່ນ|ບໍ່]
ຄົ້ນຫາຄໍາອະທິບາຍລໍາດັບຈາກໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນສໍາລັບ ID ລໍາດັບທີ່ຕ້ອງການ (ໃນ
GFF3), ລາຍງານການແຂ່ງຂັນຄັ້ງທໍາອິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
-matchdescstart [ແມ່ນ|ບໍ່]
ກົງກັບຄໍາອະທິບາຍລໍາດັບຈາກໄຟລ໌ປ້ອນຂໍ້ມູນສໍາລັບລໍາດັບທີ່ຕ້ອງການ
IDs (ໃນ GFF3) ຈາກຈຸດເລີ່ມຕົ້ນໄປຫາບ່ອນຫວ່າງທໍາອິດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
-usedesc [ແມ່ນ|ບໍ່]
ໃຊ້ຄໍາອະທິບາຍລໍາດັບເພື່ອເຮັດແຜນທີ່ ID ລໍາດັບ (ໃນ GFF3) ກັບລໍາດັບຕົວຈິງ
ລາຍການ. ຖ້າຄໍາອະທິບາຍມີຊ່ວງລໍາດັບ (ເຊັ່ນ: III:1000001..2000000),
ສ່ວນທໍາອິດແມ່ນໃຊ້ເປັນລໍາດັບ ID (III) ແລະຕໍາແຫນ່ງໄລຍະທໍາອິດເປັນຊົດເຊີຍ
(1000001) (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
- ການສ້າງແຜນທີ່ພາກພື້ນ [string]
ຕັ້ງຄ່າໄຟລ໌ທີ່ມີລຳດັບ-ພາກພື້ນເປັນການຈັດແຜນທີ່ໄຟລ໌ລໍາດັບ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ໄດ້ກຳນົດ)
-v [ແມ່ນ|ບໍ່]
be verbose (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
-o [ຊື່ເອກະສານ]
ປ່ຽນເສັ້ນທາງຜົນຜະລິດໄປຫາໄຟລ໌ທີ່ລະບຸ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່ໄດ້ກໍານົດ)
-gzip [ແມ່ນ|ບໍ່]
ຂຽນ gzip ໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ຖືກບີບອັດ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
-bzip2 [ແມ່ນ|ບໍ່]
ຂຽນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດທີ່ຖືກບີບອັດ bzip2 (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
- ຜົນບັງຄັບໃຊ້ [ແມ່ນ|ບໍ່]
ບັງຄັບໃຫ້ຂຽນເປັນໄຟລ໌ອອກ (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ບໍ່)
-ຊ່ວຍ
ສະແດງການຊ່ວຍເຫຼືອແລະອອກ
-ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງຂໍ້ມູນສະບັບແລະອອກ
ຮູບແບບໄຟລ໌ສໍາລັບທາງເລືອກ - ການສ້າງແຜນທີ່ພາກພື້ນ:
ໄຟລ໌ທີ່ສະຫນອງໃຫ້ທາງເລືອກ -regionmapping ກໍານົດ "ແຜນທີ່". ແຜນທີ່ສ້າງແຜນທີ່
ລາຍການຕາມລຳດັບພາກພື້ນທີ່ໃຫ້ຢູ່ໃນ GFF3_file ໄປຫາໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ປະກອບດ້ວຍ
ລໍາດັບທີ່ສອດຄ້ອງກັນ. ແຜນທີ່ສາມາດຖືກກໍານົດຢູ່ໃນຫນຶ່ງໃນສອງຮູບແບບຕໍ່ໄປນີ້:
ແຜນທີ່ = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
ແຜນທີ່ຟັງຊັນ(sequence_region)
ກັບຄືນ "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
ໃນຕອນທ້າຍ
ແບບຟອມທໍາອິດກໍານົດ Lua (http://www.lua.org) ຕາຕະລາງທີ່ມີຊື່ວ່າ "mapping" ເຊິ່ງແຜນທີ່ແຕ່ລະຄົນ
ພາກພື້ນລໍາດັບໄປຫາໄຟລ໌ລໍາດັບທີ່ສອດຄ້ອງກັນ. ອັນທີສອງກໍານົດຫນ້າທີ່ Lua
"mapping", ເຊິ່ງຕ້ອງກັບຄືນຊື່ໄຟລ໌ລໍາດັບເມື່ອມັນຖືກເອີ້ນດ້ວຍ
sequence_region ເປັນ argument.
ການລາຍງານ ບັກ
ລາຍງານບັກຫາgt-users@genometools.org>.
ໃຊ້ gt-cds ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net