hmmemit - ອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

hmmemit - ລຳດັບຕົວຢ່າງຈາກໂປຣໄຟລ໌ HMM

ສະຫຼຸບສັງລວມ

hmmemit [ທາງເລືອກ] hmmfile

ລາຍລະອຽດ

ໄດ້ hmmemit ຕົວຢ່າງໂປຣແກຣມ (ປ່ອຍຕົວ) ລຳດັບຈາກໂປຣໄຟລ໌ HMM(s) ໃນ hmmfile, ແລະ
ຂຽນໃຫ້ເຂົາເຈົ້າອອກ. ລໍາດັບຕົວຢ່າງອາດຈະເປັນປະໂຫຍດສໍາລັບຈຸດປະສົງທີ່ຫຼາກຫຼາຍ,
ລວມທັງການສ້າງຜົນບວກທີ່ແທ້ຈິງສັງເຄາະສໍາລັບ benchmarks ຫຼືການທົດສອບ.

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເພື່ອຕົວຢ່າງຫນຶ່ງລໍາດັບ unaligned ຈາກຮູບແບບຄວາມເປັນໄປໄດ້ຫຼັກ, ເຊິ່ງ
ຫມາຍຄວາມວ່າແຕ່ລະລໍາດັບປະກອບດ້ວຍຫນຶ່ງໂດເມນທີ່ມີຄວາມຍາວເຕັມ. ອີກທາງເລືອກ, ກັບ -c
ທາງ​ເລືອກ​, ທ່ານ​ສາ​ມາດ​ປ່ອຍ​ອອກ​ມາ​ເປັນ​ລໍາ​ດັບ​ຄວາມ​ເຫັນ​ດີ​ຂອງ​ກົດ​ລະ​ບຽບ​ສ່ວນ​ໃຫຍ່​ທີ່​ງ່າຍ​ດາຍ​; ຫຼືກັບ -a ທາງເລືອກ, ເຈົ້າ
ສາມາດ emit ສອດຄ່ອງ (ໃນກໍລະນີໃດກໍ່ຕາມ, ທ່ານອາດຈະຕ້ອງການກໍານົດ -N ກັບບາງສິ່ງບາງຢ່າງອື່ນ
ກ່ວາຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງມັນ 1 ລຳດັບຕໍ່ຕົວແບບ).

ເປັນທາງເລືອກອື່ນ, ມີ -p ທາງເລືອກທີ່ທ່ານສາມາດຕົວຢ່າງລໍາດັບຈາກການຕັ້ງຄ່າຢ່າງເຕັມທີ່
ປະຫວັດການຊອກຫາ HMMER. ນີ້ຫມາຍຄວາມວ່າການຍົກຕົວຢ່າງ 'ລໍາດັບ homologous' ໂດຍຄໍານິຍາມຂອງ HMMER,
ລວມທັງລໍາດັບ flanking nonhomologous, ການຈັດຕໍາແຫນ່ງທ້ອງຖິ່ນ, ແລະຫຼາຍໂດເມນຕໍ່
ລໍາດັບ, ຂຶ້ນກັບຮູບແບບຄວາມຍາວແລະຮູບແບບການຈັດຕໍາແຫນ່ງທີ່ເລືອກສໍາລັບໂປຣໄຟລ໌.

ໄດ້ hmmfile ອາດມີຫ້ອງສະໝຸດຂອງ HMMs, ເຊິ່ງໃນກໍລະນີແຕ່ລະ HMM ຈະຖືກໃຊ້ໃນທາງກັບກັນ.

ອາດຈະເປັນ '-' (dash), ຊຶ່ງຫມາຍຄວາມວ່າການອ່ານຂໍ້ມູນນີ້ຈາກ stdin ແທນທີ່ຈະເປັນໄຟລ໌.

COMMON OPTIONS

-h ຊ່ວຍເຫຼືອ; ພິມການເຕືອນສັ້ນໆກ່ຽວກັບການນໍາໃຊ້ເສັ້ນຄໍາສັ່ງແລະທາງເລືອກທີ່ມີຢູ່ທັງຫມົດ.

