ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ kmc_tools-filter ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
kmc_tools-filter - ກັ່ນຕອງການອ່ານອອກດ້ວຍຈຳນວນ k-mers ນ້ອຍເກີນໄປ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
kmc_tools ການກັ່ນຕອງ [kmc_input_db_params]
[input_read_set_params] [output_read_set_params]
ລາຍລະອຽດ
ຄຳສັ່ງນີ້ກັ່ນຕອງການອ່ານອອກດ້ວຍຈຳນວນ k-mers ນ້ອຍເກີນໄປ.
OPTIONS
ສໍາລັບຖານຂໍ້ມູນ k-mers ມີຕົວກໍານົດການເພີ່ມເຕີມ:
-ci
ຍົກເວັ້ນ k-mers ທີ່ເກີດຂຶ້ນໜ້ອຍກວ່າ ເທື່ອ
-cx
ຍົກເວັ້ນ k-mers ທີ່ເກີດຂຶ້ນຫຼາຍກ່ວາ ເທື່ອ
ສໍາລັບຊຸດການປ້ອນຂໍ້ມູນຂອງການອ່ານມີຕົວກໍານົດການເພີ່ມເຕີມ:
-ci
ເອົາການອ່ານທີ່ມີ k-mers ໜ້ອຍກວ່າຄ່າອອກ. ມັນສາມາດເປັນຈໍານວນເຕັມຫຼືຕົວເລກທີ່ເລື່ອນໄດ້
ໃນຂອບເຂດ [0.0;1.0]
-ci
ເອົາການອ່ານທີ່ມີ k-mers ຫຼາຍກວ່າມູນຄ່າ. ມັນສາມາດເປັນຈໍານວນເຕັມຫຼືຕົວເລກທີ່ເລື່ອນໄດ້
ໃນຂອບເຂດ [0.0;1.0]
-f
ການປ້ອນຂໍ້ມູນໃນຮູບແບບ FASTA (-fa), ຮູບແບບ FASTQ (-fq); ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: FASTQ
ສໍາລັບຊຸດຜົນຜະລິດຂອງການອ່ານມີຕົວກໍານົດການເພີ່ມເຕີມ:
-f
ຜົນຜະລິດໃນຮູບແບບ FASTA (-fa), ຮູບແບບ FASTQ (-fq); ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: ຄືກັນກັບການປ້ອນຂໍ້ມູນ
EXAMPLE
kmc_tools ການກັ່ນຕອງ kmc_db -ci3 input.fastq -ci0.5 -cx1.0 filtered.fastq
kmc_tools filter kmc_db input.fastq -ci10 -cx100 filtered.fastq
ໃຊ້ kmc_tools-filter ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net