ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ sak ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍໆບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
sak - ຕັດ ແລະ dicing ຂອງ FASTA / FASTQ ໄຟ ..
ສະຫຼຸບສັງລວມ
sak [ຕົວເລືອກ] [\Bo OUT.{fa,fq}] IN.{fa,fq}
ລາຍລະອຽດ
"ມັນຊອຍ, ມັນຕັດແລະມັນເຮັດໃຫ້ຊັກ!"
ຂຽນຄືນໃຫມ່ຂອງເຄື່ອງມື SAK ຕົ້ນສະບັບໂດຍ Manuel Holtgrewe.
-h, - ຊ່ວຍ
ສະແດງຂໍ້ຄວາມຊ່ວຍເຫຼືອນີ້.
- ການປ່ຽນແປງ
ສະແດງຂໍ້ມູນສະບັບ
ຕົວເລືອກຜົນຜະລິດ:
-o, -- ເສັ້ນທາງອອກ FASTX
ເສັ້ນທາງໄປຫາໄຟລ໌ຜົນໄດ້ຮັບ. ຖ້າຖືກລະເວັ້ນ, ຜົນໄດ້ຮັບຈະຖືກພິມເປັນ stdout. ໃຊ້ໄຟລ໌
ສິ້ນສຸດໃນ .fq ຫຼື . ເພື່ອຂຽນ FASTQ. ປະເພດໄຟລ໌ທີ່ຖືກຕ້ອງແມ່ນ: .fq, .fastq, .fa,
.fasta, .faa, .ffn, .fna, ແລະ .frn.
-rc, --revcomp
ຜົນຜະລິດ Reverse-complement.
-l, --ຄວາມຍາວສູງສຸດ LEN
ຈໍານວນຕົວອັກສອນຕາມລໍາດັບສູງສຸດທີ່ຈະຂຽນອອກ.
ຕົວເລືອກການກັ່ນຕອງ:
-s, --ລຳດັບ NUMBER
ເລືອກລໍາດັບທີ່ໃຫ້ສໍາລັບການສະກັດເອົາໂດຍດັດຊະນີ 0.
-sn, --sequence-name NAME
ເລືອກລໍາດັບທີ່ມີຄໍານໍາຫນ້າຊື່ເປັນ NAME.
-ss, -- ລຳດັບ ຫາຍາກ
ເລືອກລໍາດັບຈາກ-ໄປຫາບ່ອນຈາກ ແລະເປັນດັດຊະນີທີ່ອີງໃສ່ 0.
-i, --infix ຫາຍາກ
ເລືອກຕົວອັກສອນຈາກຫາບ່ອນຈາກ ແລະໄປເປັນດັດຊະນີທີ່ອີງໃສ່ 0.
-ll, --ຄວາມຍາວເສັ້ນ LEN
ກໍານົດຄວາມຍາວຂອງແຖວໃນໄຟລ໌ຜົນຜະລິດ. ເບິ່ງພາກຄວາມຍາວ Line ສໍາລັບລາຍລະອຽດ. ຢູ່ໃນຂອບເຂດ
[-1..inf].
ເສັ້ນຍາວ
ທ່ານສາມາດນໍາໃຊ້ການຕັ້ງຄ່າ --ຄວາມຍາວເສັ້ນ ສໍາລັບກໍານົດຄວາມຍາວຂອງເສັ້ນຜົນໄດ້ຮັບ. ໂດຍ
ໃນຕອນຕົ້ນ, ລໍາດັບໃນໄຟລ໌ FASTA ໄດ້ຖືກຂຽນດ້ວຍຕົວອັກສອນສູງສຸດ 70 ຕົວອັກສອນຕໍ່ແຖວ
ແລະລໍາດັບໃນໄຟລ໌ FASTQ ແມ່ນຂຽນໂດຍບໍ່ມີການຕັດແຖວໃດໆ. ຄຸນະພາບ
ລໍາດັບໃນໄຟລ໌ FASTQ ແມ່ນຂຽນໃນແບບດຽວກັນກັບລໍາດັບ residue.
ຄ່າເລີ່ມຕົ້ນຖືກເລືອກດ້ວຍ a --ຄວາມຍາວເສັ້ນ ມູນຄ່າຂອງ -1 ແລະການແບ່ງແຖວສາມາດເປັນ
ປິດການໃຊ້ງານດ້ວຍຄ່າ 0.
ຕົວຢ່າງການນຳໃຊ້
Snap -s 10 IN.fa
ຕັດອອກລໍາດັບທີ 11 ຈາກ IN.fa ແລະຂຽນໃສ່ stdout ເປັນ FASTA.
Snap -ss 10-12 -ss 100-200 IN.fq
ຕັດອອກທີ 11 ເຖິງ ແລະລວມທັງ 12 ແລະ 101 ຂຶ້ນໄປ ແລະລວມທັງລໍາດັບທີ 199
ຈາກ IN.fq ແລະຂຽນໃສ່ stdout ເປັນ FASTA.
ເວີຊັ່ນ
sak version: 0.2 ອັບເດດຫຼ້າສຸດ ເດືອນພະຈິກ 2012
ໃຊ້ sak ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net