phytime - ອອນລາຍໃນຄລາວ

ໂຄງການ:

NAME

phytime - ການຄາດຄະເນ Bayesian ຂອງເວລາ divergence ຈາກການຈັດລໍາດັບຂະຫນາດໃຫຍ່

ລາຍລະອຽດ

ການ​ຄາດ​ຄະ​ເນ Bayesian ຂອງ​ເວ​ລາ​ທີ່​ແຕກ​ຕ່າງ​ກັນ​ຈາກ​ລໍາ​ດັບ​ໂມ​ເລ​ກຸນ​ອີງ​ໃສ່​ການ​ຊັບ​ຊ້ອນ
ເຕັກນິກລະບົບຕ່ອງໂສ້ Markov Monte Carlo, ແລະຕົວຢ່າງ Metropolis-Hastings (MH) ໄດ້
ນຳໃຊ້ຢ່າງສຳເລັດຜົນໃນສະພາບການນັ້ນ. ວິ​ທີ​ການ​ນີ້​ກ່ຽວ​ຂ້ອງ​ກັບ​ພາ​ລະ​ທາງ​ການ​ຄິດ​ໄລ່​ຢ່າງ​ຮຸນ​ແຮງ​ທີ່​
ສາມາດຂັດຂວາງການວິເຄາະຊຸດຂໍ້ມູນ phylogenomic ຂະຫນາດໃຫຍ່. ການຄາດຄະເນທີ່ເຊື່ອຖືໄດ້ຂອງຄວາມແຕກຕ່າງ
ເວລາຍັງສາມາດໃຊ້ເວລາຫຼາຍ, ຖ້າເປັນໄປບໍ່ໄດ້, ສໍາລັບການຈັດລໍາດັບ
ທີ່ສົ່ງສັນຍານ phylogenetic ທີ່ອ່ອນແອຫຼືຂັດແຍ້ງ, ເນັ້ນຫນັກເຖິງຄວາມຕ້ອງການເພີ່ມເຕີມ
ວິທີການເກັບຕົວຢ່າງທີ່ມີປະສິດທິພາບ. ບົດຄວາມນີ້ອະທິບາຍວິທີການໃຫມ່ທີ່ຄາດຄະເນການ
ຄວາມຫນາແຫນ້ນດ້ານຫລັງຂອງອັດຕາການທົດແທນແລະເວລາຂອງ node. ການແຜ່ກະຈາຍຂອງອັດຕາກ່ອນ
ບັນຊີສໍາລັບ autocorrelation ທີ່ມີທ່າແຮງຂອງພວກເຂົາຕາມສາຍພັນ, ໃນຂະນະທີ່ກ່ອນອາຍຸຂອງ node
ຖືກສ້າງແບບຈໍາລອງທີ່ມີຄວາມຫນາແຫນ້ນເປັນເອກະພາບ. ນອກຈາກນີ້, ຫນ້າທີ່ຄວາມເປັນໄປໄດ້ແມ່ນປະມານໂດຍ a
multivariate ຄວາມຫນາແຫນ້ນປົກກະຕິ. ການປະສົມປະສານຂອງອົງປະກອບເຫຼົ່ານີ້ເຮັດໃຫ້ສະດວກ
ຄວາມງ່າຍທາງຄະນິດສາດ, ອະນຸຍາດໃຫ້ມີການແຈກຢາຍອັດຕາ ແລະເວລາຕາມຫຼັງ
ຄາດຄະເນໂດຍໃຊ້ຂັ້ນຕອນການເກັບຕົວຢ່າງ Gibbs. ການວິເຄາະຂອງສີ່ຊຸດຂໍ້ມູນທີ່ແທ້ຈິງຂອງໂລກ
ສະແດງໃຫ້ເຫັນວ່າຕົວຢ່າງນີ້ປະຕິບັດໄດ້ດີກວ່າວິທີການ MH ມາດຕະຖານແລະສະແດງໃຫ້ເຫັນເຖິງ
ຄວາມເຫມາະສົມກັບວິທີການໃຫມ່ນີ້ສໍາລັບການວິເຄາະຊຸດຂໍ້ມູນຂະຫນາດໃຫຍ່ແລະ / ຫຼືຍາກ.

