ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ insegt ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍສະຖານີເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
insegt - INtersecting SEcond Generation sequencing daTa with annotation
ສະຫຼຸບສັງລວມ
insegt [ຕົວເລືອກ]
ລາຍລະອຽດ
INSEGT ເປັນເຄື່ອງມືໃນການວິເຄາະການຈັດລຽງລໍາດັບຂອງ RNA-Seq ອ່ານ (ທ້າຍດຽວຫຼືຄູ່)
ໂດຍໃຊ້ gene-annotations.
ການປ້ອນຂໍ້ມູນໃສ່ INSEGT ແມ່ນໄຟລ໌ SAM ທີ່ມີການຈັດຮຽງ ແລະໄຟລ໌ທີ່ມີໄຟລ໌
ຄໍາບັນຍາຍຂອງ genome ອ້າງອີງ, ບໍ່ວ່າຈະຢູ່ໃນຮູບແບບ GFF ຫຼື GTF.
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້.
- ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງຂໍ້ມູນສະບັບ
ທາງເລືອກ: :
-ro, --read-output ເອກະສານ
Output filename ສໍາລັບການອ່ານຜົນໄດ້ຮັບ, ເຊິ່ງປະກອບດ້ວຍຄໍາອະທິບາຍໃນແຜນທີ່ຕາມມາໂດຍ
ຄໍາອະທິບາຍຂອງພໍ່ແມ່ຂອງພວກເຂົາ. ປະເພດໄຟລ໌ທີ່ຖືກຕ້ອງແມ່ນ: gff.
- ເຖິງ, --anno-output ເອກະສານ
Output filename for anno-output, ເຊິ່ງປະກອບດ້ວຍຄຳອະທິບາຍປະກອບທີ່ຄ້າຍຄືກັບ GFF
ການປ້ອນຂໍ້ມູນ ແລະນອກຈາກນັ້ນການນັບຂອງການອ່ານແຜນທີ່ ແລະການສະແດງຜົນປົກກະຕິ
ລະດັບໃນ RPKM. ປະເພດໄຟລ໌ທີ່ຖືກຕ້ອງແມ່ນ: gff.
-, --tuple-output ເອກະສານ
ຊື່ໄຟລ໌ຜົນໄດ້ຮັບສໍາລັບ tuple-output, ເຊິ່ງປະກອບດ້ວຍ tuples exon ເຊື່ອມຕໍ່ໂດຍການອ່ານຫຼື
ຄູ່. ປະເພດໄຟລ໌ທີ່ຖືກຕ້ອງແມ່ນ: gff.
-fo, --fusion-ຜົນຜະລິດ STR
Output filename ສໍາລັບ fusion-output, ເຊິ່ງປະກອບດ້ວຍ exon tuple ຂອງ gene fusions
(ທາງເລືອກຂັ້ນສູງ, ປະຈຸບັນບໍ່ມີພອດຜົນຜະລິດສໍາລັບ KNIME). ຫນຶ່ງໃນ gff.
-n, --ntuple INT
ຈຸດເລີ່ມຕົ້ນ: 2.
-o, --offset-interval INT
ຊົດເຊີຍເປັນໄລຍະການຈັດຮຽງສັ້ນສໍາລັບການຊອກຫາ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5.
-t, --threshold-gap INT
ເກນສໍາລັບຊ່ອງຫວ່າງທີ່ອະນຸຍາດໃຫ້ຢູ່ໃນການຈັດຕໍາແຫນ່ງ (ບໍ່ແມ່ນ introns). ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 5.
-c, --ນັບ INT
ເກນຂັ້ນຕ່ຳ. ຈໍານວນ tuple ສໍາລັບຜົນຜະລິດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 1.
-r, --threshold-rpkm DOUBLE
ເກນຂັ້ນຕ່ຳ. RPKM ຂອງ tuple ສໍາລັບຜົນຜະລິດ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 0.0.
-m, --max-tuple
ສ້າງພຽງແຕ່ maxTuple (ເຊິ່ງຖືກຂະຫຍາຍໂດຍການອ່ານທັງຫມົດ).
-e, --exact-ntuple
ສ້າງພຽງແຕ່ Tuple ຂອງຄວາມຍາວທີ່ແນ່ນອນ n. ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ tuple ທັງຫມົດເຖິງຄວາມຍາວທີ່ກໍານົດໄວ້
ຖືກຄິດໄລ່ (ຖ້າ -m ຖືກຕັ້ງ, -e ຈະຖືກລະເລີຍ).
-u, --unknown-orientation
ທິດທາງຂອງການອ່ານແມ່ນບໍ່ຮູ້ຈັກ.
ຕົວຢ່າງ
insegt
example/alignments.sam example/annotations.gff
ດໍາເນີນການ INSEGT ໃນໄຟລ໌ຕົວຢ່າງທີ່ມີຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ.
insegt -m example/alignments.sam example/annotations.gff
ດໍາເນີນການ INSEGT ໃນໄຟລ໌ຕົວຢ່າງແລະພຽງແຕ່ compute maxTuple.
insegt -c 2 ຕົວຢ່າງ/alignments.sam example/annotations.gff
ດໍາເນີນການ INSEGT ໃນໄຟລ໌ຕົວຢ່າງແລະພຽງແຕ່ຜົນຜະລິດ tuple ດ້ວຍນາທີ. ນັບ 2.
ເວີຊັ່ນ
ສະບັບ insegt: 1.0 ການປັບປຸງຫຼ້າສຸດ 2012-09-11
ໃຊ້ insegt ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net