ນີ້ແມ່ນຄໍາສັ່ງ soapdenovo2 ທີ່ສາມາດດໍາເນີນການໄດ້ໃນ OnWorks ຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີໂດຍໃຊ້ຫນຶ່ງໃນຫຼາຍບ່ອນເຮັດວຽກອອນໄລນ໌ຂອງພວກເຮົາເຊັ່ນ Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator ຫຼື MAC OS online emulator
ໂຄງການ:
NAME
soapdenovo2 - ວິທີການປະກອບການອ່ານສັ້ນທີ່ສາມາດສ້າງການປະກອບຮ່າງ de novo
ສະຫຼຸບສັງລວມ
soapdenovo_63mer soapdenovo_127mer
ການນໍາສະເຫນີ
SOAPdenovo ແມ່ນວິທີການປະກອບແບບຫຍໍ້ທີ່ອ່ານສັ້ນທີ່ສາມາດສ້າງສະພາປະກອບຮ່າງ de novo ໄດ້
ສໍາລັບ genomes ຂະຫນາດຂອງມະນຸດ. ໂຄງການດັ່ງກ່າວໄດ້ຖືກອອກແບບພິເສດເພື່ອປະກອບ Illumina GA
ອ່ານສັ້ນ. ມັນສ້າງໂອກາດໃຫມ່ສໍາລັບການກໍ່ສ້າງລໍາດັບການອ້າງອິງແລະປະຕິບັດ
ອອກການວິເຄາະທີ່ຖືກຕ້ອງຂອງ genomes ທີ່ບໍ່ໄດ້ສໍາຫຼວດໃນວິທີການທີ່ມີປະສິດທິພາບດ້ານຄ່າໃຊ້ຈ່າຍ.
1) ສະຫນັບສະຫນູນ kmer ຂະຫນາດໃຫຍ່ເຖິງ 127 ການນໍາໃຊ້ການອ່ານຍາວ. ສາມສະບັບແມ່ນສະຫນອງໃຫ້.
I. ລຸ້ນ 31mer ຮອງຮັບ kmer ເທົ່ານັ້ນ <=31.
II. ຮຸ່ນ 63mer ຮອງຮັບ kmer ເທົ່ານັ້ນ <=63 ແລະເພີ່ມການບໍລິໂພກຫນ່ວຍຄວາມຈໍາສອງເທົ່າ
ຮຸ່ນ 31mer, ເຖິງແມ່ນວ່າຈະຖືກນໍາໃຊ້ກັບ kmer <=31.
III. ລຸ້ນ 127mer ຮອງຮັບ kmer ເທົ່ານັ້ນ <=127 ແລະການບໍລິໂພກຄວາມຈຳສອງເທົ່າ
ຮຸ່ນ 63mer, ເຖິງແມ່ນວ່າຈະຖືກນໍາໃຊ້ກັບ kmer <=63.
ກະລຸນາສັງເກດວ່າ, ດ້ວຍ kmer ທີ່ຍາວກວ່າ, ປະລິມານຂອງ nodes ຈະຫຼຸດລົງຢ່າງຫຼວງຫຼາຍ,
ດັ່ງນັ້ນ, ການບໍລິໂພກຄວາມຊົງຈໍາມັກຈະມີຂະຫນາດນ້ອຍກວ່າສອງເທົ່າກັບສະບັບທີ່ປ່ຽນ.
ສໍາລັບຂໍ້ມູນເພີ່ມເຕີມ, ເບິ່ງຄູ່ມືໃນ /usr/share/doc/soapdenovo2 ຫຼືໃນ soapdenovo
ເວັບໄຊທ໌.
ໃຊ້ soapdenovo2 ອອນໄລນ໌ໂດຍໃຊ້ບໍລິການ onworks.net