ນີ້ແມ່ນແອັບ Linux ທີ່ມີຊື່ວ່າ fcGENE: ຕົວປ່ຽນຮູບແບບ Genotype ເພື່ອແລ່ນໃນ Linux ອອນໄລນ໌ ເຊິ່ງລຸ້ນຫຼ້າສຸດສາມາດດາວໂຫຼດໄດ້ໃນນາມ fcgene-1.0.7.zip. ມັນສາມາດດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ຢູ່ໃນຜູ້ໃຫ້ບໍລິການໂຮດຕິ້ງຟຣີ OnWorks ສໍາລັບສະຖານີເຮັດວຽກ.
ດາວນ໌ໂຫລດແລະດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ app ນີ້ມີຊື່ fcGENE: ຕົວປ່ຽນຮູບແບບ Genotype ເພື່ອດໍາເນີນການໃນ Linux ອອນໄລນ໌ກັບ OnWorks ໄດ້ຟຣີ.
ປະຕິບັດຕາມຄໍາແນະນໍາເຫຼົ່ານີ້ເພື່ອດໍາເນີນການ app ນີ້:
- 1. ດາວໂຫຼດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກນີ້ໃນ PC ຂອງທ່ານ.
- 2. ໃສ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 3. ອັບໂຫລດແອັບພລິເຄຊັນນີ້ຢູ່ໃນຕົວຈັດການໄຟລ໌ດັ່ງກ່າວ.
- 4. ເລີ່ມ OnWorks Linux ອອນລາຍ ຫຼື Windows online emulator ຫຼື MACOS online emulator ຈາກເວັບໄຊທ໌ນີ້.
- 5. ຈາກ OnWorks Linux OS ທີ່ເຈົ້າຫາກໍ່ເລີ່ມຕົ້ນ, ໄປທີ່ຕົວຈັດການໄຟລ໌ຂອງພວກເຮົາ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ດ້ວຍຊື່ຜູ້ໃຊ້ທີ່ທ່ານຕ້ອງການ.
- 6. ດາວນ໌ໂຫລດຄໍາຮ້ອງສະຫມັກ, ຕິດຕັ້ງມັນແລະດໍາເນີນການ.
ພາບຫນ້າຈໍ:
fcGENE: ຕົວປ່ຽນຮູບແບບ Genotype ເພື່ອແລ່ນໃນ Linux ອອນໄລນ໌
DESCRIPTION:
ຄໍາຮ້ອງສະຫມັກຕົ້ນຕໍແມ່ນສອງເທົ່າ: ທໍາອິດເພື່ອປ່ຽນຂໍ້ມູນ genotype SNP ເຂົ້າໄປໃນຮູບແບບຂອງເຄື່ອງມື imputation ທີ່ແຕກຕ່າງກັນເຊັ່ນ PLINK MACH, IMPUTE, BEAGLE ແລະ BIMBBAM, ທີສອງເພື່ອປ່ຽນຂໍ້ມູນ imputed ເຂົ້າໄປໃນຮູບແບບໄຟລ໌ທີ່ແຕກຕ່າງກັນເຊັ່ນ PLINK, HAPLOVIEW, EIGENSOFT ແລະ SNPTEST.ຮູບແບບໄຟລ໌ທີ່ສາມາດອ່ານໄດ້: plink-pedigree (ped ແລະແຜນທີ່), plink-raw, plink-dosage, mach, minimac, impute, snptest, beagle ແລະ bimbam. ເຊັ່ນດຽວກັນ, ທຸກປະເພດຂອງ imputation ຂອງຜົນຜະລິດແມ່ນໄດ້ຮັບການຍອມຮັບ.
ຮູບແບບທີ່ສາມາດສ້າງໄດ້ໂດຍ fcGENE: plink-pedigree, plink-raw, plink-dosage, mach-inputs, minimac-inputs, impute-inputs, beagle-inputs ແລະ bimbam-inputs, HAPLOVIEW-inputs, EIGENSOFT-inputs.
