ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ hmm2emit ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
hmm2emit - ສ້າງລໍາດັບຈາກໂປຣໄຟລ໌ HMM
ສະຫຼຸບສັງລວມ
hmm2emit [ທາງເລືອກ] hmmfile
ລາຍລະອຽດ
hmm2emit ອ່ານໄຟລ໌ HMM ຈາກ hmmfile ປະກອບມີຫນຶ່ງຫຼືຫຼາຍ HMMs, ແລະສ້າງ a
ຈໍານວນລໍາດັບຈາກແຕ່ລະ HMM; ຫຼື, ຖ້າ -c ທາງເລືອກທີ່ຖືກຄັດເລືອກ, ສ້າງດຽວ
ຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຂອງກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່. ນີ້ສາມາດເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບຄໍາຮ້ອງສະຫມັກຕ່າງໆໃນທີ່ຫນຶ່ງຕ້ອງການ a
ການຈຳລອງຂອງລຳດັບທີ່ສອດຄ່ອງກັບຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຂອງຄອບຄົວລຳດັບ.
ໂດຍຕົວຢ່າງ, hmm2emit ສ້າງ 10 ລໍາດັບແລະສົ່ງຜົນໄດ້ຮັບໃນຮູບແບບ FASTA (ບໍ່ສອດຄ່ອງ).
OPTIONS
-a ຂຽນລໍາດັບທີ່ສ້າງຂຶ້ນໃນຮູບແບບສອດຄ່ອງ (SELEX) ແທນທີ່ຈະ FASTA.
-c ຄາດຄະເນລໍາດັບຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຂອງກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່ດຽວແທນທີ່ຈະເປັນລໍາດັບຕົວຢ່າງ
ຈາກການແຈກຢາຍຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງ HMM. ສານຕົກຄ້າງທີ່ມີການອະນຸລັກສູງ (p >= 0.9 ສໍາລັບ
DNA, p >= 0.5 ສໍາລັບທາດໂປຼຕີນ) ແມ່ນສະແດງຢູ່ໃນຕົວພິມໃຫຍ່; ອື່ນໆແມ່ນສະແດງຢູ່ໃນຕົວພິມນ້ອຍ.
ບາງລັດແຊກຊ້ອນອາດຈະກາຍເປັນສ່ວນໜຶ່ງຂອງຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຂອງກົດລະບຽບສ່ວນໃຫຍ່, ເພາະວ່າພວກມັນແມ່ນ
ໃຊ້ໃນ >= 50% ຂອງລໍາດັບທີ່ສ້າງຂຶ້ນ; ເມື່ອອັນນີ້ເກີດຂຶ້ນ, ໃສ່ສານຕົກຄ້າງທີ່ສ້າງຂຶ້ນ
ສະແດງໃຫ້ເຫັນພຽງແຕ່ເປັນ "x".
-h ພິມການຊ່ວຍເຫຼືອໂດຍຫຍໍ້; ປະກອບມີຈໍານວນສະບັບແລະສະຫຼຸບຂອງທາງເລືອກທັງຫມົດ, ລວມທັງ
ທາງເລືອກຜູ້ຊ່ຽວຊານ.
-n ສ້າງ ລໍາດັບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນ 10.
-o ບັນທຶກລໍາດັບສັງເຄາະເພື່ອຍື່ນ ແທນທີ່ຈະຂຽນໃຫ້ເຂົາເຈົ້າ stdout.
-q ງຽບ; ສະກັດກັ້ນຜົນຜະລິດທັງຫມົດຍົກເວັ້ນສໍາລັບລໍາດັບຂອງຕົນເອງ. ເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບການທໍ່
ຫຼືການຊີ້ນໍາຜົນຜະລິດໄດ້.
EXPERT OPTIONS
-- ແກ່ນ
ກໍານົດແກ່ນແບບສຸ່ມໃສ່ , ບ່ອນທີ່ ເປັນຈໍານວນບວກ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນໃຊ້
ເວລາ() ເພື່ອສ້າງແນວພັນທີ່ແຕກຕ່າງກັນສໍາລັບແຕ່ລະໄລຍະ, ຊຶ່ງຫມາຍຄວາມວ່າສອງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ແລ່ນຂອງ hmm2emit ໃນ HMM ດຽວກັນຈະໃຫ້ຜົນໄດ້ຮັບທີ່ແຕກຕ່າງກັນເລັກນ້ອຍ. ທ່ານສາມາດນໍາໃຊ້
ທາງເລືອກນີ້ເພື່ອສ້າງຜົນໄດ້ຮັບທີ່ສາມາດແຜ່ພັນໄດ້.
ໃຊ້ hmm2emit ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net