-o ຊີ້​ນໍາ​ລໍາ​ດັບ​ຜົນ​ຜະ​ລິດ​ເພື່ອ​ໄຟລ​໌​ , ແທນທີ່ຈະ stdout.

-N ຕົວຢ່າງ ລໍາດັບຕໍ່ຕົວແບບ, ແທນທີ່ຈະພຽງແຕ່ຫນຶ່ງ.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ແມ່ນ​ຫຍັງ ເຖິງ ອອກມາ

ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນແມ່ນເພື່ອເອົາຕົວຢ່າງ N ລໍາດັບຈາກຕົວແບບຫຼັກ. ອີກທາງເລືອກ, ທ່ານອາດຈະເລືອກ
ຫນຶ່ງ (ແລະພຽງແຕ່ຫນຶ່ງ) ຂອງທາງເລືອກຕໍ່ໄປນີ້.

-a ປ່ອຍຄວາມສອດຄ່ອງສໍາລັບແຕ່ລະ HMM ໃນ hmmfile ແທນທີ່ຈະເປັນຕົວຢ່າງທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງ
ລຳດັບເທື່ອລະອັນ.

-c ປ່ອຍລໍາດັບຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຂອງກົດລະບຽບຫຼາຍ, ແທນທີ່ຈະເປັນຕົວຢ່າງຂອງລໍາດັບຈາກ
ໂປຣໄຟລ໌ການແຈກຢາຍຄວາມເປັນໄປໄດ້ຂອງ HMM. ລໍາ​ດັບ​ຄວາມ​ເຫັນ​ດີ​ເປັນ​ປະ​ກອບ​ໂດຍ​
ການເລືອກຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດທີ່ເຫຼືອຢູ່ໃນແຕ່ລະສະຖານະທີ່ກົງກັນ.

-C ປ່ອຍລໍາດັບຄວາມເຫັນດີເຫັນພ້ອມຂອງກົດຫຼາຍແບບທີ່ແປກປະຫຼາດກວ່າ -c ທາງເລືອກ. ຖ້າສູງສຸດ
ຄວາມເປັນໄປໄດ້ residue ມີ p ນາທີ ສະແດງເປັນຕົວພິມນ້ອຍ 'any' residue (n ຫຼື x); ຖ້າ
p >= ນາທີ ແລະ ນາທີ ສະແດງໃຫ້ເຫັນມັນເປັນ residue ກໍລະນີຕ່ໍາ; ແລະຖ້າ p >= ນາທີ ສະແດງໃຫ້ເຫັນມັນເປັນ
ສານຕົກຄ້າງຂອງຕົວພິມໃຫຍ່. ການຕັ້ງຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ ນາທີ ແລະ ນາທີ ແມ່ນທັງສອງ 0.0, ເຊິ່ງ
ວິທີການ -C ໃຫ້ຜົນຜະລິດດຽວກັນກັບ -c ເວັ້ນເສຍແຕ່ວ່າທ່ານຍັງກໍານົດ ນາທີ ແລະ ນາທີ ກັບສິ່ງທີ່ທ່ານ
ຕ້ອງການ.

-p ຕົວຢ່າງ ລຳ ດັບທີ່ບໍ່ສອດຄ່ອງກັນຈາກໂປຣໄຟລ໌ການຊອກຫາທີ່ບໍ່ກ່ຽວຂ້ອງ, ບໍ່ແມ່ນຈາກຫຼັກ
ຕົວແບບ. ຮູບແບບຫຼັກປະກອບດ້ວຍພຽງແຕ່ລັດ homologous (ລະຫວ່າງເລີ່ມຕົ້ນ
ແລະຈຸດສິ້ນສຸດຂອງຮູບແບບ HMMER Plan7). ໂປຼໄຟລ໌ປະກອບມີ N nonhomologous,
C, ແລະ J states, local/glocal ແລະ uni/multihit algorithm configuration, ແລະ
ຮູບແບບຄວາມຍາວເປົ້າຫມາຍ. ດັ່ງນັ້ນ, ລໍາດັບຕົວຢ່າງຈາກໂປຣໄຟລ໌ອາດຈະປະກອບມີ
nonhomologous ເຊັ່ນດຽວກັນກັບລໍາດັບ homologous, ແລະອາດຈະມີຫຼາຍກ່ວາຫນຶ່ງ
ສ່ວນລຳດັບທີ່ຄືກັນ. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ, ໂປຼໄຟລ໌ແມ່ນຢູ່ໃນຮູບແບບທ້ອງຖິ່ນ multihit, ແລະ
ຄວາມຍາວຂອງລຳດັບເປົ້າໝາຍຖືກກຳນົດຄ່າສຳລັບ L=400.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ສະຖາບັນ ຈາກ PROFILES