ສະຫຼຸບສັງລວມ

phytime [ການ​ໂຕ້​ຖຽງ​ຄໍາ​ສັ່ງ​]

OPTIONS

ທາງ​ເລືອກ​ທັງ​ຫມົດ​ຂ້າງ​ລຸ່ມ​ນີ້​ແມ່ນ​ທາງ​ເລືອກ​ຍົກ​ເວັ້ນ '-i​'​,'-u​' ແລະ '--calibration​'​.

ຕົວເລືອກຄໍາສັ່ງ:

-i (ຫຼື --ການປ້ອນຂໍ້ມູນ) seq_file_name

seq_file_name ແມ່ນຊື່ຂອງ nucleotide ຫຼືໄຟລ໌ລໍາດັບອາຊິດ amino ໃນ PHYLIP
ຮູບແບບ.

-d (ຫຼື --ປະເພດຂໍ້ມູນ) data_type

data_type ແມ່ນ 'nt' ສໍາລັບ nucleotide (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ), 'aa' ສໍາລັບລໍາດັບອາຊິດ amino, ຫຼື
'ທົ່ວໄປ', (ໃຊ້ຮູບແບບໄຟລ໌ NEXUS ແລະພາລາມິເຕີ 'ສັນຍາລັກ' ຢູ່ທີ່ນີ້).

-q (ຫຼື --ຕາມລຳດັບ)

ປ່ຽນແປງຮູບແບບ interleaved (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ) ເປັນຮູບແບບຕາມລໍາດັບ.

-m (ຫຼື --ແບບ) ຕົວ​ແບບ​

ຕົວແບບ: ຊື່ຕົວແບບທົດແທນ. - ແບບຈໍາລອງທີ່ອີງໃສ່ນິວຄລີໂອໄຊ : HKY85 (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ) |
JC69 | K80 | F81 | F84 | TN93 | GTR | custom (*) (*): ສໍາລັບທາງເລືອກ custom, a
string ຂອງຫົກຕົວເລກກໍານົດຕົວແບບ. ຕົວຢ່າງ, 000000

ສອດຄ້ອງກັບ F81 (ຫຼື JC69 ສະຫນອງການແຈກຢາຍຄວາມຖີ່ຂອງ nucleotide ແມ່ນ.
ເອກະພາບ). 012345 ກົງກັບ GTR. ທາງເລືອກນີ້ສາມາດຖືກນໍາໃຊ້ສໍາລັບການເຂົ້າລະຫັດໃດໆ
ຮູບແບບທີ່ຕິດຢູ່ໃນ GTR.

- ຕົວແບບທີ່ອີງໃສ່ອາຊິດອາມິໂນ : LG (ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ) | WAG | JTT | MtREV | Dayhoff | DCMut |
RtREV | CpREV | VT

Blosum62 | MtMam | MtArt | HIVw |
HIVb | ກຳນົດເອງ

--aa_rate_file ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ

filename ແມ່ນຊື່ຂອງໄຟລ໌ທີ່ສະຫນອງອັດຕາການທົດແທນອາຊິດ amino
matrix ໃນຮູບແບບ PAML. ມັນເປັນການບັງຄັບໃຫ້ໃຊ້ທາງເລືອກນີ້ໃນເວລາທີ່ການວິເຄາະ amino
ລຳດັບອາຊິດດ້ວຍຮູບແບບ 'ກຳນົດເອງ'.

--ການ​ປັບ​ທຽບ ຊື່​ເອ​ກະ​ສານ

filename ແມ່ນຊື່ຂອງໄຟລ໌ calibration ທີ່ສະຫນອງ priori ທີ່ກໍານົດໄວ້
ຂອບເຂດສໍາລັບອາຍຸ node. ກະລຸນາອ່ານຄູ່ມືສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມກ່ຽວກັບ
ຮູບແບບຂອງໄຟລ໌ນີ້.

-t (ຫຼື --ts/tv) ts/tv_ratio

ts/tv_ratio : transition/transversion ratio. ລໍາດັບ DNA ເທົ່ານັ້ນ. ສາມາດແກ້ໄຂໄດ້
ຄ່າບວກ (ຕົວຢ່າງ: 4.0) ຫຼື e ເພື່ອໃຫ້ໄດ້ຮັບການຄາດຄະເນຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດ.

