ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ mirabait ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
mirabait - ເລືອກອ່ານຈາກການເກັບກໍາການອ່ານ
ສະຫຼຸບສັງລວມ
mirabait [-f ] [-t [-ທ ... ]] [-iklor] baitfile infile
ລາຍລະອຽດ
mirabait ເລືອກການອ່ານຈາກຄໍເລັກຊັນອ່ານທີ່ບາງສ່ວນຄ້າຍຄືກັນ ຫຼືເທົ່າກັບ
ລໍາດັບກໍານົດເປັນ baits ເປົ້າຫມາຍ. ຄວາມຄ້າຍຄືກັນແມ່ນຖືກກໍານົດໂດຍການຊອກຫາຜູ້ໃຊ້ທີ່ສາມາດປັບໄດ້
ຈໍານວນຂອງ k-mers ທົ່ວໄປ (ລໍາດັບຂອງ k ຖານຕິດຕໍ່ກັນ) ທີ່ຄືກັນໃນ bait ໄດ້
ລຳດັບ ແລະ ລຳດັບທີ່ຄັດຈ້ອນເພື່ອເລືອກ, ບໍ່ວ່າຈະເປັນໄປໜ້າ ຫຼື ຖອຍຫຼັງ
ທິດທາງຕື່ມ.
OPTIONS
-f
ໂຫຼດໄຟລ໌ໂຄງການປະເພດນີ້, ບ່ອນທີ່ມາຈາກປະເພດ:
ລໍາດັບ caf ຈາກ CAF
ລໍາດັບ maf ຈາກ MAF
ລໍາດັບ phd ຈາກ PHD
ລໍາດັບ gbf ຈາກ GBF
ລໍາດັບ fasta ຈາກ FASTA
ລໍາດັບ fastq ຈາກ FASTQ
-t
ຂຽນລໍາດັບຂອງປະເພດນີ້ (ການກ່າວເຖິງຫຼາຍ -t ອະນຸຍາດໃຫ້:
ລໍາດັບ fasta ກັບ FASTA
ລໍາດັບ fastq ກັບ FASTQ
ລໍາດັບ caf ກັບ CAF
ລໍາດັບ maf ກັບ MAF
txt ຊື່ລໍາດັບໄປຫາໄຟລ໌ຂໍ້ຄວາມ
-k k-mer, ຄວາມຍາວຂອງ bait ໃນຖານ (<32, default=31)
-n ຕ່ຳສຸດ ຈໍານວນຂອງ k-mer baits ທີ່ຈໍາເປັນ (default=1)
-i Inverse hit: ຂຽນພຽງແຕ່ລໍາດັບທີ່ບໍ່ໄດ້ຕີ bait
-r ບໍ່ມີການກວດສອບທິດທາງທີ່ສົມບູນແບບປີ້ນກັບກັນ
-o fastq ຄຸນນະພາບ Offset (ພຽງແຕ່ສໍາລັບ -f = 'fastq') ຊົດເຊີຍຄ່າຄຸນນະພາບໃນ FASTQ
ໄຟລ໌. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 33 ຄ່າຂອງ 0 ພະຍາຍາມຮັບຮູ້ອັດຕະໂນມັດ.
-f
ໂຫຼດໄຟລ໌ໂຄງການປະເພດນີ້, ບ່ອນທີ່ມາຈາກປະເພດ:
ລໍາດັບ caf ຈາກ CAF
ລໍາດັບ maf ຈາກ MAF
ລໍາດັບ phd ຈາກ PHD
ລໍາດັບ gbf ຈາກ GBF
ລໍາດັບ fasta ຈາກ FASTA
ລໍາດັບ fastq ຈາກ FASTQ
-t
ຂຽນລໍາດັບຂອງປະເພດນີ້ (ການກ່າວເຖິງຫຼາຍ -t ອະນຸຍາດໃຫ້:
ລໍາດັບ fasta ກັບ FASTA
ລໍາດັບ fastq ກັບ FASTQ
ລໍາດັບ caf ກັບ CAF
ລໍາດັບ maf ກັບ MAF
txt ຊື່ລໍາດັບໄປຫາໄຟລ໌ຂໍ້ຄວາມ
-k k-mer, ຄວາມຍາວຂອງ bait ໃນຖານ (<32, default=31)
-n ຕ່ຳສຸດ ຈໍານວນຂອງ k-mer baits ທີ່ຈໍາເປັນ (default=1)
-i Inverse hit: ຂຽນພຽງແຕ່ລໍາດັບທີ່ບໍ່ໄດ້ຕີ bait
-r ບໍ່ມີການກວດສອບທິດທາງທີ່ສົມບູນແບບປີ້ນກັບກັນ
-o fastq ຄຸນນະພາບ Offset (ພຽງແຕ່ສໍາລັບ -f = 'fastq') ຊົດເຊີຍຄ່າຄຸນນະພາບໃນ FASTQ
ໄຟລ໌. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ: 33 ຄ່າຂອງ 0 ພະຍາຍາມຮັບຮູ້ອັດຕະໂນມັດ.
ໃຊ້ mirabait ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net