ນີ້ແມ່ນແອັບ Linux ທີ່ມີຊື່ວ່າ BamBam ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ bambam-1.4.tgz. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີ OnWorks ສໍາລັບສະຖານີເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ BamBam ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ OnWorks Linux ອອນລາຍ ຫຼື Windows online emulator ຫຼື MACOS online emulator ຈາກເວັບໄຊທ໌ນີ້.
- 5. ຈາກ OnWorks Linux OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ, ຕິດຕັ້ງມັນແລະດໍາເນີນການ.
BamBam
DESCRIPTION:
BamBam ປະກອບມີເຄື່ອງມືຈໍານວນຫລາຍສໍາລັບການວິເຄາະຂໍ້ມູນລໍາດັບ DNA ຮຸ່ນຕໍ່ໄປ. ເຄື່ອງມືແມ່ນສະຫນອງໃຫ້ສໍາລັບການໂທຫາ SNPs ແລະ indels, ກໍານົດການລຶບຂະຫນາດໃຫຍ່, ຕາຕະລາງຈໍານວນການອ່ານແຜນທີ່, ການວິເຄາະ methylation, ແລະອື່ນໆ.
ຂຶ້ນກັບ SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/) ແລະ BAMtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools). ຍັງໃຊ້ BioPerl, ເຊິ່ງລວມຢູ່ໃນ tarball ດາວໂຫລດ.
ຄຸນລັກສະນະ
- ໂທຫາ SNPs ແລະ indels
- impute genotypes
- ສ້າງລໍາດັບຄວາມເຫັນດີນໍາ
- ຕາຕະລາງຈໍານວນການອ່ານແຜນທີ່ (RNA-seq)
- infer haplotype phasing ກັບ K-means clustering
- ວິເຄາະ DNA methylation (ການຈັດລໍາດັບ bisulfite)
Audience
ວິທະຍາສາດ/ການຄົ້ນຄວ້າ
ພາສາການຂຽນໂປຣແກຣມ
Perl, C++
ປະເພດ
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/bambam/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.