ທາງ​ເລືອກ​ເຫຼົ່າ​ນີ້​ຮຽກ​ຮ້ອງ​ໃຫ້​ທ່ານ​ໄດ້​ກໍາ​ນົດ​ -p ທາງເລືອກ.

-L ກຳນົດຄ່າຕົວແບບຄວາມຍາວລຳດັບເປົ້າໝາຍຂອງໂປຣໄຟລ໌ເພື່ອສ້າງຄວາມຍາວສະເລ່ຍ
ປະມານ ແທນທີ່ຈະເປັນຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຂອງ 400.

--ທ້ອງຖິ່ນ
ກຳນົດຄ່າໂປຣໄຟລ໌ສຳລັບການຈັດຕຳແໜ່ງທ້ອງຖິ່ນຫຼາຍຈຸດ.

--unilocal
ຕັ້ງຄ່າໂປຣໄຟລ໌ສໍາລັບການຈັດວາງທ້ອງຖິ່ນ unihit (Smith/Waterman).

-- ທ້ອງຖິ່ນ
ຕັ້ງຄ່າໂປຣໄຟລ໌ສໍາລັບການຈັດຕໍາແຫນ່ງ glocal multihit.

--uniglocal
ຕັ້ງຄ່າໂປຣໄຟລ໌ສໍາລັບການຈັດວາງ glocal unihit.

OPTIONS ການຄວບຄຸມ ແຟນ​ຊີ ເອກະສັນ ສະຖາບັນ

ທາງ​ເລືອກ​ເຫຼົ່າ​ນີ້​ຮຽກ​ຮ້ອງ​ໃຫ້​ທ່ານ​ໄດ້​ກໍາ​ນົດ​ -C ທາງເລືອກ.

--ນາທີ
ກໍານົດ ນາທີ ເກນສໍາລັບການສະແດງສານຕົກຄ້າງທີ່ອະນຸລັກອ່ອນໆເປັນຕົວພິມນ້ອຍ. (0 <=
x <= 1)

--ນາທີ
ກໍານົດ ນາທີ ເກນສໍາລັບການສະແດງສານຕົກຄ້າງທີ່ສະຫງວນໄວ້ຢ່າງແຂງແຮງເປັນຕົວພິມໃຫຍ່. (0
<= x <= 1)

ອື່ນໆ OPTIONS

-- ແກ່ນ
ແກ່ນເຄື່ອງກໍາເນີດຈໍານວນ Random ກັບ , an integer >= 0. ຖ້າ ບໍ່ແມ່ນສູນ, ໃດໆ
simulations stochastic ຈະໄດ້ຮັບການແຜ່ພັນ; ຄໍາສັ່ງດຽວກັນຈະໃຫ້ຄືກັນ
ຜົນໄດ້ຮັບ. ຖ້າ ແມ່ນ 0, ເຄື່ອງກໍາເນີດເລກສຸ່ມແມ່ນ seeded arbitrarily, ແລະ
ການຈໍາລອງ stochastic ຈະແຕກຕ່າງກັນຈາກການແລ່ນໄປຫາຄໍາສັ່ງດຽວກັນ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ
ແມ່ນ 0: ໃຊ້ເມັດທີ່ມັກ, ແຕກຕ່າງກັນ hmmemit ແລ່ນຈະສ້າງທີ່ແຕກຕ່າງກັນ
ຕົວຢ່າງ.

ໃຊ້ hmmemit ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net