-v (ຫຼື --pinv) prop_invar

prop_invar : ອັດຕາສ່ວນຂອງເວັບໄຊທີ່ບໍ່ປ່ຽນແປງ. ສາມາດເປັນຄ່າຄົງທີ່ໃນ [0,1]
range ຫຼື e ເພື່ອໃຫ້ໄດ້ຮັບການຄາດຄະເນຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດ.

-c (ຫຼື --nclasses) nb_subst_cat

nb_subst_cat : ຈໍານວນປະເພດອັດຕາການທົດແທນທີ່ສົມທຽບ. ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ:
nb_subst_cat=4. ຕ້ອງເປັນຈຳນວນບວກ.

-a (ຫຼື --ອັນຟາ) gamma

gamma : ການກະຈາຍຕົວກໍານົດການແຈກຢາຍ gamma. ສາມາດແກ້ໄຂໄດ້
ຄ່າບວກ ຫຼື e ເພື່ອໃຫ້ໄດ້ຮັບການຄາດຄະເນຄວາມເປັນໄປໄດ້ສູງສຸດ.

-u (ຫຼື -- ຂາເຂົ້າ) user_tree_file

user_tree_file : ເລີ່ມຊື່ໄຟລ໌ຕົ້ນໄມ້. ຕົ້ນໄມ້ຕ້ອງຢູ່ໃນຮູບແບບ Newick.

--r_seed num

num ແມ່ນແກ່ນທີ່ໃຊ້ເພື່ອລິເລີ່ມການສ້າງຕົວເລກແບບສຸ່ມ. ຕ້ອງເປັນຈຳນວນເຕັມ.

--run_id ID_string

ຕື່ມຂໍ້ມູນໃສ່ສະຕຣິງ ID_string ໃນຕອນທ້າຍຂອງແຕ່ລະໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ PhyML. ທາງເລືອກນີ້ອາດຈະ
ເປັນປະໂຫຍດໃນເວລາທີ່ແລ່ນ simulations ທີ່ກ່ຽວຂ້ອງກັບ PhyML.

--ງຽບ

ບໍ່ມີຄໍາຖາມແບບໂຕ້ຕອບ (ສໍາລັບການເຮັດວຽກໃນໂຫມດ batch) ແລະຜົນຜະລິດທີ່ງຽບໆ.

--no_memory_check

ບໍ່ມີຄໍາຖາມໂຕ້ຕອບສໍາລັບການນໍາໃຊ້ຫນ່ວຍຄວາມຈໍາ (ສໍາລັບການເຮັດວຽກໃນໂຫມດ batch). ຜົນຜະລິດປົກກະຕິ
ຖ້າບໍ່ດັ່ງນັ້ນ.

--chain_len num

num ແມ່ນຈໍານວນຂອງລຸ້ນຫຼືແລ່ນຂອງ Markov Chain Monte Carlo. ຕັ້ງ​ຄ່າ
1E+6 ຕາມຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ຕ້ອງເປັນຈຳນວນເຕັມ.

--sample_freq num

ລະບົບຕ່ອງໂສ້ຖືກເກັບຕົວຢ່າງທຸກໆລຸ້ນ. ຕັ້ງເປັນ 1E+3 ໂດຍຄ່າເລີ່ມຕົ້ນ. ຕ້ອງເປັນ
ເລກເຕັມ.

--ບໍ່​ມີ​ຂໍ້​ມູນ

ໃຊ້ຕົວເລືອກນີ້ເພື່ອເອົາຕົວຢ່າງຈາກຕົວກ່ອນເທົ່ານັ້ນ (ແທນທີ່ຈະເປັນຂໍ້ຕໍ່ຫລັງ
ຄວາມຫນາແຫນ້ນຂອງຕົວກໍານົດການຂອງຕົວແບບ).

--fastlk

ໃຊ້ການປະມານປົກກະຕິ multivariate ກັບຄວາມເປັນໄປໄດ້ແລະເລັ່ງ
ການຄິດໄລ່

ໃຊ້ phytime ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net