ຄໍາຮ້ອງສະຫມັກເພີ່ມເຕີມ:
- ການໄດ້ຮັບແມ່ແບບຂອງຄໍາສັ່ງ imputation ທີ່ຈໍາເປັນແລະຄໍາສັ່ງຂອງເຄື່ອງມື imputation ອື່ນໆ
- ການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບອີງຕາມການ MAF, HWE & CALLRATE.
ຄໍາສໍາຄັນ: ການຫັນເປັນ genotype, ປ່ຽນຮູບແບບ genotype, imputation output, PLINK, IMPUTE, MACH, minimac, HAPLOVIEW, BEAGLE, BIMBAM, EIGENSOFT.
ຄຸນລັກສະນະ
- ສາມາດເຮັດໃຫ້ SNP-wise ແລະສ່ວນບຸກຄົນການຄວບຄຸມຄຸນນະພາບທີ່ສະຫລາດແລະສາມາດກັ່ນຕອງ SNPs ທີ່ບໍ່ມີຄຸນສົມບັດແລະບຸກຄົນໃນຂະນະທີ່ການຫັນປ່ຽນຂໍ້ມູນ.
- ສາມາດປະຕິບັດການປ່ຽນຮູບແບບສອງທາງຂອງ genotype SNP Data (ເຊັ່ນ PLINK -> imputation tool ແລະ imputation tools -> PLINK). ມັນສາມາດອ່ານແລະຂຽນທັງ plink-formatted pedigree ແລະໄຟລ໌ຖານສອງ
- ສາມາດກັ່ນຕອງ SNPs impued ບົນພື້ນຖານຂອງຄະແນນຄຸນນະພາບ imputation
- ສາມາດສ້າງແມ່ແບບຂອງຄໍາສັ່ງເຄື່ອງມືການວິເຄາະ GWA
- ແປງຂໍ້ມູນ genotype ຈາກຮູບແບບຂອງເຄື່ອງມື imputation ຫນຶ່ງໄປຫາອື່ນໆ.
- ການຫັນປ່ຽນການອ້າງອິງ imputation ເຂົ້າໄປໃນຮູບແບບ plink. ນີ້ຊ່ວຍປຽບທຽບຂໍ້ມູນ genotype ກັບກະດານອ້າງອີງ.
- ສາມາດສ້າງຂໍ້ມູນ snp ໃນຮູບແບບ GenABEL ຈາກຂໍ້ມູນເບື້ອງຕົ້ນໃນຮູບແບບອື່ນໆ
- ສາມາດສ້າງໄຟລ໌ທີ່ມີຮູບແບບທີ່ແຕກຕ່າງກັນທີ່ມີຂະຫນາດທີ່ຄາດຫວັງຂອງຄວາມຖີ່ຂອງ allele ເລັກນ້ອຍ
- ເປັນປະໂຫຍດຫຼາຍສໍາລັບນັກຄົ້ນຄວ້າທີ່ເຮັດວຽກກ່ຽວກັບພື້ນທີ່ຂອງພັນທຸກໍາສະຖິຕິ.
- ຂຽນໃນ c ++, ການນໍາໃຊ້ບັນຈຸ STL
- ສາມາດອ່ານແລະຂຽນໄຟລ໌ gezipped
- ສາມາດຄິດໄລ່ FST ດ້ວຍຄໍາສັ່ງ --fst
- ສາມາດອ່ານແລະຂຽນຂໍ້ມູນ genotype ມາດຕະຖານດ້ວຍການນັບຂອງ alleles ແລະ allele doses
- ສາມາດສ້າງໄຟລ໌ຮູບແບບ vcf ທີ່ໃຊ້ສໍາລັບ BEAGLE4
ພາສາການຂຽນໂປຣແກຣມ
C ++
ນີ້ແມ່ນແອັບພລິເຄຊັນທີ່ຍັງສາມາດເອົາມາຈາກ https://sourceforge.net/projects/fcgene/. ມັນໄດ້ຖືກຈັດຢູ່ໃນ OnWorks ເພື່ອໃຫ້ດໍາເນີນການອອນໄລນ໌ໃນວິທີທີ່ງ່າຍທີ່ສຸດຈາກຫນຶ່ງໃນລະບົບປະຕິບັດງານຟຣີຂອງພວກເຮົາ.